PCR, RFLP 보고서

목차

1. Introduction
1) PCR (polymerase chain reaction)
2) RFLP(Restriction fragment length polymorphism)
3) SNP(Single Nucleotide Polymorphism)
4) Gel electrophoresis

2. Materials and Methods
1) PCR
2) RFLP

3. Results
1) PCR sample
2) RFLP sample

4. Discussion

5. Reference

본문내용

1. Introduction
실험 목적
- PCR의 기본 원리를 익히고 측정하고자 하는 DNA를 복제하고 증폭시킨 후 gel electrophoresis로 확인하여 본다.
- RFLP 실험 기법과 SNP를 알아보고 PCR product를 분석하여 본다.
1) PCR (polymerase chain reaction)
PCR법은 In-vitro에서 특정 DNA 절편을 증폭해 많은 양을 얻고자 할 때 수행한다. PCR을 위하여 필요한 물질은 증폭하고자 하는 주형이 되는 DNA(DNA template)와 primer, DNA 중합효소(Ta polymerase or DNA polymerase), dNTP, 완충액(buffer solution), 염화마그네슘(MgCl2) 등이다.
 DNA template
세포내의 chromosomal DNA나 전염성 병원체의 DNA 또는 RNA로부터 합성된 complementary DNA, plasmid DNA 등을 사용할 수 있다. 증폭하고자 하는 DNA로 불순물이 섞이지 않도록 가능한 한 정제하여 사용하는 것이 좋으며 그렇지 못한 경우, template DNA의 양이 적은 상황에서는 증폭이 잘 일어나지 않으며 양이 많은 경우에는 비특이적인 반응이 일어나 원하지 않는 DNA sequence의 PCR product를 얻을 수 있다.
 PCR primer
PCR로 유전자의 특정영역을 증폭하려면 primer가 되는 2종의 합성된 single stranded DNA가 필요하다. PCR이 결합하는 위치에 따라 DNA상의 어느 부분이 증폭되는지 결정한다. 표적 DNA의 5’ 측의 sense strand(forward primer), 3’의 antisense strand(reverse primer)의 primer를 선택한다. Primer의 설계할 때 주의할 점은 다음과 같다.
-20~30bp의 길이
-2개의 primer끼리 annealing하지 않도록 해야 한다.
-GC함량이 50% 전후로 설계하고 purine과 pyrimidine염기의 연속적인 배열은 피한다.
-두 primer 사이에 GC content와 length 일치하도록 한다.

참고자료

· http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
· https://en.wikipedia.org/wiki/TBE_buffer
· Kato, K : 속 생화학 실험강좌 II 핵산 I 분리정제. pp147-171, 동경화학동인(1991)
· Easwary Kumaraswamy. Andrey Malykh. Konstantin, V. K., etc. Structure-expression Relationships of the 15-kDa Selenoprotein Gene. (2000). J. Biol. Chem.. 275, 35540-35547.
· Hu, Y. J., Korotkov, K. V., etc. Distribution and Functional Consequences of Nucleotide Polymorphisms in the 3’-Untranslated Region of the Human sep15 Gene. (2001). Cancer research. 61, 2307-2310.
· 생명과학대사전
· Takara PCR protocol