*지* 스토어

*지*

개인인증

팔로워0 팔로우

소개

등록된 소개글이 없습니다.

전문분야 등록된 전문분야가 없습니다.

판매자 정보

학교정보

입력된 정보가 없습니다.

직장정보

입력된 정보가 없습니다.

자격증

입력된 정보가 없습니다.

판매지수

판매중 자료수

22개
전체 판매량

112개
최근 3개월 판매량

0개
자료후기 점수

평균B
자료문의 응답률

-

전체자료 22개

하등동물의 다양성

실험 3. 하등생물의 다양성1. 실험 목적수서생태계에 서식하는 하등한 식물플랑크톤과 원생생물을 관찰함으로서 생물다양성을 탐구한다.2. 실험 원리1) 식물분류 - 지구상에는 약 50만종의 식물이 각기 다른 모습으로 살고 있다.(1) 고등식물 (Higher plant) - Root, Stem, Leaf로 분화, 육안으로 쉽게 구분(2) 하등식물 (Lower plant) - Root, Stem, Leaf로 미분화, 구분이 어렵거나 불분명① 조류 (Algae) - 엽록소가 있어서 광합성을 할 수 있는 것ⅰ) 대형조류 (Macroalgae), 해조류 - 육안으로 관찰 가능ⅱ) 미세조류 (Microalgae) - 크기가 작아 현미경으로 관찰 가능* 핵막의 유무에 따라 - Eukaryotic algae (조류를 제외한 모든 algae)- Prokaryotic algae (조류)② 균류(Fungi) - 엽록소가 없어서 광합성을 할 수 없는 것(3) 식물플랑크톤의 분류Chlorophyta녹조식물문: Chlorophyll a, b, 저장물질은 starchCyanophyta남조식물문: Chlorophyll a, PhycobiliproteinsChrysophyta황금조식물문: Chlorophyll a, b, fucoxanthin, oil, leucosinPyrrhophyta와편모조식물문: Carotene, starch 저장, 2개 이상의 편모Euglenophyta유글레나조식물문: 단세포성, Chlorophyll a, b, 저장물질은 paramylumRhodophyta홍조식물문: Phycocyanin, Phycperythrin, Chlorophyll a2) 원생동물(Protozoa)- 원생생물계 중에 동물에 가장 가까운 단세포성 생물- 3만~5만 여종- 담수, 해수에 서식(1) 일반적인 세포의 구조- 세포벽이 없고 세포막이나 박막 (pellicle)이 있다.- 핵막에 둘러싸인 핵을 가지고 있다.- Cell organell : 운동기관, 섭식기관, 배설, 체내수분조절, 소화기관(2) 생식법- 무성생식 : 이분법, 출아법- 유성생식 : 접합 또는 접합자를 만든다.(3) 원생동물의 분류 - 운동방식, 생식법에 따라 분류한다.Mastigophora편모충류: 편모로 자유롭게 운동Sarcodilna육질충류: 위족 운동Ciliata섬모충류: 섬모로 운동, 구조가 가장 복잡Sporozoa포자충류: 포자를 갖는 시기가 존재3. 실험 재료하천 또는 강, 해수에 서식하는 식물플랑크톤과 원생동물4. 시약 및 기구광학현미경, 스포이드, 슬라이드 글라스, 여과지, 비이커, 원심분리기, 채집병, 플랑크톤 넷트, 증류수5. 실험 방법1) 깨끗한 슬라이드 글라스에 스포이드로 시료를 2~3 방울을 떨어뜨린다.2) 증류수를 2~3 방울을 떨어뜨린 후 커버 글라스를 덮는다.3) 현미경 재물대 위에 놓고 저배율에서 초점을 맞추고 고배율로 검정을 한다.4) 현미경을 보면서 sketch 한다.6. ResultOdontella sinensis 를 관찰한 것으로 동그란 몸체와 편모가 보인다.Odontella aurita 와 Licmophora sp. 를 관찰한 것으로Odontella aurita 는 네모난 모양에 양 옆이 뾰족한 형태를 띠고Licmophora sp. 는 세모난 모양을 보이며 두 플랑크톤 다 엽록체가 보인다.Melosira nummuloides 사이에 Odontella aurita 가 끼어있는 형태로동그란 형태가 이어져 있는 모양의 Melosira nummuloides 를 관찰 할 수 있다.위로 동그랗게 보이는 것은 물방울 기포이다.