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소개

"식품 생화학 실험 real time qPCR과정과 결과값"에 대한 내용입니다.

목차

1. Title
2. Date
3. Objective
4. Introduction
5. Materials & Method
6. Results
7. Discussion
8. Reference

본문내용

1. Title : RT-qPCR
2. Date : 2023.05.31
3. Objective: 합성한 cDNA로 Real-time qPCR을 수행한다.
4. Introduction
(1) GADPH
GAPDH 유전자는 glyceraldehyde-3-phosphate 탈수소효소 단백질 계열의 구성원을 암호화한다. 암호화된 단백질은 기계적으로 구별되는 능력을 기반으로 월광 단백질로 확인되었다. 이 유전자의 산물은 무기 인산염과 nicotinamide adenine dinucleotide (NAD)의 존재 하에서 glyceraldehyde- 3-phosphate의 가역적 산화적 인산화인 탄수화물 대사에서 중요한 에너지 생성 단계를 촉매한다.

참고자료

· Pubmed, Kavleen Sikand, Jagjit Singh, Jey Sabith Ebron, Girish C. Shukla, Housekeeping Gene Selection Advisory: Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH) and β-Actin Are Targets of miR-644a, 2012.10.16.
· thermofisher.com, SYBR Green , 2023.05.30.,
· https://www.thermofisher.com/kr/ko/home/life-science/dna-rna-purification-analysis/nucleic-acid-gel-electrophoresis/dna-stains.html?gclid=CjwKCAjwvdajBhBEEiwAeMh1U0fr1UrAkC0-HIHDKJh_-WnoC22Adx0CyedsgV9COt8dy0jZI3hHkhoC7jYQAvD_BwE&ef_id=CjwKCAjwvdajBhBEEiwAeMh1U0fr1UrAkC0-HIHDKJh_-WnoC22Adx0CyedsgV9COt8dy0jZI3hHkhoC7jYQAvD_BwE:G:s&s_kwcid=AL!3652!3!572074520634!e!!g!!sybr%20dna%20stain!11199571103!118288773268&cid=bid_mol_pch_r01_co_cp1358_pjt0000_bid00000_0se_gaw_nt_pur_con
· portlandpress.com, RT qPCR, 2023.05.30.
· https://portlandpress.com/biochemist/article/42/3/48/225280/A-beginner-s-guide-to-RT-PCR-qPCR-and-RT-qPCR
· enzolifesciences.com, RT-qPCR과 RT-PCR의 차이점, 2023.05.31.,
· https://www.enzolifesciences.com/science-center/technotes/2017/march/what-are-the-differences-between-pcr-rt-pcr-qpcr-and-rt-qpcr?/
· azurebiosystems.com, amplification plot troubleshooting, 2023.06.03.
· https://azurebiosystems.com/qpcr-troubleshooting-guide/
· thermofisher.com, SYBR Green , 2023.06.03.,
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· g.idtdna.com, melting curve, 2023.06.03.
· https://sg.idtdna.com/pages/education/decoded/article/interpreting-melt-curves-an-indicator-not-a-diagnosis
· azurebiosystems.com, amplification plot troubleshooting, 2023.06.03.
· https://azurebiosystems.com/qpcr-troubleshooting-guide/
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AI와 토픽 톺아보기
- 1. GAPDH
  
  GAPDH (Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase)는 세포 내에서 당 대사 과정에 관여하는 효소로, 유전자 발현 분석 시 가장 널리 사용되는 내부 대조군(housekeeping gene) 중 하나입니다. GAPDH는 세포 내에서 안정적으로 발현되는 편이어서 다양한 실험 조건에서 발현 수준이 일정하게 유지되는 장점이 있습니다. 하지만 최근 연구에 따르면 GAPDH 발현이 실험 조건이나 세포 상태에 따라 변동될 수 있다는 점이 지적되고 있습니다. 따라서 GAPDH 외에 다른 내부 대조군을 함께 사용하여 결과의 신뢰성을 높이는 것이 중요합니다.
- 2. SYBR Green
  
