다음 문제의 답을 답안지에 옮겨 쓰시오. 퇴장 시에는 문제지도 함께 제출하십시오.1. 다음 그림은 모로의 작품이다. 이 그림에서 프로메테우스가 인간에 대한 사랑 때문에 스스로를 희생한다고 이야기한다면 다음 어떤 설명일까?ⓐ 예수 그리스도의 이미지ⓑ 손에 쥐고 있는 횃불ⓒ 님프들이 그의 고난을 슬퍼함ⓓ 옆구리에서 피가 흐름2. 다음 중 아레스의 원형에 속하지 않는 것은?ⓐ 공격적이다ⓑ 정의로운 전쟁을 관장 한다ⓒ 가치를 인정받지 못 한다ⓓ 즉각 반사적인 성격이다3. 다음 중 비너스 여신의 저주에 속하지 않는 것은?ⓐ 판도라 ⓑ 렘노스의 여인들ⓒ 키뉘라스의 딸들 ⓓ 튄다레오스 왕4. 다음 크로노스의 만행사건의 상징성과 관련이 없는 것은?ⓐ 프랑스혁명 ⓑ 6.25 한국전쟁ⓒ 4.19 혁명 ⓓ 한일월드컵5. 제우스신이 신들의 미움을 산 프로메테우스를 죽이지 않고 형벌만 가한 이유는?ⓐ 티탄족인 프로메테우스가 티탄과 올림포스 신족간의 전투에서 제우스의 편을 들었기 때문이다ⓑ 아테나 여신이 그가 창조한 인간에게 혼을 주는 등 보호하기 때문이다ⓒ 죽이기에는 너무 똑똑하고 꾀가 많은 인물이기 때문 이다ⓓ 제우스 신상에 대한 비밀을 알고 있기 때문이다6.크로노스가 자신이 낳은 자식을 모두 삼켜버린다는 이야기와 관련 없는 이야기는?ⓐ 제 아무리 절세미인이라도 나이는 못 속인다.ⓑ 십년이면 산천도 변한다.ⓒ 세월이 약이야.ⓓ 십리도 못가서 발병난다7. 헤라 여신은 남편 제우스의 사랑을 되찾기 위해 마법의 띠인 케스토스 비마스를 빌려 왔다. 이 띠의 주인은 누구인가?ⓐ 아테나 ⓑ 아프로디테 ⓒ 아르테미스 ⓓ 에로스8. 다음 신화의 개념에 속하지 않은 것은?ⓐ 구전이 바탕이 된다ⓑ 로고스와 구별 된다ⓒ 실제의 사건들을 다양하게 흡수 한다ⓓ 다의적이다9. 다음 중 아말테아와 관련이 없는 것은?ⓐ 이다 ⓑ 제우스 ⓒ 염소 ⓓ 가이아10. 다음 그림은 티치아노가 그린 이다. 이 그림에서는 신화 이야기와는 달리 주인공이 돌을 어깨에 지고 산등성이를 오르고 있는데, 이러한 묘사를 통해서 작적으로 ‘만물의 여신’ 혹은 ‘만물의 터전’으로 그려지고 있다. 이러한 수식어가 따라다닌다는 사실은 여신이 생명의 모태로서 숭배 받던 원시 ________의 흔적이라고 해석하고 있다.3) 고대 그리스인들은 어둡고 불투명한 세계를 배척하고 밝고 투명하고 확실한 세계를 지향했다. 그래서 그들은 여러 신들 중 이성의 신 아폴론과 지혜의 여신 아테나를 자신들의 이상을 가장 잘 대표하는 신으로 받드는데, 그것은 그들이 ________를(을) 좋아했기 때문이다.4) 고대 그리스인들의 사고 중에서 가장 중요하게 생각되는 것은 __________ 이다.5-7) 그리스인들은 자신들만이 이성을 갖고 세상을 객관적으로 파악할 줄 아는 민족이라고 생각하고, 스스로를 _________라 칭했다. 반면에 비이성적이고 오직 힘자랑만을 일삼는 민족들을 _________라 불러 자신들과 늘 구분하려 했다. 지금도 그리스인들은 그들의 국호를 ‘그리스’라고 부르지 않고 ________로 부르기를 더 좋아하는 것은 이러한 역사에서 기인하는 것이라고 한다.8) 아테나여신을 상징하는 새는 ________ 이다.9) 로마신화에서 넵투누스(Neptunus)는 원래 그리스 신화의 __________ 신이다.10) ‘Geography’, 지질학의 geology(logic=학문), 기하학의 geometry (meter=측정) 등의 단어의 접두사로 붙은 geo-는 __________ 신에서 유래한 것이다.11) 카오스에서 코스모스로의 진입은 혁명적인 역사적 진보라고 본다면, 인류의 역사를 볼 때 급격한 변화가 늘 피를 요구한 것처럼, ___________의 만행은 역사가 요구하는 피와 공포의 상징일 수 있다.12) 제우스의 등장은 그리스 신화에서 이제 인격신이 __________을 제압했다는 의미이다.13) ‘모든 선물을 다 받은 여자’라는 의미의 신화인물은 _________이다.14) 신화를 통해서 우리는 어떤 일들이 어떻게 일어났는가를 유추할 수 있다. 그렇다면 신화는 _______의 선조라고 할 수 있다fenbach의 작품 의 소재가 된 신화이야기는?ⓐ 헬레와 프릭소스의 비극ⓑ 오르페우스와 에우리디케의 비극적 사랑ⓒ 아폴론과 다프네의 비극적 사랑ⓓ 프로세르피나와 지하의 신 하데스의 사랑과 결혼6) 미노타우로스와 관련이 없는 것은?