사진을 찍지는 못했지만, Pleurosigma elongatum 은 긴 모양으로가운데 부분이 두껍고 위, 아래로 갈수록 얇아지는 형태를 보인다.7. Description이번 실험은 식물성 플랑크톤을 관찰하는 실험이었다. 5가지 플랑크톤을 관찰했는데 관찰한 플랑크톤 중 대부분이 조교님께서 그려주신 그림과 유사한 형태로 관찰되었다.먼저 Odontella sinensis는 다른 사람들이 관찰하지 못한 경우가 많았고 나도 관찰하기 어려웠다. Odontella sinensis는 동그란 몸체에 편모가 붙어있는 형태를 가지고 있는데, 편모가 거의 보이지 않아서 그저 동그란 형태로 보였다. 그래서 뭉쳐져 있는 Odontella aurita로 혼동하거나, 끊어진 Melosira nummuloides의 한 부분으로 잘못보기 쉬웠다. 편모는 얇고 개수가 적은 편이기 때문에 편모가 있는 미생물을 관찰할 때는 더 자세하게, 천천히 관찰해야 한다.Odontella aurita는 가장 많이 발견된 플랑크톤이다. 네모난 형태에 양 옆으로 동그라미와 세모가 겹쳐진 듯이 뾰족한 형태를 보이고, 네모난 몸체 안에 엽록체가 보인다. 너무 많이 발견되어 다른 플랑크톤과 겹쳐지는 경우가 많아서 Odontella aurita 때문에 다른 플랑크톤을 관찰하기 불편하기도 했다.Licmophora sp.(sp.는 종명을 모를 때 종명 대신에 쓰는 것)는 전체의 세모 모양 안에 동그란 모양의 엽록체가 보인다. 직접 관찰했을 때는 앞부분이 잘려나간 것 같은 세모 모양이여서 그림만 보고 관찰했을 때 당황하기 쉽다.Melosira nummuloides는 동그란 형태가 계속 이어져 있는 모습이다. 동그란 것이 이어져 있는 개수가 다 다르고, 다른 플랑크톤과 겹쳐져 있거나 Melosira nummuloides 스스로 꼬여있는 모습으로 관찰되는 경우가 많아서 전체적인 모습을 보는 것이 어렵다.나의 경우에는 Pleurosigma elongatum을 발견하지 못해서 다른 사람들이 찾은 상을 보았다. 플랑크톤이 제대로 섞이지 않아서 한 곳에만 같은 종의 플랑크톤이 모여 있는 경우가 있는 것 같다. Pleurosigma elongatum은 물고기의 지느러미 같은 형태로, 가운데 부분은 두껍고 위, 아래로 갈수록 얇아지는 모습을 보인다. 가장 두꺼운 부분에 동그랗고 투명하게 보이는 부분이 있고, 그 주위로 어둡게 보이는 부분이 있다. 아마도 어둡게 보이는 부분이 엽록체인 것 같다.이번 실험에서는 플랑크톤의 형태가 그림과 다르거나, 플랑크톤이 측면으로 있어서 다른 형태로 관찰되는 경우도 있었다. 그리고 플랑크톤의 분포도가 달라서 관찰하기 어려운 플랑크톤도 있었지만 식물성 플랑크톤의 엽록체 때문에 전체적으로 관찰하기 쉬운 편이였다.8.disccusion1. 생물의 분류■ 세균 Bacteria▶ 진정세균계 Eubacteria■ 고세균 Archaea▶ 시원세균계 Archaeabacteria■ 진핵생물 Eucarya▶ 원생생물계 Protista▶ 균계 Fungi▶ 식물계 Plantae▶ 동물계 Animalia2. 규조류현생종은 6,000∼1만 종으로 알려져 있다. 흔히 돌말이라고 부르는 종류이며 황조식물(黃藻植物)의 1강으로 분류하기도 하고, 규조식물문으로 독립시키기도 한다. 민물과 바닷물에 널리 분포하는 플랑크톤이며 수중생태계의 생산자로서 어패류의 먹이로도 중요하다.모두 단세포이고 규산질로 된 단단한 껍질이 있다. 껍질은 위껍질과 아래껍질로 구별되며 위껍질이 아래껍질을 반쯤 덮고 있어서 마치 벼루상자의 뚜껑과 몸집처럼 서로 가까이 붙어 있다. 따라서 위에서 본 모양과 옆에서 본 모양이 다르다. 껍질에는 기하학적인 여러 가지 무늬와 돌기가 있어서 아름다운 무늬를 나타낸다.몸 속에는 많은 세포액이 있으며, 색소체로는 엽록소와 규조소(diatomin)가 있고, 동화산물은 녹말이 아니고 지방과 볼루틴(volutin)이라는 다당류이다.생식은 무성생식으로서 2분법(二分法)으로 번식하는데 그 방법이 특이하다. 처음 원형질이 둘로 나뉘어 위껍질과 아래껍질로 들어가고 난 뒤 위·아래의 껍질이 떨어져 나가며, 각각 새로운 껍질이 본래 껍질의 안쪽에 생긴다. 껍질은 자라지 않기 때문에 이러한 분열을 계속하면 크기가 점점 작은 개체들이 나온다.

