PCR - RAPD analysis

소개

PCR - 중합 효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction)
RAPD analysis - Random Amplification of Polymorphic DNA.

목차

① PCR - 중합 효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction)
☞ PCR에 필요한 재료
☞ PCR 과정
1. DNA 의 변성(denaturation)
2. Primer 의 결합(annealing)
3. DNA의 합성(polymerization)
② RAPD analysis - Random Amplification of Polymorphic DNA.

본문내용

① PCR - 중합 효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction)

중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)은 특정 DNA 부위를 특이적으로 반복 합성하여 시험관내에서 원하는 DNA 분자를 증폭시키는 방법으로서, 아주 적은 양의 DNA를 이용하여 많은 양의 DNA 합성이 가능하다.
즉, genomic DNA와 같은 아주 큰 DNA로부터 원하는 DNA 부분만을 선택적으로 증폭시킨 후 일반적으로 사용되는 agarose gel이나 polyacrylamide gel 상에서 뚜렷하게 보이는 band로 가시화할 수가 있다.

☞ PCR에 필요한 재료

1. Template DNA : 증폭 대상이 되는 DNA
2. 한 쌍의 primer : 증폭할 부분을 잡는 짧은 oligonucleotide
3. dNTP(dATP, dCTP, dGTP, dTTP) : 유전자를 합성하는 재료가 되는 nucleotide
4. Taq polymerase : 열에 특별히 강한 유전자 합성효소

☞ PCR 과정
1. DNA 의 변성(denaturation)

90°C - 96°C로 가열하여 double strand DNA(ds DNA)를 single strand DNA(ssDNA)로 분리시킨다. 높은 온도일수록 ssDNA 로 잘 이행되지만 Taq DNA polymerase도 온도가 아주 높은 상태에서는 활성이 낮아질 수 있으므로 보통 94°C로 한다. 첫 cycle에서는 확실한 변성을 위하여 약 5분간 지속시킨다.

2. Primer 의 결합(annealing)

50°C - 65°C에서 진행된다. 염기간의 결합은 G와 C는 세 군데에서 수소결합이 일어나고, A와 T는 두 군데에서 결합이 일어나므로 G+C 비율에 따라 결합온도에 변화를 주는 것이 좋다. 사실 primer 를 만드는 것도 이 annealing temperature를 고려하여 합성해야 한다. 일반적으로 GC content 가 50%가 되는 primer 쌍을 이용하는 것이 바람직하다.

참고자료

· http://biochemistry.yonsei.ac.kr/biochem_workshop/PCR.php
· http://www.flmnh.ufl.edu/cowries/PCR.gif
· http://universe-review.ca/I11-50-PCR.jpg
· http://blog.naver.com/thioridazine/80045454082