ⓐ 미궁 ⓑ 파시파에 ⓒ 황소 ⓓ 아리아드네7) 다이달로스의 이야기가 현대인에게 제기해 주는 문제는?ⓐ 자만심은 분별력을 잃는다ⓑ 태양에 거슬리면 안된다ⓒ 허황하게 들 뜬 마음을 상징한다ⓓ 기술발명의 오용의 위험성을 전한다8) 다음 중 괴물 미노타우로스를 처치한 영웅은?ⓐ 테세우스 ⓑ 아리아드네 ⓒ 미노스 ⓓ 페르세우스9) 메데이아는 복수의 여인으로 부각되어 있는 인물이다. 두 아들을 죽이게 된 직접적인 원인과 관계되는 인물은?ⓐ 아이손 ⓑ 글라우케 ⓒ 펠리아스 ⓓ 크레온10) 소포클레스의 작품 중에서 장님이 된 오이디푸스가 일장춘몽과 같은 인생의 행로를 걷고 세상의 이치를 깨닫는 고뇌가 묘사된 작품은?ⓐ 콜로노스의 오이디프스 ⓑ 오이디프스왕ⓒ 안티고네 ⓓ 이피게네이아11) 오이디푸스 신화에서 아버지에 대한 적대감은 어머니에 대한 성적 욕구와 관련된 것이 아니라, 가부장제 사회의 권위주의적인 부자관계에 그 원인이 있다고 주장한 심리학자는 누구인가?.ⓐ 프롬 ⓑ 프로이트 ⓒ 니체 ⓓ 아리스토텔레스12) 버나드 쇼의 희곡 이 보여 주고자하는 의도는?ⓐ 예술지상주의 비판 ⓑ 그리스 신화의 부활ⓒ 유럽 상류사회 고발 ⓓ 언어학의 사회기여도13) 다음 중 ‘디오니소스 적’에 속하지 않는 것은?ⓐ 본능적이다 ⓑ 야성적이다ⓒ 충동적이다 ⓓ 조형예술에서 찾아 볼 수 있다14) 다음 중 헬레스폰트와 관계 없는 것은?ⓐ 헬레 ⓑ 프릭소스 ⓒ 황금양피 ⓓ 이노15) 다음 중 아프로디테의 저주에 해당되지 않은 인물은?ⓐ 니오베의 자식들 ⓑ 틴타레오스의 딸들ⓒ 키니라스의 딸들 ⓓ 렘노스의 여인들16) 다음 뮤즈 여신 중에서 ‘춤과 음악’을 관장하는 여신은?ⓐ 우라니아 ⓑ 탈리아 ⓒ 폴뤼힘니아 ⓓ 클리오17) 다음 중 헤라클레스의 난제에 속하지 않는 것은?ⓐ를 헬라스 혹은 헬레네스라고 부르기를 좋아하는데 그 이유의 뿌리는 무엇인가?① 그리스인들은 운동을 좋아하기 때문이다② 그리스인들은 이성을 갖고 있는 민족이라고 생각하기 때문이다③ 그리스인들은 힘자랑을 일삼는 민족이기 때문이다.④ 그리스인들은 세계적인 신화를 갖고 있기 때문이다9) 그리스인들이 자신의 이상과 가장 일치하는 신이라고 생각한 신은?① 아프로디테 ② 제우스 ③ 디오니소스 ④ 아폴론10) 그리스신화의 자연신에 속하지 않는 신은?① 크로노스 ② 카오스 ③ 에로스 ④ 가이아11) 다음 중 카오스에 대한 설명이 아닌 것은?① 혼돈을 의미한다 ② 빈 공간을 의미한다③ 정신의 혼돈을 의미한다 ④ 벌어진 틈이라는 의미이다12) “나비효과”는 다음 어느 신에서 유래했는가?① 에로스 ② 카오스 ③ 가이아 ④우라노스13) geography, geology, geometry등의 단어가 유래한 신은?① 에로스 ② 가이아 ③ 우라노스 ④ 카오스14) 다음 중 에 적합하지 않은 것은?① 대기학자 제임스 러브록이 주장했다② 지구는 살아 있는 생명체이다③ 지구 생물권은 주변 환경에 적응시켜 생존하는 존재이다④ 지구 생물은 환경을 활발하게 변화시키는 존재이다15) 다음에서 신화의 의미에 속하지 않는 것은?① 그리스어로 "전설', '이야기', '대화', 혹은 그냥 '말‘을 뜻한다.② '이성(로고스)'과 '역사(히스토리아)의 반대 개념③ 구전이 바탕이 된다.④ 실제의 역사적 사건이나 문화적 발전 등 새로운 요소들을 수 용하지 않는다.16) 다음 신중에서 시간의 경과를 의미하는 신은?① 우라노스 ② 크로노스 ③ 헬리오스 ④ 디오니소스17) 크로노스의 만행이 상징하는 것은?① 모든 것을 삼켜버리는 시간의 잔인함② 인격신 제우스의 등장③ 가이아의 위세④ 레아의 지략18) 다음 중 크로노스와 제우스의 투쟁이 의미하지 않는 것은?① 엘렉트라 콤플렉스 ② 부자갈등의 원형③ 크로노스 콤플렉스 ④ 이성의 승리19) 고대 그리스인들은 그들의 신들은 올림포스 산에 궁전을 짓고 산다고 생각한다. 그들이 카오스에 대한 설명이 아닌 것은?① 혼돈을 의미한다 ② 빈 공간을 의미한다③ 정신의 혼돈을 의미한다 ④ 벌어진 틈이라는 의미이다23. 고대 그리스인들은 그들의 신들은 올림포스 산에 궁전을 짓고 산다고 생각한다. 그들이 먹는 음식은 무엇이라 하는가?① 넥타르 ② 이코 ③ 오렌지 ④ 암브로시아24. 다음 중 제우스 덕에 존재하는 신이 아닌 것은?① 포세이돈 ② 아폴론 ③ 아프로디테 ④ 헤르메스25. 다음 중 아테나 여신의 원형인 것은?① 남성을 기피한다② 가부장적 아버지의 권위를 인정한다③ 기존 제도에 늘 이의를 제기한다④ 감정적이고 참욕적인 여성이다26. 