자연과학| 2010.11.27| 7페이지| 1,000원| 조회(114)

미생물, 하등동물의 다양성, 수서생태계

미리보기

닫기
2. SDS-PAGE 예비레포트

Date 2013년 4월 1일Subject SDS-PAGEPurpose HPCL로 얻어낸 단백질을 SDS-PAGE를 이용해 확인해본다.IntroductionA. Tris-Tricine SDS PAGE의 조성stock solutions20% (2ml)16.5% (6ml)10% (2ml)4% (4ml)49.5% (32:1) acrylamide sol.0.8082.0000.4040.3233x Tris-tricine gel buffer0.6672.0000.6671.33350% glycerol0.4001.2000.400-water0.1210.8000.5232.32925% APS sol. [㎕]3.310512TEMED [㎕]0.752.25131h at 30V, each 10min + 15V ⇒ 100V, then 100Vstock solutions12% (10ml)12% (5ml)49.5% (32:1) acrylamide sol.3* 0.8082* 0.6063x Tris-tricine gel buffer4* 0.8332* 0.83350% glycerol2* 1.0001.000water3* 0.7472* 0.56025% APS sol. [㎕]2010TEMED [㎕]4.52.2515-20min at 90V, then 120V※ 각 조성의 역할tris : 전류가 흐를 수 있도록 전도체 역할을 한다.Glycerol : 침강제 역할을 한다.SDS : 음전하의 계면활성제로 3차 구조를 1차 구조로 denature시켜 아미노산 한 분자당 한분자의 SDS가 결합하게 된다.DTT 또는 mecaptethanol : protein의 disulfide bond를 끊음TEMED : gel을 굳히는 역할Coomasie blue : gel을 staining하여 눈에 보이게 한다.Destaining buffer : gel staining을 탈색시키는 역할B. SDS PAGE의 원리SDS PAGE(Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamid Gel Electrophoresis)는 아미노산 사슬끼리의 결합(S-S결 합 등)을 절단하여 단백질을 아미노산이 다수 연결된 단일사슬의 polypeptide 상태로 만든다. polypeptide 사슬이 길수록 acrylamide가 이루는 그물주로를 통과할 때 망에 더 많이 걸려 이동도가 작게 되고, 짧은 분자일수록 이동도가 크게 된다. 그러나 단백질은 그것을 구성하는 아미노산 조성의 차이에 따라 각각 특유의 전하를 가지기 때문에, 전압을 걸면 각각의 전하에 따라 이동하게 되고, 단백질의 크기(분자량)의 차이에 의한 분리를 할 수 없게 된다. 