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바나나 DNA 검출 예비+결과 레포트

바나나 DNA 검출예비+결과 레포트1. Introduction가. 목적 또는 실험의 의도다. 참고문헌2. Materials and Methods3. Results가. 실험에서 나온 결과 자료 기재나. 각 실험 결과에..

리포트| 2023.12.25| 13페이지| 2,500원| 조회(195)

예비레포트, 결과레포트, 일반생물학실험, DNA 검출, 바나나 DNA 검출

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PT-PCR & qRT-PCR 결과레포트

PT-PCR & qRT-PCR 결과레포트실험 날짜 : *************70961 김주현실험 주제 : PT-PCR & qPCR실험 목적 : 다양한 물질로부터 RNA만을 얻어낼 수 있다. 이를 이용하여 Reverse Transcription PCR (RT-PCR)을 수행하는 등, 응용할 수 있다.실험 방법 :mRNA 대신에 cDNA를 쓰는 이유는 rna는 근본적으로 dna보다 훨씬 덜 안정적이며 기술적인 전문지식을 요구하기 떄문이다. 또한 dna보다 비활성화하기가 훨씬 어렵기 때문이다. 또한 sample의 rna 분자 수는 직접 검출하기에 충분히 크기가 크지 않을 수 있기 때문이다.Nuclease-free waterXµl5x RT Buffer2µlRT Enzyme Mix0.5µlPrimer Mix (short primer mix)0.5µlRNA0.5pg-1µgTotal Volume10µlRNA 계산법:필요한 총 양 결정하기RNA volume : 총 ng / RNA 농도Water : 7 – RNA volume*지난 실험의 conc(ng/µl) = 161.7, Purity (A260/A280) = 1.66-protocolMaster mix 6µlprimer mix 6µlN.F water 2µlcDNA 2µlTotal 10µl실험 결과 :WellWellTypeDyeTargetCp(△R)TmProduct 1(-R’(T))A3 (1L-1 β)UnknownSYBRSYBR20.3983.00A4 (B-actin)UnknownSYBRSYBRNo Cq78.00고찰 :위 실험을 진행하면서 CT값을 구한것을 보면 이번 실험의 결과가 나올 수 없는 결과라 조교님께서 말씀해주셨다. 대신 비교를 할 자료로 다른 분반의 결과를 올려주셨다. 검색을 하여 찾아본 결과 RT-PCR을 하는 과정에서 값이 정확하게 나오지 않고 기존 값에서 차이가 생기면 10ng/µl의 값의 정확성이 떨어져 오차가 발생하는 경우도 있다고 한다.(예시) diff 4day sample은 RNA purity가 1.8~2.0 보다 높게 나왔다. RNA purity가 높은 sample로 real-time PCR을 진행하면 target gene의 amplification이 어떤 영향을 받을까?Purity의 값이 1.8~2.0보다 높게 나온다는 의미는 RNA의 contamination이 일어난 것을 뜻한다. 이 RNA purity가 높은 sample을 가지고 qPCR을 진행하게 되면 SYBR green 또는 SYBR gold가 결합하기에 어려움이 생긴다. 그렇기 때문에 amplification이 진행될 때나, qPCR을 확인할 때에 부정적인 영향을 끼친다고 예상한다.Reverse transcription은 37’c에서 1시간 진행하였다. DNA를 이용한 일반적인 PCR의 경우 여러 온도 조건에서 진행하였는데, 왜 이 경우엔 한가지 온도 조건에서만 진행할까?RT-PCR을 진행할 때, 37’c에서 1H동안 진행했지만, DNA는 여러 온도 조건에서 진행한다. 이런 경우에 한가지 온도 조건에서만 진행한 이유는 온도가 RNA의 Stable도 영향을 미치기 떄문이라고 예상할 수 있다. DNA에 비해 RNA는 stable이 낮고, 쉽게 변성이 일어날 확률 또한 높기 때문에 RNA는 꾸준히 한 온도, 37’c에서 반응을 하는 것이 좋다고 생각한다. 37’c로 하는 이유는 RNAse H negative가 42’c~55’c에서 활성을 띄고 50’c에서 최적의 활성을 가지기 때문에 RNA가 변성이 되지 않는 범위에서 반응을 진행시키기 위함이라 생각한다.Beta actin과 같은 housekeeping gene은 Ct value가 낮은데, 1L-1B는 Ct value가 높게 나타났다. 위의 현상을 세포 내에서 mRNA 발현과 연관지어 설명하시오Beta actin과 같은 housekeeping gene은 Ct value가 낮은데, IL-1B는 Ct value가 높게 나타났다. 왜냐하면 LPS를 추가 하였을때 Cytokine이 발현이 되고, 이러한 상황에서 발현되는 RNA를 가지고 있으며 RT-PCR를 하고 qPCR을 하는 과정에서 IL-1B는 inflammatory response에 key mediator이다. LPS 추가를 했을 때 발생한 cytokine이 나옴으로 RNA도 발현이 많이 된다. 이러한 이유들로 인해 ct value가 높다고 예상한다.Reference :분자세포생물학실험 ppt

자연과학| 2025.01.18| 4페이지| 2,500원| 조회(115)

PCR, 생물학실험, 분자세포생물학실험

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mouse handling and dissection 결과레포트

