질소 대사 미생물 DNA 추출 및 전기영동 (Nitrifying bacteria DNA extraction and electrophoresis)

소개

"질소 대사 미생물 DNA 추출 및 전기영동 (Nitrifying bacteria DNA extraction and electrophoresis)"에 대한 내용입니다.

목차

1. Date

2. Title

3. Object

4. Introduction
4.1. DNA extraction
4.2. DNA 농도 및 순도 측정 : Nano-drop

5. Material & Methods
5.1. Materials
5.2. Soil DNA extraction kit 구성
5.3. Methods

6. Results
6.1. Nano-drop을 이용한 sample OD 결과
6.2. 결과 해석

7. Discussion
7.1. DNA 순도 문제 발생 원인
7.2. ATU 유무에 따른 세포 배양 차이 확인

본문내용

4.1. DNA extraction : Chaotropic agent와 silica membrane structure
4.1.1. Chaotropic agent
Chaotropic agent란 물분자와 수소결합을 통해 물분자끼리의, 또는 물분자와 다른 분자들 사이의 수소결합을 억제하는 물질을 총칭하는 단어이다.¹⁾

4.1.2. Silica membrane structure
Silica membrane은 SiO₂로 구성된 membrane으로, 표면상에 O⁻와 OH기가 노출되어있다.²⁾

4.1.3. Chaotropic agent와 Silica membrane을 이용한 DNA extraction
Silica membrane과 DNA는 모두 negative charge를 가지고 있다(silica membrane은 O⁻, OH기를 가지고 있고, DNA는 phosphate backbone에 의함). 동일한 전하를 띈 두 분자를 결합시키기 위해서는 positive charge를 가진 분자가 필요하고, 이때 이용되는 것이 chaotropic agent이다. chaotropic agent가 고농도로 존재할 경우, silica membrane과 DNA의 negative charge에 결합하여 물과의 수소결합 형성을 억제하는 동시에 두 분자 사이의 positive ion bridge를 형성한다.²⁾
단, chaotropic agent가 정상적인 기능을 수행하기 위해선 고농도 상태가 요구되고, 이러한 조건을 이용하여 chaotropic agent의 농도를 낮추는 방법을 통해 silica membrane에 부착된 DNA를 회수한다.²⁾

4.2. DNA 농도 및 순도 측정 : Nano-drop
4.2.1. Nano-drop
Nano-drop이란 spectrophotometer의 한 종류로, 물질의 UV 흡광도 측정을 이용하여 시료의 농도를 확인할 수 있는 장치이다.

참고자료

· 아가로스 젤에서 DNA를 회수한 남자
· https://madscientist.wordpress.com/2016/08/02/%EC%95%84%EA%B0%80%EB%A1%9C%EC%8A%A4-%EC%A0%A4%EC%97%90%EC%84%9C-dna%EB%A5%BC-%ED%9A%8C%EC%88%98%ED%95%9C-%EB%82%A8%EC%9E%90/
· Crisina Barbosa 외 3, “Chapter7-DNA extraction : finding the most suitable method”, Molecular Microbial Diagnostic Methods(2016), 135-154
· Philippe Desjardins 외 2, “Microvolume Protein Concentration Determination using the NanoDrop 2000c Spectrophotometer”, JoVE Journal(2009)
· “DNA? RNA?? 260nm? 280nm?? 이제는 알고쓰자! 핵산 정량 이해하기”, GW Vitek
· https://www.afrontier.net/laboratory/product/item2.php?it_id=1586324500