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A+ 생화학실험 <6주차. Plasmid DNA Miniprep> 레포트

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최초등록일 2024.08.14 최종저작일 2024.06
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A+ 생화학실험 &lt;6주차. Plasmid DNA Miniprep&gt; 레포트
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    소개

    안녕하십니까.

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    생화학실험 PRE+MAIN 레포트 통합본입니다.
    생화학실험 1등으로 A+ 받았습니다.

    레포트 외에도 최신 기출을 반영한 <퀴즈&기말고사 대비 정리노트>를 판매 중이니 공부하시는데 도움이 되었으면 좋겠습니다.

    목차

    1. Title
    2. Purpose
    3. Theory
    4. Chemicals & Apparatus
    5. Procedure
    6. Data & Result
    7. Discussion
    8. Reference

    본문내용

    1. Title
    6주차. Plasmid DNA Miniprep

    2. Purpose
    Alkaline Lysis Method를 통하여 E. coli에서 Plasmid DNA를 추출한다.

    3. Theory
    3.1 Plasmid DNA

    박테리아 내에는 bacterial DNA와 함께 plasmid DNA가 존재한다. Plasmid DNA는 extrachromosomal DNA로, genomic DNA에 해당하는 bacterial DNA와는 달리 자체적 복제가 가능한 복제 기점을 가진다. 또, 생존에 필수적이지 않은 정보를 담고 있으며, 항생제 내성 유전자 같은 선택적 마커가 포함되기도 한다. 이를 통해 항생제가 포함된 배지에서 cell-selection을 진행할 수 있으며, 이로부터 유전자 발현 여부를 조사할 수 있다. 따라서 plasmid DNA를 성공적으로 transformation한 세포만을 선택적으로 배양, 회수함으로써 plasmid DNA를 획득할 수 있다. 더불어, plasmid DNA는 super coiled 형태의 DNA로, 유전자 조작, 분리, cloning 등 유전공학 분야에 용이하게 활용된다. 또 다른 장점으로는, plasmid DNA는 pH 변화에 따른 DNA의 구조 변화가 genomic DNA보다 적고, 복원이 쉬워 분리 및 조작이 용이하다.

    3.2 Plasmid DNA extraction
    Plasmid DNA extraction은 세포 내에 존재하는 작고 원형의 DNA 분자인 plasmid DNA를 분리하고 정제하기 위한 일련의 실험 과정을 뜻한다. 일반적으로 세포 벽을 분해하고 세포 내용물을 분리한 다음, 화학적 혹은 물리적 방법을 통하여 plasmid DNA를 순수하게 추출하는 단계를 포함한다. Plasmid DNA extraction은 추출할 plasmid DNA의 양에 따라 mini, midi, maxi prep으로 구분한다.

    참고자료

    · Jeremy MB, Biochemistry 8th, Freeman, 2015, pp. 153~157, pp. 615~618
    · JoAnne E, Roger B, Mustak AK, Minipreps of plasmid DNA, Current Protocols in Molecular Biology, 1991, 1(6), pp. 15~26.
  • AI와 토픽 톺아보기