Mouse Handling and Dissection 결과레포트실험 날짜 : 20*************961 김주현실험 주제 : Mouse Handling and Dissection실험 목적 : Mouse를 handling하고 dissection하여 체내 구조를 알아본다.실험 방법 :*이번 실험은 실험 동물의 생명을 뺏어야 결과를 얻을 수 있다. 그러므로 실험 동물에 대하여 경건한 마음을 가지고 대해야 하며 실험과 무관한 행동이나 장난을 치지 말아야한다. *-Mouse (학명 : Mus musculus)연구실에서 가장 일반적으로 사용하는 동물 모델낮에 주로 잠을 자고 밤에 활동하는 야행성 동물시각보다 청각과 후각이 발달된 편평균 체온은 37℃로 사람과 흡사발정기의 주기는 4-5일이며 약 12시간 지속약 19~21일의 임신기간을 가짐성체 male은 25~40g, 성체 female은 20~40g의 무게가 나감성체가 되기까지의 시간은 6~8주가 걸리며 생식기와 항문 사이의 거리를 이용해서 male/female을 구분할 수 있다.Mouse HandlingHandling 하려는 mouse의 꼬리를 잡고 들어올린다.Mouse가 몸을 길게 쭉 피도록 만든다. 케이지 뚜껑 홈에 사료를 놓는다면 보다 수월하다.등의 가죽을 팽팽하게 잡는다고 생각하고 들어올린다.들어올렸을 때 배에 손을 대도 mouse가 움직이지 못한다면 성공한 것이다.-mouse dissection1. 배가 위를 보게 둔 후, 팔과 다리에 핀셋을 꽂아 고정시킨다.2. 배쪽을 가위로 잘라 가죽을 위아래로 벗긴 후 내부를 관찰한다.3. 내부의 장기들을 확인했다면 mouse를 거꾸로 뒤집어 머리 부분을 자른 후, 두개골을 갈라 뇌를 관찰한다.4. 사체 및 장기들은 조직의료폐기물통에 버린다5. 수술 도구는 소독 후 보관한다.6. 나머지는 일반의료폐기물통에 버린다.실험 결과 :간에 붙어있는 것이 쓸개이다.고찰 :마우스 모델의 단점 및 한계점은 무엇이 있는가?마우스는 인체와 유사하지만 다른 면역, 해부와 생리를 가지고 있다는 점등의 한계점과 단점이 있다.마우스의 안락사 방법은 어떤 것이 있으며, 어떤 방법이 권장되는가?1. 흡입마취제- 주로 기화된 흡입마취제에 노출시킴- 저산소혈증을 대비하여 충분한 공기와 산소 공급이 필수2. CO2 gas를 이용한 질식사- 크기가 작은 동물에 주로 사용- CO2의 농도가 높을수록 급속한 마취효과를 가져옴3. 경추탈골- 가장 인도적인 방법- 주로 설치류 안락사에 사용됨- 두개골과 경추를 분리시키기 위해 양쪽을 빠르게 잡아당김경추 탈구의 경우가 동물에게 최대한 고통을 주지 않고 처치 개시에서 의식 소실까지의 시간을 가장 짧게하는 방법이기 때문에 이 방법이 권장된다고 한다.실습영상에서 사용한 K2-EDTA tube에 혈액을 넣으면 굳지 않는 이유 및 원리는?최종적으로 혈액에 피브린이 생성되어 물리적으로 결합함으로써 혈액이 응고되는데 Tube에 코팅된 EDTA가 혈액의 Ca2+ 이온을 제거하여 칼슘이 프로트롬빈에서 트롬빈으로 바뀌는 것을 막고 따라서 피브리노겐이 피브린이 될 수 없어 혈액의 응고를 막아준다.Reference :분자세포생물학실험 ppt Hyperlink "https://www.google.com/search?q=mouse+handling&rlz=1C5CHFA_enKR1038KR1038&oq=mouse+han&aqs=chrome.1.69i57j0i512l9.3860j0j7&sourceid=chrome&ie=UTF-8#fpstate=ive&vld=cid:34998b1f,vid:Gs-ebUnPQEc" https://www.google.com/search?q=mouse+handling&rlz=1C5CHFA_enKR1038KR1038&oq=mouse+han&aqs=chrome.1.69i57j0i512l9.3860j0j7&sourceid=chrome&ie=UTF-8#fpstate=ive&vld=cid:34998b1f,vid:Gs-ebUnPQEc Hyperlink "https://www.kjorl.org/journal/view.php?number=649" https://www.kjorl.org/journal/view.php?number=649

자연과학| 2025.01.18| 4페이지| 2,500원| 조회(92)

