(서울대학교 A+ 일반화학실험 2 보고서)ALDI-TOF 펩타이드 질량 분석_결과보고서

목차

I. Abstract

II. Data & Results

III. Discussion
1. 오차 분석
2. 과제

본문내용

I. Abstract
I. 해당 실험에서는 MALDI-TOF MS 분석을 이용해 주어진 단백질이 Hemoglobin, Ovalbumin, Lysozyme, BSA 중 Hemoglobin에 해당된다는 것을 규명하였다. 이 과정에서 Hemoglobin의 아미노산 서열을 조사하였으며, Trypsin에 의해 끊어질 수 있는 폴리펩타이드 조각들을 예측하여 실험 결과 상 등장한 peak들과 비교하였다. 이 과정에서 예측한 조각에서 확인할 수 없거나, 예측에는 존재하였지만 실험 결과 등장하지 않은 peak들이 존재하였고, 이에 대한 분석으로 miscleavage, 실험 횟수의 부족, Laser에 의한 단백질 내 결합의 임의적인 파괴 등을 제시하였다.

<중 략>

I. 이제, 실험에서 사용한 단백질을 예상해보도록 하자. 가능한 단백질로서 주어진 단백질들의 이론적 MALDI-TOF MS의 결과와, 우리가 얻은 실제 데이터를 비교하는 과정을 아래에서 수행하고자 한다. 단백질의 아미노산 서열의 경우, NCBI(National Center for Biotechnology Information)에서 hemoglobin subunit alpha [Bos taurus]의 서열을 사용하였다. 해당 아미노산 서열은 아래와 같다.

mvlsaadkgn vkaawgkvgg haaeygaeal ermflsfptt ktyfphfdls hgsaqvkghg akvaaaltka vehlddlpga lselsdlhah klrvdpvnfk llshsllvtl ashlpsdftp avhasldkfl anvstvltsk yr
[Table 2] hemoglobin subunit alpha [Bos taurus]의 아미노산 서열(NCBI)

본 실험자는 우리가 사용한 단백질로서 hemoglobin subunit alpha[Bos taurus]을 결정하는데 크게 두 가지의 근거를 확인하였다.

참고자료

· "Quest Calculate™ Peptide and Protein Molecular Weight Calculator." AAT Bioquest, Inc., 30 Oct. 2023, https://www.aatbio.com/tools/calculate-peptide-and-protein-molecular-weight-mw.
· Hleba, L.; Hlebova, M.; Kovacik, A.; Petrova, J.; Maskova, Z.; Cubon, J.; Massanyi, P. Use of MALDI-TOF MS to Discriminate between Aflatoxin B1-Producing and Non-Producing Strains of Aspergillus flavus. Molecules 2022, 27, 7861. https://doi.org/10.3390/molecules27227861
· Smith, John Bryan. "Peptide sequencing by Edman degradation." Els, 2001.
· Peptide and Protein Analysis, Vanderbilt University, 01 Nov, 2023,https://www.vanderbilt.edu/AnS/Chemistry/Rizzo/chem224/224slides_47.pdf
· N.V. BHAGAVAN, CHAPTER 3 - Protein Isolation and Determination of Amino Acid Sequence, Editor(s): N.V. BHAGAVAN, Medical Biochemistry (Fourth Edition), Academic Press, 2002, Pages 35-50, ISBN 9780120954407, https://doi.org/10.1016/B978-012095440-7/50005-6.