[생물화학공학및실험 A+] Restriction of DNA

소개

[생물화학공학및실험] 세번째 실험입니다.
[Restriction of DNA]
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목차

1. Abstract
2. Experiment
3. Result
4. Discussion
5. Reference

본문내용

1. Abstract
이번 실험의 목표는 제한 효소를 이용하여 plasmid DNA를 자르고, 잘린 DNA 단편을 Agarose-gel 전기영동을 통해 크기를 분석하여 이론값과 비교하는 것이었다. 본 실험에 사용한 plasmid DNA는 유전자 재조합된 pET-22b(+)이며, 사용한 10X H buffer와 제한효소는 모두 다카라바이오㈜ 제품이다. 제한효소의 종류는 NdeⅠ, EcoRⅠ, XhoⅠ 세 가지를 사용하였으며 모두 Ⅱ형(Type Ⅱ)에 해당한다. 실험 결과 약 0.8kbp, 1.7kbp, 5.5kbp 크기의 세 DNA 절편이 얻어진 것을 관찰할 수 있었으며, 이론값과 비교하였을 때 오차가 거의 없음을 확인하였다. 마지막으로 다른 조에 비해 선명하지 못한 결과 값을 얻은 원인과 함께 제한효소 사용에 있어 주의할 점들을 고찰하였다.

* 제한효소의 분류
제한효소는 반응에 필수적인 인자와 절단부위의 특성 등에 따라 Table 1.과 같이 3가지 형으로 분류할 수 있다.
이중에서 유전자공학 실험에 이용하고 있는 것은 일반적으로 II형 효소로서, 본 실험에서도 II형 효소를 사용한다. 제한효소는 반응조건, 기질 DNA의 종류에 따라 절단상황, Star 활성의 출현빈도 등의 차이가 관찰되며, 그 정도도 효소에 따라 다르게 나타난다.

① 효율성 : 점착말단이 평활말단보다 높으며 이는 점착말단에 튀어나온 단일사슬이 다른 DNA 단편과 끈끈한 상보적 결합을 할 수 있기 때문이다.
② 편의성 : 평활말단이 점착말단보다 시간적으로 유리하다. 점착말단은 저온에서 오랜시간 방치하여 염기끼리 결합할 수 있는 시간을 주어야 효율이 상승하지만 평활 말단은 상온에서 바로 Ligase(중합효소)를 처리할 수 있기 때문이다.

(3) TAE buffer(Tris Aceteate+EDTA Buffer)
전기 영동시 DNA가 양극으로 이동할 때 운반체 역할을 한다.

참고자료

· McClelland, M. and Nelson, M. (1993) Nucleic Acids Res. 2 1 , 3139-3154.
· pET-22b(+) vector Protocol.
· KOMABIOTECH㈜ 홈페이지
· TaKaRa, unpublished observations.
· Neil A. Campbell외 4명, 2011, “Campbell Biology : Concepts & Connections, 7th Edition”, Pearson, p166~p169, p221