생물학실험, mouse, 분자세포생물학실험

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단백질 검출 결과 레포트

단백질 검출결과레포트introduction1-1 목적 또는 실험의 의도1-2 이론2. Materials and Methods2-1 재료 및 조성표, 실험기구, 장비, 기계2-2 실험 과정 기록 (실험 이론과 연계 분석)3. Results1. introduction1-1 목적 또는 실험의 의도단백질의 기능을 이해한다.단백질의 구조를 이해한다.단백질의 정성 분석법을 이해하고 단백질의 존재유무를 확인한다.1-2 이론-amino acid(아미노산)생물의 몸을 구성하는 단백질의 기초 단위이다. 아미노산은 아미노기와 카복실기를 포함한 모든 분자를 지칭한다. 20개의 다른 아미노산이 존재한다.(아미노산의 구조)[네이버 지식백과] 아미노산 [amino acids] (화학백과)아미노산 중 필수 아미노산은 체내에서 합성할 수 없기 때문에 생존하기 위해 음식물로부터 섭취하여야 한다. 음식에서 얻은 아미노산은 수용성이기에 특별한 수송계가 필요하지 않다. 필수 아미노산은 아이소루신, 루신, 페닐알라닌, 라이신, 메싸이오닌, 트레오닌, 트립토판, 발린이다. 비필수 아미노산인 경우에는 알라닌, 아스파라진, 아스파트산, 글루탐산, 글루타민, 글리신, 프롤린, 세린, 티로신이 있다. 아르지닌과 히스티딘은 성장 기간에 꼭 필요하다. 필수 아미노산 모두와 비필수 아미노산 대부분은 한 개 이상의 비대칭 탄소 원자를 가져 광활성을 보여 준다.-아미노산의 구조1차 구조amino acid가 peptide bond로 연결되어 polypeptide를 형성한다.2차구조amino acid 사이의 작용으로 나선형 또는 병풍으로 접힌다 a-sheet 또는 b-sheet가 있다.3차구조2차 구조의 polypeptide가 구부러지거나 접혀 입체 구조를 형성한다.4차구조입체구조를 형성한 polypeptide가 2개 이상 모여 복합체가 형성된다.-amino aicd의 구분소수성 아미노산9가지 소수성 아미노산들은 세포의 수용성 환경을 피하기 위해 단백질 내부에 서로 모이는 경향이 있다. 이 경향을 소수성 효과라고 한다. 다양한 크기와 모양을 가지는 탄화수소들은 단백질 내부에 응집하여 빈 공간이 없는 구조를 형성한다.친수성 아미노산친수성 아미노산은 전체 분자는 중성이지만 전기음성도가 큰 산소 원자가 있는 OH(hydroxyl)기를 갖는 세린, 트레오닌, 티로신, 그리고 SH기를 갖는 시스테인, 카복실아마이드를 가지는 아스파라긴, 글루타민이 있다. 극성의 R기는 물과 수소결합을 하기 때문에 비극성 아미노산에 비해 용해도가 높다.염기성 아미노산염기성 아미노산은 중성 ph에서 양전하를 갖는다. 염기성 아미노산에 속하는 히스티딘은 양전하를 갖는 imidazole기를 갖고 있는데,pKa가 6에 가까워 중성 pH에서는 주위 환경에 따라 중성이나 양전하를 가질 수 있다. 그래서 히스티딘은 효소의 활성부위에 많이 존재한다.산성 아미노산산성 아미노산인 글루탐산과 아스파트산은 곁사슬에 카복실기를 갖고 있다.-단백질다양한 기관, 효소, 호르몬 등 신체를 이루는 주성분으로, 몸에서 물 다음으로 많은 양을 차지한다. 단백질의 구성단위 물질은 아미노산이며 주로 인체 구성에 사용되고 에너지원으로도 드물게 사용된다.-단백질의 구조1차구조 : 아미노산이 펩타이드 결합으로 일렬로 배열된 상태를 말하며, 아미노-말단 방향에서 카복실-말단 방향으로 합성된다. 아미노산의 곁사슬인 R기가 다양하게 노출되고 이들의 상호 작용으로 더 복잡한 구조로 접히게 된다. 일반적으로 1차 구조 속에는 스스로 3차 구조로 접힐 수 있는 정보가 들어있다.2차구조 : 폴리펩타이드 골격 사슬 상의 매우 규칙적인 국소 구조를 뜻한다. 단백질의 2차 구조인 알파 나선 구조, 베타 가닥, 베타 병풍 구조는 1951년 라이너스 폴링이 발견하였다. 단백질의 2차 구조는 주사슬 펩타이드 사이의 수소 결합 패턴에 의해 정의된다.3차 구조 : 단량체 및 다량체 단백질 분자의 3차원 구조를 뜻한다. 