RNA prep & RT-PCR

소개

배양세포에서 total RNA를 분리하는 방법과 분리한 RNA의 양과 질을 측정하고, Reverse Transcription까지 하는 실험보고서

목차

Abstract
Introduction
Materials and Methods
Results
Discussion
References

본문내용

Abstract
이번 실험은 배양세포에서 total RNA를 분리하는 방법과 분리한 RNA의 양과 질을 측정하고, Reverse Transcription까지 하는 것이다. 배양세포는 DH5α를 사용하였고, guanidinium thiocyanate phenol chloroform extraction 방법을 통해 RNA를 분리하였으며, M-MLV RTase를 효소로 Reverse Transcription을 하였다. 실험결과, O.D 260 이 2.167로 RNA의 농도는 86.68 μg/ml이고, O.D 260 / O.D 280 의 값이 1.68로 깨끗한 RNA를 얻지는 못하였다.

Introduction
RNA는 nucleic acid의 한 종류이다. 기본단위인 nucleotide의 당이 DNA와는 달리 ribose를 기본으로 구성되어있으며, Base로는 Thymine 대신 Uracil을 가진다. 대개 single strand의 형태로 존재하고, 일부 virus는 DNA 대신 RNA를 유전물질로 갖기도 한다. RNA에는 mRNA, tRNA, rRNA의 종류가 있는데 먼저, mRNA는 DNA의 유전정보를 옮겨주는 역할을 하고, tRNA는 합성하고자 하는 amino acid를 ribosome에 운반을 한다. 그리고 rRNA는 protain과 협력하여 ribosome을 구성한다. RNA를 분리하는 방법에는 여러 가지가 있지만 column을 사용하는 kit나 TRIZOL을 이용한 방법을 많이 사용한다. Column을 사용하는 방법은 세포를 부수어서 안에 있는 RNA가 용액 속에 흘러나오게 한 후 column에 결합시키고 여러 차례 column을 washing하여 protein, DNA 등 불순물을 제거하는 것이다. 반면에 Tri-reagent(Trizol)을 이용한 방법은 실험실에 급속도로 보급되고 있는 방법으로, 여러 회사에서 판매되고 있으며 방법이 아주 간단하고 수확율(yield)도 높다. 이렇게 분리된 RNA는 Reverse Transcription을 통하여 cDNA를 합성하게 된다.

참고자료

· 1. Sambrook J. and D. W. Russell, Molecular Cloning: A laboratory manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, U.S.A, pp7.4~7.12
· 2. Watson 외 5인, Molecular biology of the gene, 2008, 6th ed., CSHL Press, p127
· 3. 연세대학교 의과대학 생화학-분자생물학교실 http://biochemistry.yonsei.ac.kr/
· 4. AMBION- http://www.ambion.com/techlib/tb/tb_159.html
· http://www.ambion.com/techlib/tb/tb_158.html