다음 신중에서 시간의 경과를 의미하는 신은?① 우라노스 ② 크로노스 ③ 헬리오스 ④ 디오니소스27. 다음 중 크로노스와 제우스의 투쟁이 의미하지 않는 것은?① 엘렉트라 콤플렉스 ② 부자갈등의 원형③ 크로노스 콤플렉스 ④ 이성의 승리28. 다음 중 시시포스가 신의 미움을 받은 이유가 아닌 것은?① 헤르메스의 도둑질을 고자질했다② 제우스의 납치행위를 고자질했다③ 아들을 죽여 그 고기로 신들에게 대접했다④ 저승사자 타나토스의 행동을 저지했다29. 다음 중 페르세포네형의 여성에 속하지 않는 것은?① 사려 깊고 공손한 여인② 순종하는 착한 딸③ 사랑하는 남자를 위하여 정성을 다 바치는 여인④ 항상 뒷전에 있지 않고 나서는 여인30. 로마의 결혼의 신인 유노에 해당하는 그리스의 신은?① 헤스티나 ② 아테나 ③ 아르테미스 ④ 헤라31. 다음 중 제우스가 미모에 반하여 사티로스의 모습으로 변신하여 접근한 여인은?① 에우로페 ② 안티오페 ③ 이오 ④ 칼리스토32-34. 다음 그림을 보고 물음에 답하시오.32. 이 그림과 관련이 없는 인물은?① 포세이돈 ② 아미모네 ③ 다나오스 ④ 갈라테이아33. 이 그림과 연결된 신은?① 아폴론 ② 포세이돈 ③ 아레스 ④ 헤라34. 주인공을 유괴해 나가는 두 인물은 무엇이라 부르는가?① 폴리페모스 ② 다나오스의 군졸 ③ 아키스 ④ 트리톤35. 다음 그림은 도자기에 그려진 신화이야기이다. 물음에은?
20**학년도 1학기 [생물정보공학 및 실습]중간고사 이름 ( ) 학번 ( )아래의 용어, 관용표현 및 관용어구 등에 대해 간략히 설명하거나 정의하시오 (30점).GC -0 (buoyant density) -Acceptor site –Leader sequences in protein -Window size –Step size –Threshold value -Net force –Log-Odd Value –Palindrome in DNA sequence -Biological Sequence, Molecular Structure, Biochemical Function 등이 갖는 상호 연관관계에 대해 생물학적 의미 차원에서 기술하시오. 게다가 동일한 기능을 갖는 거대분자들이 반드시 동일한 1차원 서열구조를 갖지 않는 이유도 부연 설명하시오 (15점).Dot matrix를 이용해서 서열정렬 할 경우의 기본 방법은 어떻게 되는가?. 그리고 Dot matrix를 이용한 서열정렬 방법이 갖는 장점과 단점을 간략히 나열하시오 (10점).PAM(N) (ex, PAM 1, PAM 120, PAM 250)의 수치 값 N이 갖는 상대적인 의미는 무엇인가? 만약 여러분들이 진화론적으로 거리가 가까워 유사성이 높은 서열들을 대상으로 상동성 서열을 탐색하고자 할 경우 어떤 PAM을 선택하는 것이 합당한가요? (10점).5. ENTREZ란 무엇이라 정의할 수 있는가? 그리고 ENTREZ 내부를 구성하고 있는 데이터베이스들로 어떠한 것들이 있는지 아는 대로 열거하시오 (10점).6. 어떠한 경우에 우리는 하나의 주어진 제한효소가 Degeneracy한 성질을 갖는다고 말하는가? 그리고 혹 여러분들이 알고있는 제한효소관련 데이터베이스를 하나 이상 열거하시오 (10점).7. 동일한 기능이나 역할을 하는 해당 부위 DNA서열들을 다중정렬했을 경우 특정 위치가 Uncertainty하다라고 얘기하는 경우 어떤 경우인가? 이러한 Uncertainty가 발생하는 원인은 무엇인가요? (10점).7. Match인 경우 1점, Mismatch인 경우 0점으로 Dynamic programming을 사용하여 아래 두 서열의 최적화된 서열정렬 결과를 도출하시오(16점).(1) InitializationALTVNALTAH(2) Summation OperationALTVNALTAH(3) TracebackALTVNALTAH(4) 최종 서열 정렬 결과생명정보공학 및 실습 중간고사성 명 ( ) 학 번 ( ) 점 수 ( )다음의 용어 (technical terminology)나 관용구 (technical phrase)들에 대해서 간략히 설명하거나 정의 하시오.Protein localizationRestriction map%GCOMIMk-order Markov Chain ModelPAM 250Pair-wise alignmentLocal alignmentData-driven scienceProfile