포항공대 화학생명공학실험[포스텍 A]Pre-Report (Sequencing Analysis of Target DNA)

소개글

포항공대 화학공학과 전공필수 과목인
화학생명공학실험 보고서입니다
PRE-Report 는 실험전 사전지식을 정리하는 보고서이고
Final-Report는 실험후 결과를 정리하는 보고서 입니다.

두가지를 모두 참고하셔서 과제에 도움이 되시길 바랍니다.

목차

1. 실험 제목
2. 실험 목적
3. 이론 및 배경지식
4. 시약 및 기기
5. 실험 순서

본문내용

1. 실험 제목
Sequencing Analysis of Target DNA

2. 실험 목적
NCBI를 활용하는 방법을 이해하고 BLAST를 이용해서 주어진 염기서열을 데이터베이스에서 검색한다. 검색을 통해 어떤 미생물인지 확인할 수 있다.

3. 이론 및 배경지식
1) NCBI(National Center for Biotechnology Information)
미국 국립생물공학 정보센터(NCBI)는 국립의학도서관이 운영하는 단체이다. 데이터 자동분석도구 개발, 데이터베이스 수집 및 공개와 컴퓨터 분석의 목적을 갖고 1988년 11월에 출범하였다. NCBI는 유전적 정보를 대량으로 전산화 하여 유용한 information으로 만드는 연구들을 진행 중이다. NCBI에서 주로 제공 되는 서비스들은 pubmed, mesh, blast, entrez, OMIM, Taxonomy 등이 있다. Pubmed 는 키워드나, 인물검색 항목으로 보조적인 서비스이다. MESH는 상위어, 하위어, 유사어를 정리해 둔 사전이다. 역시 보조 서비스이다. BLAST는 NCBI의 가장 핵심적인 서비스로, 유전자간 상등성을 비교해준다. Nucleotide blast, protein blast, blastx, tblastn, tblastx 등이 있다. 많은 생물학자들이 이용하는 서비스이다. Entrez 는 최신 데이터 베이스를 검색할 수 있는 검색 시스템으로, DNA, 단백질, GENOME MAPPING, population set, protein structure, literature search 가 가능하다.
2) BLAST
BLAST는 세계에서 가장 널리 쓰이는 sequence 검색 프로그램이다. 수많은 단백질, dna 의 방대한 database를 모아 쉽고 빠르게 미지의 sequence에 대한 정보를 알고리즘을 통해 알아낸다. 전체 sequence 보다는 부분적인 sequence에 대해 검색할 때 주로 사용한다. 알고리즘의 원리는 간단하다.

참고 자료

Sambrook et al Molecular Cloning 3rd Ed. Vol.2 Chapter 12