Taxonomic characterization of novel Hymenobacter sp. B2 isolated from a freshwater environment

서지정보

ㆍ발행기관 : 한국유화학회 ㆍ수록지정보 : 韓國油化學會誌 / 40권 / 4호
ㆍ저자명 : Young-Min Bae

목차

1. Introduction
2. Experiments
2.1. Chemicals and kits
2.2. Collection of bacteria
2.3. Morphological characterization
2.4. Isolation of genomic DNA
2.5. Amplification of the 16S rRNA gene
2.6. Cloning of the PCR product
2.7. Phylogenetic analysis of the 16SrRNA gene sequence
2.8. Physiological and biochemicalcharacterization
3. Results and Discussion
3.1. Morphological, physiological andbiochemical characteristics
3.2. Phylogenetic analyses
3.3. Taxonomic conclusion
4. Conclusion
Acknowledgement

한국어 초록

Hymenobacter 속(genus)은 Bacteroidota 문(phylum), Hymenobacteraceae 과(family)의 대 표 속(type genus)이다. 이 속에 속하는 세균들은 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균으로서, 자연 계의 다양한 환경에서 분리되고 있다. 본 연구에서 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균이 경남 창 원시 소재 창원대학교 교내의 연못에서 분리되었고, 이 세균은 균주 B2로 명명되었다. 균주 B2를 계통 분석 및 생화학적으로 분석한 결과, Hymenobacter 속에 속하는 것으로 밝혀졌다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 genbank의 BLAST로 분석해 본 결과, 다른 어떠한 세균과도 16S rRNA 유전 자 염기서열의 상동성이 새로운 미생물로 인정되는 기준인 98.7%보다 낮은 것으로 나타났다. 균주 B2 의 지방산을 분석해 본 결과, 주된 지방산은 summed feature 3(C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c, 22.8%), iso-C15:0(16.2%), anteiso-C15:0(12.9%), C16:1ω5c(12.4%) 및 summed feature 4 (iso-C17:1 I/anteiso-C17:1)(9.5%)인 것으로 밝혀졌는데, 결과적으로 균주 B2의 지방산 함량은 다른 Hymenobacter 종들의 지방산 함량과 뚜렷한 차이가 있는 것을 알 수 있었다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열 은 genbank에 accession number OQ318247로 등록되었다.

영어 초록

The genus Hymenobacter, type genus of the family Hymenobacteraceae and a member of the phylum Bacteroidota includes gram-negative and red-pigmented rods. Those bacteria have been isolated from various environments of the earth. I isolated a red-pigmented, gram-negative rod from a pond in the campus of the Changwon University, Changwon, Kyeongnam and designated this bacterium as strain B2. Strain B2 was further analyzed phylogenetically and biochemically, and concluded as a member of genus Hymenobacter. BLAST search of the 16S rRNA gene sequence of strain B2 showed its homology lower than 98.7% with those sequences of the other bacteria whose 16S rRNA gene sequences have been reported. Fatty acid composition of the strain B2 was analyzed and its major fatty acids are summed feature 3(C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c, 22.8%), iso-C15:0 (16.2%), anteiso-C15:0(12.9%), C16:1ω5c(12.4%) and summed feature 4 (iso-C17:1 I/anteiso-C17:1)(9.5%) showing significant differences in fatty acid compositions between strain B2 and the other known Hymenobacter species. DNA sequence of 16S rRNA gene of strain B2 was deposited in genbank under accession number OQ318247.

참고 자료

없음