HMMSecretomeInteractomeCentral Paradigm for BioinformaticsTranscriptomeSequence featureWould you please define “bioinformatics” in your own words and describe briefly how scientists can use bioinformatics to aid rational drug discovery ?Match일 경우 1점, mismatch일 경우 0점으로 하여 Dynamic Programming 알고리즘을 이용해서 최상의 값을 갖는 서열 정렬을 유도하시오 (각 칸에 최종 점수를 표시하고 traceback 경로를 둥근 원으로 나타내고 매트릭스 아래쪽에 최종 서열정렬 결과를 표시할 것).VADALTKPVNFKFAVAHHGQKVADALTKAVAH아래의 DNA 모티프를 기반으로 하여 Frequency Matrix, Position-Specific Scoring Matrix를 작성하시오 (단, 서열의 위치간은 상호 독립적인 것으로 간주할 것. PSSM은 log-odds score기반으로 작성하고, PSSM의 해당 element들의 값은 계산 수식으로 표기할 것. 그리고 작성시 부연설명이 필요한 부분에 추가설명을 붙일 것).ACAATGGCAATCACAAGCAGAATCACCATCCCTGGATTGCATAGACGCACAAGCACAGCC생물정보공학 및 실습 중간고사이 름 ( ) 학 번 ( )1. 아래의 용어, 관용표현 및 관용어구 등에 해대 간략히 설명하거나 정의하시오 (40점).%GC –Tm -Restriction map –RNA processing –Leader sequences –Postranslational processing –Uncertainty in nucleotide sequences –OMIM –PubMed –Paralog(ue) –Ortholog(ue) –Window size –Sequence comparison with dot matrices –Numerical value in similarity functions –Log-odds score –Heuristic algorithms –Pseudo-counts –Reading frames in nucleotide sequences –ORF –Direct approach in finding protein coding region in a given DNA or RNA sequence -2. Sequence alignment가 무엇이며, 그러한 방법과 목적에 따라 sequence alignment 종류를 구별 짓는다면 어떻게 지을 수 있는지, 그리고 궁극적으로 sequence alignment를 하는 이유가 무엇인지 기술하시오 (10점).3. BLOSUM 과 PAM 매트릭스에 붙는 수치 (ex, BLOSUM 80, PAM 250)가 의미하는 바가 무엇인가 간략히 설명하시오 (8점).4. Gap penalty를 고려하지 않고, Match인 경우 1점, Mismatch인 경우 0점으로 Dynamic programming을 사용하여 아래 두 서열의 최적화된 서열정렬 결과를 도출하시오 (Matrix 상의 과정과 최종 결과가 모두 맞아야 점수가 인정됨) (10점).ALTVNALTAHV5. 주어진 서열에서 특정 패턴이 무작위적으로 발생할 활률을 추론하는 3가지 방법을 열거하고, 각각의 방법에서 확률값을 추론하는 방법에 대해 간략하게 설명하시오 (12점).6. 아래의 주어진 서열 정렬을 근거로 Consensus sequence, frequency matrix, PSSM 을 각각 구하시오. 참고로 Null 모델일때의 확률값 P(A), P(T), P(G), P(C)는 각각 0.2, 0.4, 0.2, 0.2 로 간주하여 계산할 것. Log값 처럼 계산하기 곤란한 것은 값을 구하기 위한 계산 수식을 해당 Matrix의 Cell 내에 기입해 놓으면 됨 (15점).-- A T T G C ---- A T T G A ---- G A T G C ---- A T A C C ---- G C A G C ---- C G G A G ---- A T C T T ---- T T T G C ---- A G T G C ---- A C C C C –7. 