이 때문에 샘플 단백질의 전하를 똑같이 마이너스로 하기 위해 음이온성 계면활성제인 SDS를 단백질에 결합시켜, 각각의 단백질 전하를 거의 일정하게 만든 후에 전기영동을 실시한다. 이렇게 함으로써 단백질의 분자량 차이로 이를 분리하는 것이 가능하게 된다. 이 실험에서 두 가지의 buffer, 즉 Running buffer와 Loading buffer를 사용하는데 이는 pH를 유지하고 단백질을 외부환경으로부터 보호하는 역할을 한다. Running buffer는 전기영동에 쓰이는 gel에 넣어주는 buffer로, pH를 8.3으로 유지시켜주며 전기가 잘 흐르도록 도와준다. Loading buffer는 전기영동시 단백질과 섞어 loading하는데 쓰이는데, 이는 단백질이 파란색을 띠게 하고 단백질이 퍼지지 않고 가라앉도록 도와주는 역할을 한다.SDS-PAGE는 stacking gel과 Running gel로 구성되어 있는데 각각은 다른 역할을 가지고 있다. PAGE의 stacking gel에 샘플을 로딩하고 전기를 걸어주면 이온들은 (+)쪽으로 진행하게 된다. 이 때 이동되는 것이 단백질, Cl 이온, Glycine 이온 등이다. 단백질은 SDS에 둘러싸여 있어서 모두 음전하를 띠고 있고 Cl- 역시 음전하를 띤다. 문제는 글리신인데 이것의 pI (Net Charge 가 0이 되는 pH)가 대략 6.2 정도이다. 따라서 글리신은 pH6.8의 Stacking gel에서 일부만 음전하를 띠게 되며 결국 Stacking gel에서의 이온들의 이동속도는 Cl- > 단백질 > Glycine 이온의 순서가 된다. 전기장을 걸어주었을 때 염소이온은 가장 작기 때문에 가장 먼저 이동하고 글리신은 늦게 이동하게 된다. 이렇게 이온들 간의 이동의 차이가 생기면 그 사이에는 국부적으로 High Voltage gradient가 만들어지게 되고 결국 그 안의 단백질은 매우 빠르게 움직일 수 있게 된다. 단백질의 이동속도가 두 이온(염소이온, 글리신이온) 사이에서 빨라진다는 것은 단백질 크기가 크거나 작은 것의 차이로 인한 이동속도 차이를 거의 없게 만든다는 의미가 있다. 물론 staking gel에서 폴리아크릴아마이드의 조성이 상대적으로 작아 큰 단백질도 쉽게 내려갈 수 있다는 이유도 있지만 보다 본질적으로 큰 단백질의 이동속도가 염소/글리신이온으로 형성되는 영역에서 빠른 속도를 가질 수 있어 작은 크기의 단백질과 비슷한 속도를 갖게 된다. 작은 단백질 또한 더 빨리질 수 있지만 그것은 염소/글리신이온의 영역 내에서만 해당되는 것이고 염소이온 이동선을 넘어갈 때는 그러한 속도증가효과가 없어진다. 결국 stacking gel에서는 염소/글리신 이온간의 gap에 단백질의 크기에 관계없이 단백질들이 모여서 이동하게 되고, 이것은 이후 Running gel에서 Starting line을 동일하게 만들어 줌으로 분자크기간의 비교를 좀 더 정확하게 볼 수 있게 해준다.

자연과학| 2013.07.01| 3페이지| 2,000원| 조회(1,024)

