아주대학교 생물학실험1 7주차 생물정보학 실습 보고서 만점입니다

소개

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목차

1. 실험목적

2. 실험원리
1) 생물정보학(+생명정보학)
2) BLAST
3) BLOSUM (EMBOSS NEEDLE)

3. 실험 방법
1) BLAST

4. 결과
1) BLAST 실습 과제(시드 서열 word size: 16)
2) BLOSUM 실습과제

5. 고찰
1) BLAST
2) BLOSUM

6. 참고문헌

본문내용

1. 실험 목적
- 생물정보학 학문의 이해 및 생물정보학 Tool의 사용법 익힘.
- 생물정보학 기반의 Tool을 이용해 미지의 유전자를 데이터베이스에 대조하고 어떤 서열인지 탐구
- 생멸정보학 기반의 Tool을 이용해 단백질 서열의 서열 유사성 비교

2. 실험 원리
1) 생물정보학(+생명정보학)
 수학이나 통계학을 기초로 컴퓨터를 이용하여 생물학을 연구하는 모든 분야를 포함하는 학문.
 유전체 서열에서 유전자를 찾고 데이터베이스 자료를 바탕으로 둘을 비교하여 유사성 정도를 확인하며 유전자 산물의 구조와 기능을 예측 및 진화적 관계를 유추하는 등 많은 일에 사용됨.
2) BLAST
 National Center for Biotechnology information(NCBI)
- 미국 국립 생물 공학 정보센터
- 각종 생명공학 정보들을 담고 있으며, 검색엔진을 이용하여 온라인으로 열람 가능
-이곳에서 제공하는 Tool 중 하나가 BLAST
 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)
- 아미노산 서열이나 DNA 염기서열과 같은 생물학적 서열 정보를 비교하는 알고리즘으로 내가 알고자 하는 특정 서열을 데이터 베이스 서열과 비교, 동정이 가능.
- 원리
① SEED
: BLAST에서 염기서열을 찾을 때 사용할 단위의 크기와 염기서열을 작은 길이의 단위로 쪼개서 사용. 즉, 시드 서열을 Query sequence에서 추출하여 데이터베이스와 대조.
② EXTEND
: 시드와 유사한 배열, 즉 일정 점수 이상의 배열들을 찾은 후 그 서열의 일치하는 부분을 좌우로 찾음.
③ REPORT
: 찾은 결과를 바탕으로 배열을 생성하고 통계학적으로 계산.
- BLAST 프로그램의 유형
3) BLOSUM (EMBOSS NEEDLE)
 BLOSUM (Blocks Substitution Matrix)
- 단백질 서열의 서열 유사성 판단할 때 유용하게 쓰임.
- 한 아미노산이 다른 아미노산으로 바뀔 가능성(두 아미노산의 유사성)을 나타.냄

참고자료

· 일반생물학실험/남석현, 민철기/범문에듀케이션/2012/p.131~134