    • 1. Plasmid DNA
      Plasmid DNA is a circular, double-stranded DNA molecule that exists independently of the chromosomal DNA in bacterial cells. Plasmids are widely used in molecular biology and biotechnology as vectors for gene cloning, expression, and manipulation. They offer several advantages, such as their small size, ease of manipulation, and ability to replicate independently within the host cell. Plasmids can carry genes of interest and be introduced into host cells, allowing for the production of desired proteins or the study of gene function. Understanding the properties and applications of plasmid DNA is crucial for various research and industrial applications, including genetic engineering, protein production, and vaccine development.
    • 2. Plasmid DNA extraction
      Plasmid DNA extraction is a fundamental technique in molecular biology and biotechnology. It involves the isolation and purification of plasmid DNA from bacterial cells, which is essential for various downstream applications, such as gene cloning, DNA sequencing, and genetic engineering. The process typically involves cell lysis, separation of plasmid DNA from chromosomal DNA and other cellular components, and finally, the purification of the plasmid DNA. Several methods, such as alkaline lysis, column-based purification, and magnetic bead-based extraction, are commonly used to extract plasmid DNA efficiently and with high purity. The choice of extraction method depends on factors like the size and copy number of the plasmid, the desired yield and purity, and the specific requirements of the downstream application. Effective plasmid DNA extraction is crucial for ensuring the success of various molecular biology experiments and applications.
    • 3. Alkaline lysis method
      The alkaline lysis method is a widely used technique for the extraction of plasmid DNA from bacterial cells. This method relies on the differential denaturation of chromosomal DNA and plasmid DNA under alkaline conditions. The process involves three main steps: resuspension, lysis, and neutralization. During the resuspension step, the bacterial cells are resuspended in a buffer containing glucose, Tris, and EDTA, which helps to maintain the integrity of the cells. In the lysis step, the cells are treated with a solution containing sodium hydroxide and SDS, which disrupts the cell membrane and denatures the chromosomal DNA. The final neutralization step involves the addition of a high-salt solution, typically potassium acetate, which causes the chromosomal DNA and cellular debris to precipitate, while the plasmid DNA remains in solution. The alkaline lysis method is relatively simple, cost-effective, and can yield high-quality plasmid DNA suitable for various downstream applications, making it a widely adopted technique in molecular biology laboratories.
    • 4. Resuspension, Lysis, Neutralization
      The three key steps in the alkaline lysis method for plasmid DNA extraction are resuspension, lysis, and neutralization. The resuspension step involves suspending the bacterial cells in a buffer containing glucose, Tris, and EDTA, which helps to maintain the integrity of the cells and prepare them for lysis. The lysis step uses a solution containing sodium hydroxide and SDS to disrupt the cell membrane and denature the chromosomal DNA. The final neutralization step involves the addition of a high-salt solution, typically potassium acetate, which causes the chromosomal DNA and cellular debris to precipitate, while the plasmid DNA remains in solution. This step is crucial for separating the plasmid DNA from the chromosomal DNA and other cellular components, allowing for the efficient purification of the plasmid DNA. The careful execution of these three steps is essential for obtaining high-quality plasmid DNA with minimal contamination, which is crucial for downstream applications in molecular biology and biotechnology.
    • 5. Purification of plasmid DNA
      The purification of plasmid DNA is a critical step in the extraction process, as it ensures the removal of contaminants and the recovery of high-quality plasmid DNA suitable for various applications. After the initial steps of resuspension, lysis, and neutralization, the plasmid DNA needs to be further purified to remove any remaining cellular debris, proteins, RNA, and other impurities. Common purification methods include column-based chromatography, where the plasmid DNA is selectively bound to a resin and then eluted, and precipitation-based techniques, such as the use of isopropanol or ethanol. These purification methods take advantage of the physical and chemical properties of plasmid DNA to separate it from other cellular components. The choice of purification method depends on factors such as the desired purity, yield, and downstream application requirements. Effective purification is crucial for ensuring the integrity and functionality of the plasmid DNA, which is essential for applications in genetic engineering, molecular biology research, and biotechnology.
    • 6. Agarose gel electrophoresis
      Agarose gel electrophoresis is a widely used analytical technique in molecular biology for the separation and visualization of DNA molecules, including plasmid DNA. This method relies on the principle that DNA molecules migrate through an agarose gel matrix under the influence of an electric field, with the rate of migration being inversely proportional to the size of the DNA fragments. Agarose gel electrophoresis allows for the separation of DNA molecules based on their size, enabling the identification and analysis of plasmid DNA samples. This technique is commonly used to verify the size and purity of plasmid DNA, as well as to assess the success of various DNA manipulation and cloning experiments. The visualization of the separated DNA bands is typically achieved through the use of fluorescent dyes, such as ethidium bromide or SYBR Green, which intercalate with the DNA and emit light when exposed to UV radiation. Agarose gel electrophoresis is a crucial tool in the field of molecular biology, providing valuable information about the quality and characteristics of plasmid DNA samples.
    • 7. DNA concentration measurement
      Accurate measurement of DNA concentration, including plasmid DNA, is essential for various applications in molecular biology and biotechnology. Several methods are available for determining the concentration of DNA samples, with the most common being spectrophotometric analysis. This technique relies on the ability of DNA to absorb ultraviolet (UV) light, with the absorbance at a specific wavelength (typically 260 nm) being directly proportional to the DNA concentration. Other methods, such as fluorometric assays and digital PCR, can also be used to quantify DNA concentration with high sensitivity and accuracy. The choice of method depends on factors like the sample volume, the presence of contaminants, and the required level of precision. Accurate DNA concentration measurement is crucial for ensuring the proper normalization and standardization of DNA samples, which is essential for downstream applications such as cloning, sequencing, and gene expression analysis. Proper quantification of plasmid DNA is particularly important for applications like gene delivery, protein production, and genetic engineering, where the precise amount of plasmid DNA is a critical parameter.
  • 자료후기

      Ai 리뷰
      본 실험을 통해 박테리아 내부의 plasmid DNA를 효과적으로 추출하고 정제하는 방법을 학습하였습니다. 특히 alkaline lysis 기법을 활용하여 plasmid DNA와 genomic DNA를 선별적으로 분리하는 과정을 이해할 수 있었습니다.
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