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Site-directed mutagenesis, DNA sequencing2025.01.221. GFP (green fluorescent protein) GFP는 Aequorea victoria로부터 추출한 형광 단백질로, 빛을 흡수하여 형광을 발광한다. GFP는 11개의 β-sheet가 β-barrel 구조를 이루고 있으며, barrel 내의 chromophore가 빛을 흡수하여 전자를 excitation시키고 바닥 상태로 돌아가면서 형광을 방출한다. GFPuv는 GFP의 variant 중 하나로, UV(ultra violet)을 흡수하여 형광을 방출한다. 2. Site-directed mutagenesis Site-d...2025.01.22
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GFP 단백질과 단백질 정량(Protein Measurements)2025.01.221. 단백질 정량 단백질 정량 방법 중 Lowry assay와 Extinction coefficient assay를 통해 단백질을 정량하고, 비교하는 과정에서 흡광도와 표준곡선의 의미를 이해하고자 수행한 실험이다. 단백질은 아미노산의 중합체로, 아미노산 사이에 펩타이드 결합이 반복되며 단백질이 형성된다. 이번 실험에서 사용한 단백질의 농도를 정량하는 방법은 특정 아미노산 또는 단백질의 흡광도를 이용하는 Extinction coefficient assay와 표준곡선식과 750 nm에서의 흡광도를 이용하는 Lowry assay이다. 2...2025.01.22
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서강대학교 일반생물학실험1 실험 6. GFP 단백질과 단백질 정량 (Protein Measurements)2025.01.021. 단백질 정량 방법 실험에서는 Lowry assay와 Extinction coefficient assay 두 가지 단백질 정량 방법을 사용하여 EGFP의 질량농도를 측정하였다. Lowry assay는 Biuret reaction과 Folin reaction을 거쳐 750nm에서 흡광도를 측정하고 BSA 표준곡선을 이용하여 EGFP 농도를 계산하였다. Extinction coefficient assay는 EGFP의 몰흡광계수와 Lambert-Beer's Law를 이용하여 488nm에서 EGFP 농도를 직접 계산하였다. 두 방법의 ...2025.01.02
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PEI 나노 복합체를 이용한 세포 내 siRNA 전달 및 RNA 간섭 평가2025.01.051. Polyethylenimine (PEI) 나노 복합체 이번 실험에서는 양이온성 branched polyethylenimine (B-PEI)를 이용해 siRNA/PEI 나노입자를 만들고, GFP-silencing siRNA를 암세포 내로 전달하여 RNA interference (RNAi) 간섭 효율을 세포 내 GFP 발현량의 감소로 확인하였다. N/P ratio에 따른 RNA 간섭 효율 변화를 살펴보았는데, N/P ratio가 높아질수록 siRNA가 더욱 응축되어 작은 나노 입자가 형성되고, 나노 입자의 표면 전하가 커져 세포막...2025.01.05
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A+ 생화학실험 <12주차. Protein expression> 레포트2025.01.201. 발현 벡터 (pET vector) 발현 벡터(expression vector)는 분자 클로닝 결과로 얻은 재조합 DNA를 competent cell을 비롯한 다른 세포에 전달하는 데 사용한다. pET 벡터는 E. coli에서 재조합 단백질을 발현하기 위해 사용하는 대표적인 발현 벡터이다. pET 벡터는 플라스미드에 해당하나, 이 외에도 viral vector나 artificial chromosome 등이 발현 벡터로 사용될 수 있다. 발현 벡터의 역할을 하기 위해서는 세포 내에서 자가 복제가 가능해야 하며, 제한 효소에 의한 ...2025.01.20
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Site-directed mutagenesis & DNA sequencing2025.01.181. Site-directed mutagenesis Site-directed mutagenesis는 원하는 돌연변이를 포함하는 짧은 DNA primers를 사용하여 DNA 염기서열 특정 위치의 mutation을 일으켜 돌연변이를 얻는 방법입니다. 이 방법을 이용하여 GFP의 chromophore 아미노산 서열을 변경하여 다양한 색상의 형광 단백질을 만들 수 있습니다. 2. DNA sequencing DNA sequencing은 DNA를 구성하는 염기 순서를 결정하는 작업입니다. Sanger sequencing 방법은 dNTP와 dd...2025.01.18
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[예방약학실험8] Luciferase assay2025.05.101. Luciferase assay Luciferase assay는 NF-κB promoter와 luciferase reporter gene을 포함하는 plasmid를 HEK293 세포에 transfection하여 luciferase 발현을 통해 염증반응 조절에 중요한 유전자 발현을 확인하는 실험입니다. NF-κB는 염증반응 관련 유전자의 신호전달에 관여하는 전사인자로서 염증반응의 지표로 활용됩니다. 실험 결과, PMA는 염증을 유발하고 추출물 A는 항염증 효과가 있음을 확인할 수 있었습니다. GFP로 normalization을 하...2025.05.10
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이화여대 생명과학실험 A+ 리포트(RNA inteference를 사용한 유전자 억제 발현 시험)2025.01.231. Transformation Transformation은 분자생물학적 현상으로 박테리아 사이에서 외래 DNA 분자를 수평으로 전달하여 세포에 도입시켜 유전자가 재조합되는 현상이다. 실험실에서는 외부 DNA segment를 세포에 삽입하여 원하는 타겟 형질을 발현시키는 방법으로 사용하며, 최근에는 비세균성 세포인 animal/plant cell에 새로운 유전자를 삽입하는 경우까지 포함한다. 형질전환은 자연 상태에서도 일어나고 실험실에서도 유도할 수 있는데, 자연계에서는 starvation이나 cell density와 같은 조건에서...2025.01.23
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생명과학실험1 Immunoprecipitation (IP)2025.01.171. Immunoprecipitation (면역침강법, IP) 면역침강법은 항원-항체 반응을 이용하여 원하는 단백질을 분리하고자 하는 실험이다. 단백질은 특정한 항체에만 결합하는 항체 특이성을 가지고 있으므로, 검출하고자 하는 target protein도 특정한 종류의 항체와만 결합하게 된다. 항원-항체 복합체가 바닥에 가라앉도록 하기 위해서 먼저 항체와 Bead를 붙이고, bead와 결합한 항체가 다시 단백질과 결합하여 단백질-항체-Bead 복합체를 형성하게 된다. 이 복합체가 원심분리를 통해 침강하게 되면서 원하는 단백질을 분리...2025.01.17
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[식품미생물공학실험] 미생물의 관찰 및 미생물의 증식2025.01.291. 현미경 관찰 기술 다양한 현미경 기술이 발전하면서 표본의 가시성이 향상되었고, 이는 식품·생명과학 분야에 큰 기여를 하고 있다. 광학 현미경, 형광 현미경, 위상차 현미경, 전자 현미경 등 관찰 대상과 실험 목적에 따라 적절한 현미경을 선택해야 한다. 형광 현미경은 UV 조사를 통해 발현되는 형광 물질을 관찰하지만, UV가 세포에 독성을 가질 수 있어 주의가 필요하다. 위상차 현미경은 시료의 특이적인 입사 및 산란 성분 차이를 이용해 염색 없이 세포 내부를 관찰할 수 있다. 전자 현미경은 전자 빔과 시료의 상호작용을 통해 표면...2025.01.29
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