알파 나선 구조 및 베타 병풍 구조는 컴팩트한 구형 구조로 접혀 있다. 접힘은 비특이적 소수성 상호작용, 물로부터의 소수성 잔류물의 매장 등에 의해 추진되지만, 단백질 도메인의 부분이 염다리, 수소 결합, 잔기 및 다이설파이드 결합의 촘촘한 패킹과 같은 특정 3차 상호작용에 의해 제자리에 고정되어야만 구조가 안정된다. 세포액이 일반적으로 환원 환경이기 때문에, 다이설파이드 결합은 세포액 단백질에서는 극히 드물다.4차 구조 : 단일 기능 단위(다량체)로서 작용하는 둘 이상의 개별 폴리펩타이드 사슬의 응집으로 이루어진 3차원 구조이다. 생성된 다량체는 단백질의 3차 구조에서와 동일한 비공유 상호작용 및 다이설파이드 결합에 의해 안정화된다.-단백질의 종류와 기능역할예기능소화효소아밀라아제, 리파아제, 펩신음식의 영양소를 쉽게 흡수할 수 있는 작은 조각으로 분해수송헤모글로빈혈액이나 림프액을 통해몸 전체에 물질을 운반구조액틴, 튜블린, 케라틴세포골격과 같은 다양한 구조 구축호르몬신호인슐린, 글루카곤다양한 신체 시스템의 활동을 조정방어항체외부 병원체로부터몸을 보호축소미오신근육 수축을 수행저장콩과 식물저장 단백질, 계란 흰자 (알부민)배 또는 묘목의초기 발달을 위한 먹이 제공-단백질의 검출단백질의 검출 방법에는 크게 뷰렛반응, 닌히드린 반응이 있다.뷰렛반응펩티드 결합이 두 개 이상 존재하는 구조를 뷰렛이라고 한다. 5%의 수산화 나트륨용액 (또는 수산화 칼륨)과 1%의 황산구리 수용액을 섞어서 만든 푸른색 용액이다. 뷰렛반응이란 2가 구리 이온을 이용한 단백질 검출 반응을 말한다. 단백질에 존재하는 펩티드 결합은 2가 구리 이온과 반응하면 보라색의 착화합물을 형성한다. 푸른색 뷰렛 용액이 단백질과 만나면 보라색으로 변함을 이용하여 단백질을 검출해 낼 수 있다.2.닌히드린 반응실온에서 에탄올과 아세톤에 용해되는 흰 고체이다. 닌히드린, 닌하이드린 이라고도 부른다. 이는 암모니아 또는 1,2차 아민을 발견하기 위해 사용되는 화학 물질이며, 아미노산 검출반응의 하나이다. 자유아민들, 아미노산 수용액과 반응할 때 진한 파란색이나 자주색이 발현되는 특징이 있다. 닌하이드린은 강력한 산화제로 아미노기를 가진 물질을 산화시켜 색을 나타내며 또한 아미노산 종류에 따른 특유의 색을 나타낸다. 닌하이드린 반응으로 단백질을 검출할 수 있지만 검출하기 위해서는 단백질을 가열시켜서 아미노산으로 분해시켜야 하며, 단백질뿐만 아닌 아민, 암모니아 등도 검출할 수 있다. 닌하이드린과 반응시 단백질이 지문으로 벗겨져 지문 감식에 매우 흔하게 사용된다.닌히드린3. 폴리-로리법단백질의 정량법으로 구리폴린법 이라고도 한다. ph10 부근에서 폴린시오칼토시약을 단백질에 적용시키면 청남색으로 변하는 것을 이용하여 단백질을 정량하는 것이 폴린법이지만 이것을 뷰렛 반응과 조합하여 감도를 좋게 개량하였다. 뷰렛 반응에 비해서 혼합된 물질의 영향 또한 적다는 장점이 있다.4. Bicinchoninic acid 방법BCA법 이라고도 한다. 단백질이 알칼리 조건하에서 구리2가 이온을 구리1가 이온으로 환원시키는 것을 이용한 방법이다. 구리1가 이온과 초록색의 BCA 시약이 반응하여 보라색으로 변하는 것을 보고 알 수 있다. 이 방법은 로리 방법보다 감도가 좋고 한 단계의 혼합과정 뿐이라 방법이 매우 쉽다. 로리 시약보다도 매우 안정하며 세척제나 완충욕액 염, 4m guanidine, HCI, 3M urea 등의 영향을 받지 않는다. 장점은 방법이 간단하고 최종시료의 안정성이 높아 넓은 범위의 온도에서 단백질 정량이 가능하다는 것이고 측정에 걸리는 시간이 짧다. 단점은 sample detergent나 지질에 영향을 받는 것이다.4. 브레드포드법산성 조건에서 갈색의 coomassie Brilliant Blue G-250이 단백질과 결합하여 푸른색으로 변하고 최대 흡수파장이 595㎚로 옮겨지는 것을 이용하여 단백질의 농도를 정량하는 방법이다. 5분안에 측정이 가능하여 매우 신속한 방법이다.