SDS PAGE, SDS PAGE 예비, SDS PAGE 예비레포트

미리보기

닫기
1. HPLC system 결과레포트

1. Materials & ApparatusHPLC, Humulin, A buffer(0.1% TFA, H₂o), B buffer(90% Acetonitrile, 0.1% TFA), e-tube2. Method1) Humulin 혼합용액을 Vial에 공기가 들어가지 않게 조심히 넣는다.2) Vial의 뚜껑을 닫고 HPLC 기계에 넣은 다음 Method를 설정한다.3) 모니터에 출력되는 그래프를 보면서 peak가 나올 때마다 elution을 받는다.3. Result4. DiscussionA. 결과분석결과 사진을 보면 peak가 크게 3개로 확인된다. 그래프의 peak 높이는 흡광도를 나타내므로 peak의 높이가 높을수록 검출되는 양이 많은 것이라 볼 수 있다. 이 때, 1번의 peak는 다른 것과 비교하여 흡광도가 너무 크다. 이는 극성이 높은 salt가 먼저 나와 흡광도가 크게 보이는 것으로 생각된다. 반면에 3번의 peak는 흡광도가 거의 zero의 가까운 것으로 보여, 우리가 정제하고자 하는 Humulin은 2번 peak인 것으로 생각된다.B. HPLC column과 그것의 선택기준컬럼의 구성은 관 모양의 용기에 충진제를 채워서 사용하도록 구성되어 있으며, 분석시료의 종류에 따라 컬럼의 크기 및 충진제의 종류를 선택하여 사용한다. 컬럼의 역할은 혼합상태의 시료를 화학적/물리적 특성에 따른 머무름(retention) 정도의 차이에 의해 혼합성분을 단일성분으로 분리한다. 컬럼의 종류는 순상, 역상, 이온, 크기배제 컬럼 등이 있다.컬럼 선택시 고려할 점은 충진제의 재질, 충진제의 입자 크기, 충진제의 형태, 충진제의 pore size 등이 있다. 충진제의 입자 크기가 작을수록 분리 효율은 증가하며, Back pressure도 증가한다입자크기용도5 μm높은 분리효율과 적합한 작동압력을 제공. 분석용 컬럼으로 가장 많이 사용됨3 μm분석시간의 단축할 수 있으나 컬럼 제작에 어려움이 있다.10 μmQA 목적 실험이나 분취 목적등으로 많이 사용된다.> 10 μm분취 목적 응용에 사용.a. Normal Phase(흡착작용)a Functional Group(작용기)의 Polarity에 의해 분리가 일어난다.a일반적으로 non-aqu., non-polar solvent를 사용하여 극성이 큰 물질이 나중에 용출된다. (a) (b)b. 역상 컬럼(분배 작용)a Bonded compound(C18, C8, CN,ph)와 분석 물질 간의 상호작용에 희한 분리가 일어난다.a일반적으로 polar solvent를 사용하며 비극성이 큰 물질이 나중에 용출된다.c. 이온교환 컬럼(Ion Exchange)이혼화도 차이에 의해 분리가 일어난다.(c) (d)d. Size exclusion(분자체 작용: 크기 배제)* 컬럼 선택 프로세스1.분석하고자 하는 시료의 물리. 화학적인 특성 검토2.분리에 적합한 컬럼 선택(충진제의 극성도, 입경, 컬럼의 내경 및 길이를 고려)3.표준품을 이용한 크로마토그램 획득4.최적효율의 분리를 위한 용매의 조성비 결정5.피크의 분리간격 최적화6.피크의 분리가 적합하지 않은 경우 컬럼 변경시료에 따라 칼럼을 선택할 수도 있다.1. Hexane에 녹는 시료 : Normal Phase mode를 사용한다.2. THF에 녹는 시료는 지용성 GPC 칼럼인 styragle HR column 중에서 작은 분자량에 맞는 칼럼을 선택한다.3. Methanol 또는 Ethanol/water 혼합물에 녹는 시료는 Normal Phase와 reverse phase 모두 사용 가능하다.

자연과학| 2013.07.01| 3페이지| 2,000원| 조회(192)