  SYBR Green은 RT-qPCR 실험에서 가장 널리 사용되는 형광 염료 중 하나입니다. SYBR Green은 이중 가닥 DNA에 결합하여 형광을 발산하므로, PCR 증폭 과정을 실시간으로 모니터링할 수 있습니다. SYBR Green은 비교적 저렴하고 사용이 간편하다는 장점이 있지만, 특이성이 낮아 비특이적 증폭을 탐지할 수 있다는 단점이 있습니다. 따라서 SYBR Green을 사용할 때는 용융 곡선 분석 등을 통해 비특이적 증폭 여부를 확인하는 것이 중요합니다.
- 3. RT-qPCR
  
  RT-qPCR(Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR)은 RNA 발현 수준을 정량적으로 분석할 수 있는 강력한 기술입니다. RT-qPCR은 역전사 반응과 실시간 PCR 증폭을 결합하여, 매우 낮은 농도의 RNA 시료에서도 정확한 정량 분석이 가능합니다. 이 기술은 유전자 발현 분석, 병원체 검출, 유전자 발현 프로파일링 등 다양한 분야에서 널리 활용되고 있습니다. 그러나 RT-qPCR 실험 과정에서 시료 준비, 역전사 효율, 프라이머 설계 등 많은 요인들이 결과에 영향을 미칠 수 있으므로, 실험 설계와 데이터 분석에 세심한 주의가 필요합니다.
- 4. RT-PCR
  
  RT-PCR(Reverse Transcription PCR)은 RNA 시료에서 cDNA를 합성하고 이를 주형으로 PCR 증폭하는 기술입니다. RT-PCR은 RNA 발현 분석, 바이러스 검출, 유전자 클로닝 등 다양한 분야에서 활용됩니다. RT-PCR은 RT-qPCR에 비해 정량성이 낮지만, 상대적으로 간단하고 저렴한 장점이 있습니다. 또한 RT-PCR은 특정 유전자의 발현 여부를 확인하는 데 유용합니다. 그러나 RT-PCR 결과는 정량적이지 않으므로, 정량적인 분석이 필요한 경우에는 RT-qPCR을 사용하는 것이 더 적합합니다.
- 5. Melting Curve
  
  용융 곡선 분석(Melting Curve Analysis)은 RT-qPCR 실험에서 매우 중요한 과정입니다. 용융 곡선 분석을 통해 증폭된 PCR 산물의 특이성을 확인할 수 있습니다. 특이적인 PCR 산물은 단일 피크를 나타내지만, 비특이적 증폭이 발생하면 다중 피크가 관찰됩니다. 따라서 용융 곡선 분석은 비특이적 증폭을 탐지하고 실험 결과의 신뢰성을 높이는 데 필수적입니다. 또한 용융 곡선 분석은 프라이머 설계의 적절성을 평가하는 데에도 활용될 수 있습니다.
- 6. Cox-2
  
  Cox-2(Cyclooxygenase-2)는 염증 반응과 관련된 중요한 효소입니다. Cox-2는 정상 조직에서는 발현이 낮지만, 염증 상태나 암 등의 병리적 상황에서 발현이 크게 증가합니다. 따라서 Cox-2 발현 분석은 염증성 질환이나 암 진단 및 치료 모니터링에 유용하게 활용될 수 있습니다. RT-qPCR을 이용한 Cox-2 발현 분석은 정량적이고 민감한 방법으로, 다양한 생물학적 시료에서 Cox-2 발현 변화를 효과적으로 측정할 수 있습니다. 이를 통해 Cox-2 관련 병리 기전을 이해하고 새로운 치료법 개발에 기여할 수 있을 것입니다.
자료후기
Ai 리뷰

RT-qPCR 실험을 통해 LPS 처리군과 대조군의 Cox-2 유전자 발현 수준을 정량적으로 분석하였고, 결과에 대한 고찰과 함께 실험 과정의 주의사항을 제시하고 있습니다.

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