자연과학| 2023.12.25| 9페이지| 2,500원| 조회(109)

결과레포트, 일반생물학실험, 단백질 검출

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바나나 DNA 검출 예비+결과 레포트

바나나 DNA 검출예비+결과 레포트1. Introduction가. 목적 또는 실험의 의도다. 참고문헌2. Materials and Methods3. Results가. 실험에서 나온 결과 자료 기재나. 각 실험 결과에 대한 분석다. 고찰1. introduction가. 목적 또는 실험의 의도생물의 유전정보를 저장하는 물질인 DNA의 특성을 이해하고, 식물체를 이용하여 DNA의 추출법을 터득한다.나. 이론- DNA유전자를 이루고 있으며, 부모로부터 자손에게 전달되어 유전 현상을 일으키는 물질이다. 하나의 DNA가 많은 수의 유전자가 서로 다른 부위에 존재한다. DNA는 뉴클레오타이드의 중합체인 두 개의 긴 가닥이 서로 꼬여있는 이중나선 구조로 되어 있는 고분자 화합물이다. 세포핵에서 발견되어 핵산이란 이름이 붙게 되었지만 미토콘드리아 DNA와 같이 핵 의외의 세포 소기관도 독립된 DNA를 갖고 있는 것이 있다. DNA는 4종류의 뉴클레오타이드가 중합 과정을 통해 연결된 가닥으로 이루어져 있다. 이 가닥은 사이토신, 구아닌, 아데닌, 티민은 독특한 핵염기로 구분되기 때문에 흔히 DNA 염기서열이라고 부른다. DNA는 스스로를 복제하고 유전정보를 통해 유전자 발현이 일어나게 한다. DNA가 직접 유전자 발현을 실행하는 것은 아니며 실제 발현 과정은 DNA에서 전사된 RNA가 지닌 코돈에 의해 진행된다.-DNA의 구조1. dna의 기본 구성 단위 : 뉴클레오타이드BASENUCLEOSIDEABBRadnineadenosineAguanineguanosineGcytosinecytidineCuraciluridineUthyminethymidineT인산 : 인 포함, DNA가 수용액에서 음 전하를 띄게 한다.당 : 5탄당인 디옥시리보스염기 : 질소포함, 아데닌, 구아닌, 사이토신, 티아민의 4가지 존재 한다.2. 두가닥의 폴리뉴클레오타이드가 결합해 오른 나사 방향으로 꼬여 있는 이중 나선 구조폴리뉴클레오타이드 가닥의 방향성 : 인산기가 노출된 한쪽 끝을 5‘말단, 5탄당의 수산기가 에는 생물의 세포를 구성하고 유지하고, 이것들이 유기적인 관계를 이루는데 필요한 정보가 들어있으며 생식을 통해 자손에게 전달된다. 모든 생물은 유전자에 의한 다양한 유전형질을 갖고 태어난다. 눈 색, 혈액형 등과 같은 것을 비롯하여 유전적 질환 또한 포함된다. 유전자는 일정한 유전형질을 유전시키지만 유전정보가 잘못 복제되어 돌연변이를 일으킴으로 인해 기존의 형질과 다른 유전형질을 갖고 태어나는 경우도 있다.-염색체생명체의 유전 정보를 유전자 형태로 운반하는 핵산과 단백질로 이루어진 실 같은 구조를 말한다. 유전 정보를 저장하거나 딸세포로 전달하는 역할을 한다. 세포의 사이기에는 염색체가 복제되고, 분열기엔 복제된 염색체가 분리된다. 염색체가 복제되어 2개의 사본이 만들어졌을 때 그 절반을 염색분체라고 한다. 염색분체는 복제된 염색체에서만 정의되기 때문에 체세포분열 후기 때 복제된 염색체가 나뉘면 그 부분은 더 이상 염색분체라고 부르지 않고 염색체라고 부른다. 따라서 실제로 체세포분열 후기부터 세포질분열이 일어나기 전까지 일시적으로 하나의 세포는 2배의 염색체 수를 가지며, 세포질분열이 끝나면 딸세포가 각각 모세포와 같은 1배의 염색체 수를 가진다.-유전체유전체 또는 genome은 한 개체의 모든 유전정보를 뜻한다. 유전자와 유전자가 아닌 부분을 모두 포함한 총 염기서열이다. 유전체는 보통 dna에 저장되어 있으며 일부 바이러스에는 rna에 있다. 유전체를 해독하면 유전자 병과의 관계도 밝힐 수 있다. 예를 들어 양극성 장애, 난청, 다운증후군에 관한 유전자는 21번 염색체에 있다. 이런 방법으로 유전체 해석은 질병의 예방에 도움이 될 수 있다.-DNA 분리20세기 중반에는 DNA 연구에서 가장 근본적인 발견이 목격되었다.. 1944년 Oswald T. Avery, Colin MacLeod 및 Maclyn McCarty는 이전에 널리 믿어졌던 단백질이 아니라 DNA가 유전 정보의 운반자임을 시사하는 획기적인 논문을 발표했다(Avery et al. 1944 ). 것으로 유명하다(Watson and Crick 1953b ). 마지막으로 1960년대 중반까지 유전자 코드가 해독되었고, (Davies 2002 에서 검토 )따라서 약 20년 동안 많은 DNA의 비밀이 밝혀졌다.1869년 프리드리히 미셔(Friedrich Miescher)에 의해 만들어졌다. 현재 이것은 분자생물학이나 법의학에서 자주 사용되는 기법이다. 화학적 방법의 경우 추출에 사용되는 다양한 키트가 있으며 본인의 목적에 맞는 올바른 키트를 선택해야 추출 절차에 소요되는 시간을 절약할 수 있다. PCR 민감도 검출은 상용 키트 간의 편차를 나타내는 것으로 간주된다DNA 분리의 기본 절차1. 연구 할 세포를 수집한다. 사용하는 방법에 따라 수집의 양은 다르다.2. 세포막을 파괴하면 내부의 세포질과 함께 dna가 노출되기 때문에 세포를 용해시켜준다. 