크로마토그래피, HPLC, HPLC system 결과레포트

미리보기

닫기
분자생물학실험 논문

Unknown DNA Cloning 후Sequencing하여 DNA Sequence 분석하기20102769 김지현Sequence를 알지 못하는 Unknown DNA가 들어있는 pcc1fos plasmid를 제한효소로 잘라puc18에 삽입하여 cloning한 후, 그 sequence를 알아내어 Unknown DNA의 정보를 얻을 수 있다.2013년 6월Unknown DNA가 들어있는 pcc1fos plasmid를 여러 가지 제한효소로 잘라본 후, insert로 사용하기에 가장 적합하게 잘리는 제한효소를 선택한다. 선택한 제한효소로 pcc1fos와 vector인 pUC18 plasmid를 자른다. pUC18이 스스로 다시 붙지 않도록 CIP처리를 한 후, 잘린 pcc1fos와 pUC18을 Ligation하여 붙여준다. 각 enzyme 처리 후에는 phenol/chloroform extraction으로 enzyme의 활성을 죽이고 purify해준다. insert가 들어간 plasmid를 heat shock을 주는 방법으로 transformation하여 host에 넣어주고 이를 LB배지에 키워 cloning한 후 insert가 들어간 vector를 Blue/white screening 기법으로 구분하여 insert가 들어가 lacZ 자리가 변화된 white colony를 따서 insert 크기를 확인한다. 적당한 insert가 들어간 cell의 plasmid를 prep하여 sequencing을 통해 Unknown DNA의 sequence를 알아내고 blast, ORF finder등을 통하여 DNA의 정보를 알아낸다.Material and Method1) pUC18 Prep? materialpUC18, LB배지, conical tube, centrifuge,solutionⅠ, solutionⅡ, solutionⅢ, pipettewash solution, e-tube, column, 3’D.W, E.coli? methodpUC18이 transformation된 E.col서 10분간 centrifuge를 돌린다. 용액이 supernatant과 pellet으로 나뉘면 supernatant을 pipette을 이용하여 최대한 따서 column에 모은다. wash solution 650㎕을 넣어 2분간 centrifuge 한 후 collection tube에 flow-through를 버리고, column에 남아있는 에탄올을 완전히 없애기 위해 실온상태로 13,000rpm에서 10분씩 centrifuge를 2번한다.최종적으로 column에 남아있는 DNA를 얻기 위해 collection tube 대신 새로운 e-tube를 끼우고, column의 필터부분에 정확히 50㎕ 3'D.W를 넣어 DNA를 녹여준다. 잠시 후 3’D.W에 녹은 DNA를 e-tube에 모으기 위해 실온, 13,000rpm에서 5분간 centrifuge를 한다.2번의 Gel electrophoresis 방법을 이용하여 위에서 얻은 시료 3㎕와 loading dye 1㎕을 섞어 gel에 loading 한다. 100V에서 15분 전기영동한다.4) pcc1fos에 제한효소 처리? materialenzyme (HindⅢ, BamHⅠ, EcoRⅠ), e-tubeNE buffer 2, NE buffer 3, EcoRⅠ bufferpcc1fos, BSA, 3’D.W, incubator, pipetteDNA 10㎕DNA 10㎕DNA 10㎕NEbuffer2 5㎕NEbuffer3 5㎕EcoR1 buffer 5㎕HindⅢ 1㎕BamHⅠ 1㎕EcoR1 1㎕3’D.W 34㎕BSA 5㎕3’D.W 34㎕3’ D.W 29㎕total 50㎕total 50㎕total 50㎕? method각 enzyme에 따라 labeling된 e-tube에위의 조성을 맞추어 준 후, 37℃에서 30분 incubation하여 제한효소 처리를 한다.결과 확인을 위해 0.7% agarose gel에 uncut 샘플 5㎕과 각 효소 처리한 샘플, 1kb maker 1㎕씩을 loading dye 1㎕과 섞어 loading하mpicillin, plate? methode-tube에 competent cell (E.coli EPI300) 100㎕와 전날 ligation 시킨 DNA 10㎕을 넣고 ICE에서 5분 둔 후, 42℃에서 90초간 heat shock을 준다. 이를 LB배지 900㎕에 넣고, 37℃에서 1시간 incubation. 준비된 LA, X-gal plate에 배양액 100㎕을 spreading 과 streaking 해준다. 남은 용액은 13,000rpm에 1분 centrifuge 하여 cell을 가라앉히고 supernatant을 600㎕ 정도 따서 버려 농축해준 후, cell을 풀어 남은 300㎕ 정도를 다른 plate에 spreading 과 streaking 해준다. streaking할 때는 유리막대에 알코올과 불을 통해 소독한 후 식혀서, 알코올램프 주위에서 실시한다. streaking된 plate는 37℃에서 overnight incubation 시킨다.