웹기반 전복 (Haliotis) SNP 데이터베이스 구축 (Construction of web-based Database for Haliotis SNP)

서지정보

· 발행기관 : 한국패류학회
· 수록지 정보 : The Korean Journal of Malacology / 26권 / 2호 / 185 ~ 188페이지
· 저자명 : 정지은, 이재봉, 강세원, 백문기, 한연수, 최태진, 강정하, 이용석

초록

본 웹 데이터베이스 서버의 구축을 통해 Haliotis 속간의 염기서열과 일치하는 서열을 자체 BLAST 를 통해 매우 빠른속도로 추출 할 수 있었다.
- Repeat elements, E. coli, vector 등의 서열들과 동시에BLAST를 시행할 수 있어 cDNA 또는 genomic DNA 라이브러리를 구축할 때 라이브러리의 오염, 삽입체의 길이 등의상태를 쉽게 확인 할 수 있었다.
- Clustering Res. 인터페이스를 통해 SNPs 발굴이 용이하게 되었으며 자체 구축된 primer3 를 통해 실험용 시발체를제작할 수 있게 되었다(Evans et al. 2001).
- 이러한 SNP 데이터베이스 구축은 SNP 발굴 작업을 극대화 시킬 수 있어 차후 수행될 Haliotis 관련 분자육종 관련연구에 많은 도움이 될 것으로 기대된다.

영어초록

The Web-based Haliotis SNP database was constructed on the basis of Intel Server Platform ZSS130 dual Xeon 3.2 GHz cpu and Linux-based (Cent OS) operating system. Haliotis related sequences (2,830 nucleotide sequences, 9,102 EST sequences) were downloaded through NCBI taxonomy browser. In order to eliminate vector sequences, we conducted vector masking step using cross match software with vector sequence database. In addition, poly-A tails were removed using Trimmest software from EMBOSS package. The processed sequences were clustered and assembled by TGICL package (TIGR tools) equipped with CAP3 software. A web-based interface (Haliotis SNP Database, http://www.haliotis.or.kr) was developed to enable optimal use of the clustered assemblies. The Clustering Res. menu shows the contig sequences from the clustering, the alignment results and sequences from each cluster. And also we can compare any sequences with Haliotis related sequences in BLAST menu. The search menu is equipped with its own search engine so that it is possible to search all of the information in the database using the name of a gene, accession number and/or species name. Taken together, the Web-based SNP database for Haliotis will be valuable to develop SNPs of Haliotis in the future.

참고자료

· 없음