세포막과 핵의 지질은 세제와 계면활성제로 분해시켜주고 프로테아제를 추가하여 단백질을 분해시키고, Rnase를 추가하여 RNA를 분해한다.3. 분해한 이 용액을 식염수 (농축된 염 용액)으로 처리하여 부서진 단백질, 지질 및 RNA와 같은 파편을 함께 덩어리로 만든다.4. 덩어리진 세포 파편을 DNA에서 분리하기 위해 용액을 원심 분리한다.5. 세포 용해 단계에서 사용되는 세제, 단백질, 염 및 시약으로부터 DNA를 정제한다. 이때 가장 일반적으로 사용되는 절차는 다음 3가지이다.(1)일반적으로 0°C에 가까운 에탄올 또는 이소프로판올에 의한 에탄올 침전. DNA는 이러한 알코올에 녹지 않기 때문에 함께 응집되어 원심분리 시 펠릿을 생성한다. 일반적으로 아세트산 나트륨을 첨가하여 이온 강도를 증가시켜 DNA의 침전을 개선한다.(2)페놀로 하여금 시료의 단백질을 변성시키게 하는 페놀-클로로포름 추출. 샘플을 원심분리한 후 변성된 단백질은 유기상에 머무르고 핵산을 함유한 수상은 클로로포름과 혼합되어 용액에서 페놀 잔류물을 제거한다.(3)버퍼의 pH 및 염 농도에 따라 핵산이 고체상(실리카 또는 기타)에 결합(흡착)할 수을 선택할 때는 비용, 시간, 안전성, 오염 위험 등 여러 요소를 고려해야 한다.유기 추출추출이란 혼합물로부터 어떤 한 물질을 용매로부터 용해시켜 분리해 내는 방법을 말한다. 용액 및 고체 혼합물로부터 목적 물질만을 그 물질이 잘 용해되는 용매로 용해시켜 분리하는 조작을 추출이라고 한다. 가장 일반적인 추출방법은 유기용매를 이용한 수용액으로부터의 추출이다. 유기 추출에는 여러 다른 화학 용액을 추가하고 배양하는 것이 포함된다. 용해 단계, 페놀 클로로포름 추출, 에탄올 침전 및 세척 단계를 포함한다. 유기 추출은 값이 싸고 순수한 DNA를 대량으로 생성하기 때문에 실험실에서 자주 사용된다. 쉽지만 여러 단계가 필요하고 다른 방법보다 시간이 오래 걸린다. 또한 독성 화학물질인 페놀과 클로로포름의 바람직하지 않은 사용과 관련이 있으며 여러 튜브 사이에 DNA를 전달하여 오염 위험이 증가한다.Chelex 추출 방법Chelex 수지를 시료에 첨가하고 용액을 끓인 다음 와동 및 원심분리하는 것이다. 세포 물질은 Chelex 구슬에 결합하는 반면 DNA는 상등액에서 사용할 수 있다. Chelex 방법은 유기 추출보다 훨씬 빠르고 간단하며 하나의 튜브만 필요하므로 DNA 오염 위험이 줄어든다. 그러나 Chelex 추출도 단점이 있다. 많은 양을 산출하지 못하며, 산출된 DNA는 단일 가닥이므로 RFLP가 아닌 PCR 기반 분석에만 사용할 수 있다.고체상 추출DNA가 실리카에 결합한다는 사실을 이용한다. DNA를 포함하는 샘플은 실리카 겔 또는 실리카 비드 및 카오트로픽 염을 포함하는 컬럼에 추가된다. 카오트로픽 염은 가닥 사이의 수소 결합을 방해하고 핵산을 소수성으로 만들어 DNA와 실리카의 결합을 촉진한다. 이것은 인산염 잔류물을 노출시켜 흡착에 사용할 수 있다. DNA는 실리카에 결합하고 나머지 용액은 에탄올을 사용하여 씻어내어 카오트로픽 염 및 기타 불필요한 구성 요소를 제거한다. 그런 다음 DNA는 저염 수용액으로 재수화되어 비드에서 DNA가 용출될 수 있다. 이 방법에 아세트 올세인으로 DNA를 성공적으로 추출했는지 확인한다.다. 참고문헌Dahm, R. (2008). Discovering DNA: Friedrich Miescher and the early years of nucleic acid research. Human genetics, 122(6), 565-581.Elkins, K. M. (2012). Forensic DNA biology: a laboratory manual. Academic Press.지식백과 DNA일반생물학실험ppt2. materials and methods가. 재료 및 조성표, 실험기구, 장비, 기계바나나, 99.9% 에탄올(-20℃), 계면활성제(주방세제), 소금, 지퍼백, 나무젓가락, 50ml 튜브, 체망, 증류수, 집게, 핫플레이트, 마이크로튜브, 파이펫, 아세트 올세인 용액, 원심분리기나. 실험과정기록1) 증류수 50mL 에 소금 1g과 pipette 1000p 짜리를 사용해 계면활성제 3mL을 넣고, 소금이 완전히 녹을 때까지 잘 섞어 소금-계면활성제액을 만든다. 이 때 계면활성제의 점도가 끈적거리기 때문에 천천히 pipetting 하도록 한다.계면활성제 (세제)는 인지질로 이루어진 세포막을 녹이고 분해시켜 세포안에 있는 DNA가 쉽게 추출될 수 있게 하고, 소금은 음전하를 띄는 DNA를 양이온을 띄는 소금으로 중화시켜 서로 반발하는 것을 막고, DNA를 잘 뭉치게 하여 관찰을 용이하게 만들어주는 역할을 한다.소금의 양을 잴 때는 전자저울을 사용하였다. 오른쪽 구멍 안의 물방울이 동그라미 안에 있는지를 보고 수평이 맞는지를 확인한 후 전원을 킨다. 그 다음 소금을 잴 그릇을 저울 위에 올리고 영점을 눌러 0.00g이 된 것을 확인하고 필요한 시료의 양을 잰다. 모든 시료의 농도는 차이가 있어 무게가 다르기 때문에 처음부터 많은 양을 재지 않도록 한다. 적은 양 먼저 올리고 싶을때는 시료를 재는 도구를 잡은 팔을 반대쪽 손으로 툭툭 치어 조절하도록 한다.2) 바나나 약 50g을 지퍼락었다.