다음날 bench에서 alcohol lamp를 켠 후에 11ml LB배지에 22㎕의 ampicillin을 첨가한다. Glass test tube 2개에 위 용액을 5㎖씩 나누어 담은 후 전날 키운 plate에서 white colony 2개를 따서 각각 하나씩 접종한다. 37℃에서 16시간 배양한다.Culture한 cell을 3,000rpm에서 10분간 centrifuge하고 supernatant을 모두 제거한 후 ?20℃에 보관한다.10) Transformation Cell prep? materialTransformation된 Cell, conical tube, e-tube, solutionⅠ, solutionⅡ, solutionⅢ, 3’D.W, centrifuge, wash solution, pipette, column? methodpUC18 prep과 같은 용량, 같은 방법으로 실시하며 마지막에 column에 30㎕ 3‘D.W에 DNA를 녹인다.결과 확인을 위해 Blue colony prep pUC18 2㎕과 정도로 증가한다. Heat shock protein 90은 열과 관련된 단백질 중 하나인데, 90이 붙는 이유는 단백질의 무게가 90KDa이기 때문이다. 90kDa은 fibrous 단백질이 아닌 단백질 중에 매우 큰 편인데, Hsp90은 bacterial나 모든 branches의 eukaryotes에서 찾을 수 있으나 archaea에서는 찾을 수 없다. 이를 고려하면 세포질의 Hsp90은 eukaryotes에서 매우 필수적인 단백질이나, heat stress가 없는 환경에서 자라는 박테리아에게는 없어도 되는 단백질임을 알 수 있다.그러나 이후에 열이 가해지지 않은 세포에서도 Hsp90이 중요한 기능을 한다는 것이 밝혀졌다. 열이 가해지지 않은 세포에서 Hsp90은 folding을 도와주는 역할, intracellular transport, 세포 유지, 단백질 degradation 등의 기능을 한다.Reverse sequence를 Nucleotide blast로 분석한 결과로 위의 사진과 같이 Burkholderia thailandensis E264 chromosome Ⅰ이 83%의 identity와 가장 높은 score로 나왔다. 102의 score를 가진 다른 결과 역시 Burkholderia thailandensis이며 87.9의 score를 가진 모든 결과가 Burkholderia에 포함되므로 실험한 DNA는 Burkholderia 속의 thailandensis 종의 유전자 속 DNA일 확률이 높다.Burkholderia thailandensis는 자연적으로 토양에서 발견되는 Gram-negative bacillus로 발효를 시키지 않으며 운동을 가지고 있다. Burkholderia pseudomallei와 긴밀한 관계가 있으나 Burkholderia pseudomallei와 달리 인간이나 동물에서 드물게 병을 일으킨다. 이것의 치사 접종률은 B. pseudomallei에 비해 약 1000배 높다. 이것은 대게 이것의 arabinose 분해 능력으로 Bliner form의 형태로 나뉜 것이다. 밴드가 puc18 prep 결과에 비해 뭉쳐있는데, 전기영동 시간을 더 늘려주었다면 밴드가 확실히 나뉘었을 것이다.4) pcc1fos에 3가지 제한효소 처리HindⅢ의 경우 Uncut pcc1fos의 가장 작은 super-coiled form의 밴드와 같은 size의 밴드 하나만 진하게 나왔다. 이는 HindⅢ에 의해 잘리지 않고 충분한 시간에 의해 모든 pcc1fos plasmid가 super-coiled form으로 변한 것이다. 즉, 우리가 사용한 DNA에는 HindⅢ restriction site인 AAGTCC가 없다. BamHⅠ은 4개의 밴드가 형성되었고 모든 밴드의 size가 Uncut pcc1fos보다 작은 것으로 보아 plasmid가 잘린 것이다. 이는 우리가 사용한 DNA에 BamHⅠ restriction site인 GGTACC가 있다는 것이다. 그러나 잘린 밴드의 size가 다 vector인 pUC18에 비해 커다랗기 때문에 vector에 잘 삽입되지 않을 확률이 크다. 혹은 삽입되어도 host를 배양할 때 너무 큰 size로 인해 host가 vector를 잘 키우지 않을 확률이 크므로 다른 restriction site를 가진 EcoRⅠ으로 처리해주었다. 그 결과 다른 제한효소에 비해 다양한 size의 밴드가 나왔다. sequencing을 해도 정보를 거의 얻지 못할 수 있는 1kb 미만의 밴드가 존재 하지만 1kb 미만의 밴드 외에 다른 밴드가 삽입될 확률이 높으며 BamHⅠ으로 자른 것보다 size가 작고 다양하기 때문에 EcoRⅠ을 사용하기로 결정했다.5) pUC18과 상봉DNA에 EcoRⅠ처리EcoRⅠ 처리결과 pUC18은 Uncut의 super coiled form보다 큰 밴드 하나만 보인다. 이는 EcoRⅠ restriction site가 한자리이고 그곳이 잘려 모두 liner form으로 바뀌었다. marker를 함께 loading하지 않아 정확한 size는 알 수 없지만 상봉은 처음

