[생물학 실험] Gel Mobility Shift Assay

소개

gel mobility assay에 관한 보고서입니다. 다른 단백질 DNA 결합을 확인하는 실험법에 대해서도 유용할것입니다.

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본문내용

Introducton

일반적으로 단백질이 DNA에 결합하는데 영향을 미치는 외부요인은 온도와 PH, DNA나 RNA의 경우에는 nick 여부에 영향을 받는 것으로 알려져 있다.
단백질이 DNA에 결합하는 구조의 세부사항은 완전히 규명된 것은 아니나 Leucine zipper, Zinc finger, Homeodomain등이 잘 알려져 있다. 이들의 공통점은 DNA의 구조를 지지하는 힘을 저해하지 않으면서 major groove를 통해 염기와 수소결합,등으로 DNA와 결합한다는 점이다. 예를 들어 단백질의 Ser, Arg, Asn잔기가 DNA의 major groove를 통해 질소염기와 수소결합을 하는 식이다. 또 단백질의 기하학적 구조도 DNA의 major groove에 근접하게 접촉하기 용이한 구조를 가지고 있다. 즉 단백질이 DNA에 결합하는데 영향을 미치는 요인은 단백질의 aminoacid잔기들과 DNA 염기 서열간의 수소결합과 DNA에 결합을 용이하게 하는 단백질 자체의 기하학적 구조이다. 이번 실험에서 단백질과 DNA의 특이적 결합을 이용하여 특정 DNA서열의 존재를 확인하거나 특정 DNA서열을 이용하여 이에 결합하는 단백질을 검출하는데 이용할 수 있는 방법을 알아본다.

참고자료

· 1. Ding, S. T., McNeel, R. L., Mersmann, H. J. Modulation of adipocyte determination and differentiation-dependent factor 1 by selected polyunsaturated fatty acids.(2002) In Vitro Cell Dev Biol Anim. 38(6), 352-357
· 2. http://paris.chem.yale.edu/protocols/EMSA-JKM.pdf
· 3. http://plaza.snu.ac.kr/~jaebkim/interests.htm
· 4. http://www.kjcp.co.kr/note/lecture%20note/mole/molecular%20note/mole-16.htm