아래의 HMM 모델이 주어졌을 때 P(GTTC | HMM)의 값을 계산하시오 (계산 과정식을 다 명기할 것) (12점).1학기 생물정보공학 및 실습 중간고사이름 ( ) 학번 ( )아래의 용어, 관용표현 및 관용어구 등에 대해 간략히 설명하거나 정의하시오 (40점).%GC -DNA Melting Temperature -Restriction Map –Promoter –Donor Site –Protein Localization –I.U.B. Code -Uncertainty in Nucleotide Sequences –Annotation –CDS –Window Size –Domain –Orthologue -Biological Sequence, Molecular Structure, Biochemical Function 등이 갖는 생물학적인 상호 연관관계에 대해서 간략히 기술하시오 (15점).Biodata Mining이란 무엇인지 설명하시오 (10점).Sequence Comparison을 위해서 Sequence Alignment를 할 때 Alignment의 양상 및 결과에 크게 영향을 줄 수 있는 두 가지 요소가 무엇이며, 이들 각각이 반영하고 있는 유전학적 현상은 무엇인지 기술하시오 (10점).BLOSUM(N) 과 PAM(N) (ex, BLOSUM 80, PAM 250)의 수치 값 N이 갖는 의미는 무엇인가요 (10점).6. Match인 경우 1점, Mismatch인 경우 0점으로 Dynamic programming을 사용하여 아래 두 서열의 최적화된 서열정렬 결과를 도출하시오(15점).ALTVNALTAHV
1.니체가 바그너에게 보내려고 1871년 2월에 썼던 서문 초고는 다음과 같다.“나 역시 희망을 가지고 있습니다. 이 희망 때문에 나는 직접 끔찍한 전쟁의 소용돌이로 들어가서 내가 생각하고 있는 주제들을 바라볼 수 있었습니다. 나는 후송되는 부상자와 함께 누워서 그를 돌보면 외로웠던 밤, 비극의 세 가지 심연을 떠올렸던 밤을 아직도 기억합니다. 이 세 가지 심연은 바로 광기, 의지, 고통입니다.”→니체가 이 서문에서 자신이 을 쓸 당시의 시대적 상황, 즉 프로이센-프랑스 전쟁이 벌어지고 있던 상황을 특별히 강조하고 있는 것은 비극의 규정하는 근원적인 힘인 디오니소스적인 것이 전쟁과 무관하지 않다고 보기 때문이다. 니체는 우리가 전쟁에서 경험하는 공포와 끔찍함도 디오니소스적인 힘이 발현되는 하나의 형태라고 보았다. 니체는 당시 물질주의와 향락주의에 빠져 있던 독일의 문화가 혁신될 수 있을 것이라고 기대했다. 평화가 지속되면서 이기주의와 안일한 낙천주의에 빠지게 되는 문화가 전쟁을 통해서 근본적으로 뒤흔들릴 필요가 있다고 보았다. 이를 통해서 문화는 새롭게 깊이와 높이 그리고 강함을 얻게 된다는 것이다.2.염세주의에 대항하려는 에피쿠로스적인 의지가 단지 고통받는 자의 조심성에 불과하다면?→니체는 에피쿠로스를 디오니소스적 그리스인과는 정반대의 인간 유형으로 보았고 그의 가르침을 기독교나 불교에 가까운 것으로 보았다. 이는 에피쿠로스가 행복을 위해서 현실도피적인 은둔을 권했기 때문이며, 최소한도의 욕망 충족에만 자족하는 정신의 평정을 인간이 추구해야 할 이상으로 보았기 때문이다.3.어쩌면 학문은 염세주의에 대한 두려움이자 그것으로부터의 도피에 불과한 것은 아닐까? 진리에 대한 세련된 정당방위가 아닐까? 그리고 도덕적으로 말하자면 비겁이나 허위와 같은 것은 아닐까? 비도덕적으로 말하자면 교활함이 아닌가?→니체는 에서 학자들의 끊임없는 정진, 밤낮을 가리지 않고 열심히 일하는 두뇌, 일에 대한 탁월한 재주, 이 모든 것이 자신들이 삶에서 느끼는 불쾌감과 고통에서 벗어나려는 시도가 아닐까라고 의심한다. 니체는 학문은 학문이라는 고상한 가면 아래 삶의 고통에서 벗어나려는 몸부림이 아닌가 하고 의심하는 것이다.4.오오, 소크라테스여, 소크라테스여, 혹시 이것이 그대의 비밀이 아니었던가? 오오, 비밀에 찬 반어의 대가여, 그것은 혹시 그대의 아이러니가 아니었는가?→소크라테스는 진리를 추구한다는 명목으로 학문을 추구했지만, 사실은 고통스런 삶에 대한 두려움 때문에 학문으로 도피했으며, 진리를 추구한다는 그럴듯한 가면 아래 자신의 비겁과 허위를 감추고 있다는 점에서 반어의 대가라는 것이다.5.리하르트 바그너에게 바치는 서문→니체에 따르면 노예도덕에서는 인간은 인간으로 태어난 이상 누구나 동등한 존엄성을 갖고 있다고 주장한다. 모든 사람들은 이렇게 존엄한 존재이니, 연약하고 고통 받는 자가 있으면 힘써 도와줘야 한다고 본다. 