Selection of RAPD Markers for Investigating Genetic Diversity in Dill (Anethum graveolens L.) Germplasm

서지정보

· 발행기관 : 한국국제농업개발학회
· 수록지 정보 : 한국국제농업개발학회지 / 24권 / 4호
· 저자명 : Jong-Wook Chung, Suresh Sundan, Jong-Hyun Park, Gi-An Lee, Jung-Sook Sung, Sok-Young Lee, Hyung-Jin Baek, Yeon-Gyu Kim, Gyu-Taek Cho

초록

딜에 관한 연구는 대부분이 항산화 물질 및 항암효과 등에 관한 연구가 수행되었으며, 유전적 다양성에 대한 연구는 수행되지 않고 있다. 작물의 유전적 다양성 분석은 자원의 보존, 관리 및 새로운 품종 개발 등에 활용될 수 있는 중요한 정보를제공한다. 본 연구는 Dill 유전자원에 대한 유전적 다양성 분석을 위한 마커 선발을 위해 수행하였다.
1. 유전적 다양성 평가를 위하여 Operon사의 OPA, OPB 그리고 OPC 3 set, 60개 RAPD 마커에 대해서 1차 선발 후, 재현성이 있는 마커를 최종 선발하였다. 선발된 RAPD 마커의 다형성 분석을 위하여 국립농업유전자원센터에서 보유중인 dill 자원 16점을 사용하였다.
2. PCR 산물의 크기가 200 bp에서 3,000 bp 사이에 있는band들을 분석한 결과, 마커 당 평균 7 ~ 14개의 단편들을 나타내었다. 총 band 수는 119개였으며, 그 중 109개가 다형성을보였다. 총 12개의 마커 중 7개의 마커는 모든 band가 다형성을 보였고, 나머지 5개 마커는 70%~ 91%가 다형성 band였다. 각각의 마커에 대한 Nei’s gene diversity(H) 지수는 0.13 ~ 0.28였으며, 평균은 0.214이다. Shannon’s information index(I) 지수는 0.23 ~ 0.44이며, 평균은 0.353이다.
3. UPGMA tree에서는 그루지아 원산 1점을 제외한 15점이 3개 군집으로 나누어졌다. 군집 I은 2점, 군집 II는 11점이 포함되었으며, 군집 III에서는 2점이 포함되었다. 본 실험으로 선발된 RAPD marker들은 dill 유전자원에 대한 유전적 다양성 분석에 활용될 수 있을 것이다.

영어초록

Dill (Anethum graveolens L.), a green leafy vegetable, belongs to the family Apiaceae(Umbelliferae) and is a good source of minerals and vitamins. This investigation was undertaken to assess the genetic diversity of 16 A. graveolens accessions based on random amplified polymorphic DNA markers. Of the 60 random primers used, 12 primers gave reproducible amplification banding patterns for 109 polymorphic bands out of 119 bands scored, accounting for 91.6% of the polymorphism across all the accessions. Seven primers (OPB07, OPB12, OPB13, OPB15, OPB18, OPB20, and OPC01) generated 100% polymorphic patterns. Nei’s genetic diversity and Shannon’s information index had their highest value for primer OPB15 and their lowest value for primer OPC04. Jaccard’s coefficient of similarity varied from 0.00 to 0.64, indicative of a high level of genetic variation among all the studied accessions. UPGMA cluster analysis indicated three clusters denoted as group-1, group-2, and group-3, and one outgroup. Despite the identification of several groups, these dendrograms showed no strong relationship with respect to geographical distribution. The result provides valid guidelines for the collection and conservation of dill genetic resources.

참고자료

· 없음