자연과학| 2023.12.25| 13페이지| 2,500원| 조회(195)

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bacterial isolation and identification 예비, 결과 보고서

미생물실험 이론, 결과 보고서소속 학과생명정보공학과학번이름실험 제목: bacterial isolation and identification실험 일자: 2023-10-061. 실험 이론주제 1세균 분류법자연 분류법계통적 분류법(phylogenic classification)이라고 한다. 생물이 자연적으로 시간이 지남에 따라 어떻게 진화되어 왔는지에 대해 계통발생학적인 유연관계에 따라 체계화하는 분류법을 말한다. (ex) 곰팡이의 분류법 등) 자연 분류법의 기준에는1 크기, 형태2 세균의 배열 관계3 염색 반응 : 그람 염색, 항산성 염색, 기타 특수 염색4 대사 관계 : 혐기성, 호기성, 영양 요구, 온도 요구, 온도 요구, 삼투압 관계, pH에 대한 반응,염류와 소독제에 대한 저항성 및 감수성, 대사산물의 생산 유무 5 운동성 : 편모, 섬모의 유무6 아포(spore)의 유무7 집락(colony)의 형태 및 색소의 생성 유무 8 독소 생산 유무9 항원성의 존재10 파지형 (phage typing)에 대한 감수성 여부등이 있다.분자 생물학석 분류법DNA 염기조성 : GC 함량, DNA 염기배열의 상동성(homology) 을 비교한다.Catalase test호기성 당분해 상화과정의 최종산물인 hydrogen peroxide는 세포 독성 작용때문에 세포내에 축적된다면 악역양을 끼치게 된다. 그렇기에 세균들은 catalase 혹은 peroxidase를 이용해 이를 분해한다. 과산화수소(H2O2)로부터 산소(O2)의 방출을 매개하는 enzyme인 Catalase의 존재의 입증을 통해 그룹에 차별점을 둘 수 있는 실험이다. 대부분의 조건적 혐기성 또는 호기성의 세균들은 이를 갖고 있으며, 이 분해하는 과정에서 산소방울(기포발생)을 관찰할 수 있다. Catalase는 대부분의 cytochrome을 가지고 있는 호기성 및 통성 혐기성 세균에 존재하지만 일부 균은 없다. 따라서 cytochrome system이 없는 세균은 과산화수소를 가수분해하지못한다.positive(+) 내 생물을 확인하는 방법이다. 박테리아 종, 특히 대장균군을 식별하는데 일반적으로 사용된다. Indole, Methyl red, vodes-Proskauer, Citrate utilization의 약자이다.Indole production testIndole은 tryptophanase 효소의 작용으로 박테리아에 의해 생산된다. 그렇기에 이 실험을 통해 tryptophanase의 유무를 확인할 수 있는 것이다. 이 tryptophanase가 분해되며 시약의 색은 노란색에서 붉은 색으로 변화하게 된다.Methyl red (MR) testMethyl red는 용액의 pH에 따라 색상이 변하는 특성이 있다. 중성 또는 알칼리성 용액(pH 6.2 이상)에서 메틸 레드는 노란색을 띄며,산성 용액(pH 4.4 미만)에서는 빨간색으로 변한다. 이를 통해 일부 박테리아의 포도당을 활용하여 안정적인 산(젖산, 아세트산 포름산 등) 으로 전환하는 박테리아를 식별하는데 사용된다. Positive라면 빨간색을 띄며 negative라면 황색을 띈다. 주황색은 그 사이의 pH를 나타내는데 이는 추가 배양이 필요하다는 뜻이다.Voges-Proskauer (VP) test세균 배양액에서 acetoin 을 검출하는데 사용되는 실험이다. α-naphthol, 40% KOH 을 첨가하여 수행되는 실험이며 positive 에서는 붉은 색을 띄며 negative에서는 황갈색(노란색)을 띈다. VP시약은 acetoin과의 반응하는데 산소가 필요하기 때문에 시약을 넣고 산소와의 접족을 촉진시켜준다면 색이 변한다.Citrate Utilization testCo2가 계속 만들어지며 암모늄염의 대사를 유도한다. 암모니아 또는 탄산나트륨의 형성이 유발되어 두 가지 모두 매체의 알칼리가 증가한다. 이산화탄소가 계속 생성되어 배지 안의 pH가 상승되기 때문에 이 변화는 bromthymol blue를 pH 7.6 이상에서 녹색에서 파란색으로 바뀝니다.구연산염 → 옥살로아세트산 → 피루브산 + CO2구연산 나트륨 + 탄수화물은 간단히 당이라고도 불리며 탄소(C), 수소(H) 및 산소(O) 원자로 구성된 폴리하이드록시 알데히드 또는 케톤이다. 이는 모든 생명체의 주요 탄소, 에너지 공급원이기 때문에 다양한 미생물은 다양한 방식으로 여러 유형의 탄수화물을 활용 한다. 이 홯용 패던은 박테리아 속 내에서도 다양하다. 이 탄수화물 대사 능력과 패턴을 연구하면 미생물을 특성화하여 여러 그룹으로 나눌 수 있다. 당(포도당)이 positive로 분해되는 경우, 산소가 말단 전자 수용체 역할을 하는 과정을 산화적 대사하고 한다. 설탕이 negative로 분해되는 경우에는 무기 이온이 말단 전자 수용체 역할을 하는 발효 과정을 발효 대사라고 한다. 이 실험은 1953년 휴(Hugh)와 레이프슨(Leifson)이 만들 것으로 특별한 산화발효 (OF) 배지를 사용하여 산화세균과 발효세균을 시험하는 방법이다.