자연과학| 2013.07.01| 11페이지| 2,500원| 조회(355)

유전자재조합, 분자생물학실험, 분자생물학 실험논문

미리보기

닫기
3. CD,Tm 예비레포트

1. Circular Dichroism1) 원리단백질은 거울상 이성질체인 D form과 L form으로 이루어져 있으며 이 두 가지 form이 동일한 양으로 구성된 화합물을 Racemic mixture 라고 한다. 편광된 빛이 이러한 asymmetric medium을 통과하게 되면 편광된 빛의 방향이 바뀌게 되는 ‘optical rotation’이 일어난다. 동시에 polarization loss도 일어나는데, ellipticity 라고 불리는 이러한 loss를 측정하여 ellipticity 크기와 경향을 diagram으로 나타낸 것이 Circular Dichroism이다.2) 장단점 및 사용용도Circular Dichroism은 sample의 크기에 상관없이 낮은 농도로 측정이 가능하며, 다른 실험에 비해 간단하고 빠르며, 정교한 측정이 가능하다는 장점이 있다. 그에 반해 α-helix에서는 비교적 높은 신뢰도를 보이는 반면에 β-sheet에는 높은 오차율을 보인다는 단점이 있다.UV Circular Dichroism은 단백질의 2차 구조 분석을 위해 사용되며, UV/vis Circular Dichroism은 charge-transfer transitions 조사를 위해 사용된다. Near-infrared CD는 금속의 d → d transition을 살피는 조사에 의한 geometric, electronic 구조를 측정한다. 적외선 energy로부터 받은 빛을 이용한 Vibarational circular dichroism은 작은 유기분자와 가장 최근의 단백질과 DNA의 구조 연구를 위해 사용된다.2. Melting Temperature (Tm)1) 정의DNA의 double strand를 형성하고 있는 염기쌍 간 hydrogen bond는 가열하면 파괴되어 2개의 single strand DNA를 형성한다. 이것을 DNA의 용융이라고 하며 그 온도를 녹는 온도(melting temperature)라 하는데, 보통 이 용융에 따른 변화의 중점을 일컬어 약기로 Tm이라고 한다.Double strand가 풀리면 염기의 적층이 없어지고 260nm에서 흡수계수의 증가, 즉 흡광증가 현상이 일어나기 때문에 흡광도 측정을 통해 Tm값을 구할 수 있다. 그 밖에도 원평광의 2색성이나 광회전 분산을 이용하여 측정할 수 있다.Tm 값의 변화는 3개의 hydrogen bond를 이루는 DNA의 C,G 함량에 비례하고, 뉴클레오티드 사슬이 길수록 그 값이 높아진다, 또한 통일 DNA라도 이온 세기나 2가 금속이온, 폴리아민 등에 의해 상승하고 알코올류나 포름아마이드 등의 유기 저분자 등에 의해 저하된다.2) 계산방법① 흡광도를 측정하여 구하는 방법흡광도 그래프에서 native state와 unfolding state에 해당하는 값을 구한다. 두 값의 평균을 구해 중간 흡광도를 구하고 그 값에 해당하는 온도를 구한다. 그러면 그 온도가 Tm이다.* DNA helix를 염기쌍 사이 상호작용의 string으로 여긴다.② Nearest-neighbor method[salt] : monovalent cation의 농도 , [Oligo] : Oligo의 농도* Tm 사용용도어떤 단백질을 가지고 실험할 때, 실험 시 적용되는 온도 혹은 실험과정에서 불가피하게 가해지는 온도범위에서 그 단백질이 안정한지를 판단하기 위해 사용된다.Referencehttp://blog.naver.com/oise523?Redirect=Log&logNo=80002803265http://en.wikipedia.org/wiki/Circular_dichroism

자연과학| 2013.07.01| 2페이지| 2,000원| 조회(250)

CD, TM, Circular Dichroism, Melting Tempera..

미리보기

닫기