이화여대 일반생물학실험2 A+레포트_E.coli 전장유전체 분석 실습

소개

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목차

1. Introduction (실습의 목적 및 이유)

2. Methods (분석의 workflow, 무엇을 위해 어떤 tool을 사용했는지)
1) Genome sequence
2) Quality Check
3) Low Quality Trimming
4) Quality Check
5) Reference Assembly
6) Mapping Stat Check

본문내용

1. Introduction (실습의 목적 및 이유)
이번 실습의 목적은 대장균(E. coli) 유전체를 NGS 데이터를 활용하여 전장 유전체로 조립하고, 기존의 참조 유전체와 비교하여 유전자 변이(삽입, 결실)를 확인하는 것이다. 대장균은 유전체 크기가 작고(약 4.6Mb), 이미 전체 유전체가 시퀀싱되어 있어, 새로운 변이나 유전자 특성을 발견할 때 비교와 분석이 용이한 대상이라는 특징이 있다. 참조 유전체(레퍼런스 유전체)와 비교하여 실험 균주에서 어떤 유전자들이 삽입 또는 결실되었는지 확인해 유전체의 변화를 분석할 수 있다. 유전체 데이터는 원시 상태에서 오류가 많아 분석 전에 데이터를 필터링하고 품질을 높이는 과정이 중요하다. 이번 실습에서 low 품질 시퀀스의 트리밍과 퀄리티 체크 과정을 거쳐 데이터의 신뢰도와 분석의 정확성을 높이는 방법을 학습할 수 있다. 또한 실습을 통해 다양한 유전체 분석 도구를 다루는 방법을 배울 수 있다. NGS 데이터를 다루면서 시퀀싱, 어셈블리, 매핑 등 유전체 분석의 기본적인 과정을 익힐 수 있으며 전장유전체 분석의 워크플로우를 이해할 수 있다. 이와 더불어, FastQC, Trimmomatic 같은 도구의 사용법을 익혀 생물종의 유전체 분석에 활용할 수 있는 범용적인 분석 기술을 습득하게 된다.

참고자료

· 없음