(실험 결과)매체 색상매체 색상파라핀 오일이 담긴 튜브(혐기성 배양/발효)파라핀 오일이 없는 튜브(호기성 배양/산화)결과노란색(산성)노란색(산성)발효 박테리아녹색(알칼리성)노란색(산성)산화 박테리아녹색(알칼리성)녹색(알칼리성)비당분해성Phenylalanine Deaminase test반응과정에서 페닐피루브산이 생성되므로 이 시험을 '페닐피루브산(PPA) 시험'이라고도 한다. 일부 박테리아는 아미노산 페닐알라닌에서 산화적으로 아민을 제거(NH2를 제거)하는 페닐알라닌 탈아미노효소 효소를 합성하는 능력을 가지고 있다.페닐알라닌이 탈아미노효소에 의해 탈아미노화되면 페닐피루브산과 암모니아가 방출된다.따라서 방출된 페닐 피루브산은 시약의 킬레이트제인 염화제2철과 반응하여 연한 녹색에서 진한 녹색 착물을 형성하여 양성 반응을 나타낸다.Skim Milk UtilizationCasein은 skim milk의 주요 단백질이다. Caseinase를 생성하는 박테리아만이 이것을 분해할 수 있다. Caseinase의 생성을 검출하기 위한 실험이다.Extra Bacterial Isolation이 실험에서 사용하는tte어떤 기질을 사용해서 무슨 효소가 반응하는지 알 수 있다. 기포가 올라오지 않는다면 catalase가 없다는 것을 알 수 있다.슬라이드 글라스 위에 미생물을 50μl씩 올려준다.1~2방울씩 3% H2O2을 올려준 후 반응을 관찰한다.< 2. Gelatin utilization test >실험 재료 및 기구: Nutrient gelatin tube, 백금 loop, 알코올램프1. 화염멸균 과정을 거친 백금 loop를 이용해 미생물을 gelatin tube에 찔러 넣는다.2. 충분한 시간 배양한다. 젤라틴은 20도 이상 온도에서 액체이기 때문에 냉각을 필수적으로 진행한다.3. 튜브를 옆으로 기울여 겔화 반응을 관찰한다.< 3. Cirate Utilization Test >실험 재료 및 기구: simmons’s citrate agar slant, 백금 loop, 알코올램프, EP tube1. 알코올램프로 화염멸균한 백금 loop를 이용해 미생물을 agar에 streaking한다.2. 충분한 시간 배양한다.3. 각 유기체의 색을 관찰한다.(enterobacter aerogenes))( escherichia coli)(corynebacterium glutamicum)< 4. Hydrogen Sulfide (H2S) production test >실험 재료 및 기구: SIM agar, 백금 loop, 알코올램프1. 화염멸균 과정을 거친 백금 loop를 이용해 미생물을 gelatin tube에 찔러 넣는다.2. 37도 에서 충분한 시간(24-48) 동안 배양한다.3. 반응을 관찰한다.< 5. Skim Milk Utilization >실험 재료 및 기구: Skim milk agar, 백금 loop, 알코올램프1. 화염멸균한 백금 loop를 이용해 Skim milk agar에 sreaking한다.2. 37도 에서 충분한 시간 (24-48) 배양한다.3. 반응을 관찰한다.< 6. CHROMagarTM Orientation >실험 재료 및 기구: CHROMagar, 면봉1.eus기포 발생Catalase test는 catalase를 가지고 있는 미생물을 판별하는 실험이다.반응 식은 위와 같다. 내가 진행한 실험에서는 2,4,5를 제외하고 나머지에서는 기포가 발생했다. 이 미생물들은 catalase를 갖고 있기 때문에 positive한 반응을 보인다고 볼 수 있다. 기포들은 H2O2를 H2O 와 O2로 분해하는 과정의 생성물이라고 볼 수 있기 때문이다. 하지만 기포가 생성되었다고 positive 물질이라고 단정지으면 안된다. 그 이유는 과산화 수소 자체는 반응성이 매우 큰 물질이기 때문이다. 실험실의 환경에서 스스로 분해가 가능하고 의심해 볼 수도 있다.< 2. Gelatin utilization test >pseudomonas aeruginosa녹음escherichia coli녹음반응식은 위와 같다. Gelatinase를 갖고 있는 미생물은 gelatin을 분해하는 능력을 갖는다. 따라서 Nutrient gelatin tube에 gelatinase를 가진 미생물을 접종하고, 반응시키면 gelatine이 액화된 상태를 관찰할 수 있다. 이 실험에서 주의 할 점은 Gelatine은 상온에서 녹을 수도 있기 때문에 실험 결과를 확인하기 전에 냉장고에서 한 번 냉각시킨 후 확인해야 한다는 점이다. 이번 실험에 사용한 pseudomonas aeruginosa, escherichia coli 둘은 모두 gelatine을 녹인 것을 보아 gelatin positive 라는 것을 알 수 있다.< 3. Cirate Utilization Test >enterobacter aerogenesescherichia colicorynebacterium glutamicumCitrate utilization test는 균주 내에서 citrase를 이용해 citrate의 활용 유무를 확인할 수 있는 실험이다. Citrate permase란 citrate를 세포 내부로 수송하는 효소를 말한다. Citrate를 탄소원으로 사용하는 세균은 효소를 이용해 이를 분해시고

자연과학| 2024.08.03| 21페이지| 4,000원| 조회(153)

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