사실은 연약하고 열등한 존재인 노예들이 자신들의 계급적인 이익을 위해서 만들어 낸 것이라고 니체는 주장한다. 노예도덕이 전 사회를 지배할 경우에는 힘도, 능력도 없는 사람이 유리한 것이 사실이다. 니체는 노예도덕은 힘도 능력도 없는 노예 같은 인간들이 자신들의 이익을 위해서 만들어 낸 것이라고 보는 것이다. 자신들의 무력함과 비겁함을 솔직하게 시인하지 않고, 자신들이 선한 인간들이라고 기만하는 것이다.노예도덕에 반해서 군주도덕은 사람들이 원래부터 평등하고 존엄한 존재라고 보지 않는다. 군주도덕은 고귀하고 위대한 자가 비열하고 천박한 자들을 지배해야 한다고 본다.6. 다음에 인용하는 에서 니체는 이렇게 낭만주의를 비판 : 에서만 해도 계몽주의에 대해서 비판적이고 낭만주의에 대해서 긍적이던 니체는 두 번째 저서엔 을 기점으로 하여 입장을 완전히 달리함7.아폴론적인 것과 디오니소스적인 것→아폴론적인 것 : 태양과 같은 밝음, 이러한 밝음 아래서 모든 사물들이 드러내는 균형, 절도, 질서, 명료한 형태, 그리고 국가의 도덕이나 법률, 아름다운 가상 마치 이러한 아름다운 가상을 형성하는 예술적 능력을 상징하는 용어로 쓰고 있다.→디오니소스적인 것 : 아폴론적인 밝음과 절도에 대비되는 밤이 어둠과 심연, 혼돈 그리고 아폴론적인 평정에 대비되는 끊임없이 유동하고 변화하는 생명력, 포도주가 상징하는 것처럼 모든 사물들이 아폴론적인 개성과 차별과 구별을 극복하고 혼연일체가 되는 도취와 황홀경의 상태, 사지가 갈갈이 찢겨지는 죽음을 극복하고 부활하는 강인한 생명력을 상징하는 용어로 쓰고 있다.→아티카 비극 작품 : 아폴론적이면서도 디오니소스적→아폴론 : 본질, 형상, 가상 - 시각, 가상, 조각, 서사, 회화 - 꿈→디오니소스 : 의지, 표상, 진리 - 비조형적인 것, 음악, 심연, 어두움 - 도취8.힘에의 의지 : 항상 자신의 유지와 고양을 위한 특정한 관점에서 세계를 파악한다고 보았다. 플라톤의 형이상학이나 기독교도 인간이라는 힘에의 의지가 자신의 생존과 강화를 위해서 정립한 관점이지만 니체는 이러한 관점이 힘에의 의지를 오히려 병약하게 만드는 것으로 작용한다고 보았다.
1.용어정리-Contig : A contig is a set of overlapping DNA segments that together represent a consensus region of DNA (중복 부위를 갖는 DNA 단편들의 집합)-Shotgen method : 유전자를 cloning할 때 어느 생물의 유전자 DNA전체를 제한 효소로써 절단하고 이것을 자기증식성의 vector DNA에 결합시켜 숙주 세포에 도입하여 그 DNA 단편을 증식시키는 방법-Consensus sequence : 어떤 DNA영역에서 특정의 염기가 공통으로 고빈도로 출현하는 염기배열의 부위:-Codon frequency : codon이 달라도 같은 아미노산을 지정, 유전자인 것과 아닌 것을 구별하는 척도-EST(express sequence tags) : 세포에서 추출한 mRNA를 주형으로 하여, 역전사 효소를 사용하여 합성한 cDNA를 말단에서 한번만 염기배열한 데어터로, mapping 되는 부분이 발현되는 것-cDNA : mRNA를 역전사 시키는 것으로 mapping 되는 부분이 transcription이라는 것 알 수 있음-OMIM(Online Mendelian Inheritance In Man) : catalogues all the known diseases database-PubMed : 문헌정보 DB-Clusting : 연관성이 있고 긴밀한 관계에 있는 데이터를 모으는 작업-Homolog(ue) : similar sequences in 2 different organisms derived from a common ancestor sequence-Paralog(ue) : similar sequences within a single organism that have arisen due to a gene duplication event-Ortholog(ue) : similar sequences due to a speciation event. Functionality retag-odds score : PAM matrices converted to log-odds matrix-Annotation : row data에 addictive information 넣는 작업-PAM 250 : 250 mutation event per 100 amino acids-Sequence alignment : 2개 이상의 sequence를 비교하기 위한 절차로 in the same order-Pair-wise alignment :compare two sequence-Global alignment : 2개의 서열 사이에서 전반적으로 alignment하는 것-Local alignment : conserved patterns을 찾고 싶을 때, 굉장히 유사한 영역을 집중적으로 alignment하는 것 (gap을 넣어서라도)-Sequence comparion with dot matrices : 2개의 서열사이에서 유사한 영역을 graphically하게 나타낸 것-Transcriptome : -ome은 유전정보의 집합체이며, -omics는 유전체를 연구하는 학문분야를 나타낸다. 따라서 Transcriptome은 transcription과 -ome이 결합하여 만들어진 합성어로, 어떤 종류의 세포, 또는 조직에서 어느 순간에 발현 중인 RNA의 총합을 말한다.2.program-유전자 예측 프로그램 : GenScan, Gen ID, GeneMark, WebGene-contig assembly program : CAP3, PCAP, GAP4-dot plot program : Vector NTI software, Dotlet(Java Applet), Dotter, EMBOSS DotMatcher, DotPath, DotUp, GCG software, Pipmaker-Local alignment program: BLAST-genome browser : Ensembl, UCSC-pair-wise alignment program: BLAST-multiple sequence alprogram: clustalw-visualization and computer manipulation of protein structure : Chimera, Yasara, Deepview, Rasmol-protein sequence DB : TrEMBL, PIR, SwissProt, UniProtKB-sequence DB: GenBank, DDBJ, EMBL-structure DB: PDB, RCSB, MSD at EBI-pathways DB: KEGG-interaction DB : DIP, MINT, BIND-disease DB : OMIM-microarray DB : SMD3.program 이용방법-alternative splicing site : 유전자 예측 프로그램 GenScan과 slicing site 프로그램 비교해서 다른부분이 alternative이다.-Expasy : proteomic 종사하는 사람들이 많이가는 사이트로 biological DB, biological 분석 프로그램 제공4.BLOSUM과 PAM 숫자가 가지는 의미*PAM(Percent Accepted Mutation): 100개를 기준으로 mutation 생긴 것-PAM 1: 1 accepted mutation event per 100 amino acids-PAM 250 : 250 mutation event per 100 amino acids-숫자가 작을수록 mutation 감소 : 진화론적으로 오랜 시간 걸리지 않는다.-숫자가 클수록 mutation 증가 : 오랜 시간 동안 branch 되어짐-PAM 250: 20% similar, PAM 120: 40%, PAM 80: 50%, PAM60: 60%*숫자가 높을 때와 낮을 때의 차이점 : 오랜 시간(mutation 증가=숫자 증가) 진화의 개념을 담고 있다.*BLOSUM(Blocks Amino Acid Substitution Matrices)-BLOSUM 60 : 사용한 sequence의 similary 60이상-Consensuce formed: 60% identical=BLOSUM 60 , 80% identical=BLOSUM 80*점수 높음= 적용하는 룰이 엄격하다, mutation 일어나지 않는다.⇒ PAM 점수 ↑ ≒ BLOSUM 점수↓5. Window size, Step size, Threshold*window size(=length) : 한번 분석할 때 사용되어지는 대상*step size : 건너뛰는 size예) 100개를 분석할 때 : 100개 건너뛰어 다음 100개 분석, 50개 overlap 된 것 건너뛰어 50개 분석(합쳐서 100) →step size-overlap된 부분 : 더 정교하게 하기 위해서는 조금씩 이동하는 것이 더 정확*Threshold : 임계점(기준값)으로 진짜인지 아닌지를 판별하는 기준 값* True Positive (TP) : 진짜인 것. 실제 (+)False Positive (FP) : 가짜인데 진짜라고 하는 것True Negative (TN) : 가짜인 것. 실제 (-)False Negative (FN) : 진짜인데 가짜라고 하는 것-실제(+) TP + FN - : Threshold value ↑-실제(-) FP + TN - : Threshold value ↓-Threshold value ↑(FN↑): 유전자 아니라고 빼버리기 때문에 진짜인 것을 놓칠 확률도 있음, 결과가 줄기 때문에 가짜가 섞여 있을 경우도 줄어듬-Threshold value ↓(FP↑): 기준완화로 예측되는 부분이 증가6.Sequence alignment가 무엇이며, 그러한 방법과 목적에 따라 sequence alignment 종류를 구별 짓는다면 어떻게 지을 수 있는지, 그리고 궁극적으로 sequence alignment를 하는 이유가 무엇인지 기술하시오.-Sequence alignment : 2개 이상의 sequence를 비교하기 위한 절차-sequence alignment 종류 :global : 2개의 서열 사이에서 전반적으로 alignment하는 것local al: conserved patterns을 찾고 싶을 때, 굉장히 유사한 영역을 집중적으로 alignment하는 것-sequence alignment를 하는 이유 : 2개 이상의 gene 또는 protein들이 서로 간에 진화론적으로 연관되어 있는 것을 찾기 위해(global), proteins 안에 구조적 또는 기능적으로 유사한 영역을 찾기 위해(local)7. bioinfotmatics-정의 : bioinformatics is the computational analysis and storage of biological data-왜 사용하나? analyse하는데 막대한 양의 data를 빠르게 처리하기 위해서-목표 : computer와 biology를 이용하여 새로운 biological insight를 발견하기 위해8. Tandem repeat, Inverted repeat, Palindrome sequence/repeat Dot Plot*Tandem repeat occur in DNA when a pattern of two or more nucleotides is repeated and repetitions are directly adjacent to each other (the same oriented : 동일한 순서로)예) A-T-T-C-G-A-T-T-C-G-A-T-T-C-G 이 서열에서 A-T-T-C-G 3번 반복*Inverted repeat is a sequence of nucleotides that is the reserved complement of another sequence further downstream. For example, 5'-GACTGC,,,,GCAGTC-3'. when no nucleotides intervene between the sequence and its downstream complement, it is called a palindrome.-regions of similarity appear as diagonal runs
→pairwise sequence alignment 하는 이유? 1. homologous 찾기 위해 (동일한 기능추론) 2. sequence similarity (구조추론)→Multiple Sequence Alignment(MSA) 하는 이유? 1. motif 찾을 수 있음 2. 계통발생을 알 수 있으므로⦁Multiple Sequence Alignment(MSA)-Like pairwise alignment BUT compare n sequences instead of 2-Rows represent individual sequences -Columns represent 'same' position-Gaps allowed in all sequences→MSA: complexity ↑