서강대학교 현대생물학실험2 DNA Sequencing

목차

1. Abstract
2. Introduction
3. Material and Method
4. Data and Result
5. Discussion
6. Reference

본문내용

Abstract
이번 실험에서는 한 학기 동안 미지의 DNA를 vector를 이용하여 E.coli의 plasmid에 형질전환 시킨 산물을 제한효소 HindIII, NdeI로 절단한 다음 이 절단된 plasmid DNA를 Agarose에서 electrophoresis하여 vector DNA와 insert DNA로 분리하여 삽입이 잘 되었는지 확인한 다음, 미지의 Insert DNA가 어떤 단백질을 발현시키는지 알아보기 위해 plasmid DNA를 Dye-terminator sequencing을 사용하여 염기배열을 분석하였다. 우선, Dye-terminator로 얻어진 염기의 순서가 기록된 정보를 사용하여 Finch TV를 통해 DNA sequence의 ORF(open reading frame, ATG부터 TAA까지의 염기서열)와 NdeI, HindIII의 restriction enzyme site를 찾은 다음 nucleotide BLAST를 이용하여 어떠한 유전자인지 파악한 다음 이 유전자의 염기서열을 Amino acid의 서열로 translation 한 다음 protein BLAST를 사용하여 삽입된 DNA가 전사, 번역을 거쳐 만들어지는 protein의 superfamily가 GFP 단백질임을 알아내었다. 이를 통해 삽입한 미지 DNA의 ORF에는 744개의 염기서열과 번역시 종결코돈을 제외한 247개의 amino acid가 만들어짐을 도출하였다.

Introduction
이번 실험에서는 지난 실험까지 vector를 통해 다뤄온 미지의 DNA의 sequence를 구하기 위하여 DNA sequencing techniques중 하나인 dNTP와 ddNTP의 구조 차이에 기반한 Sanger sequencing의 방법 중 하나인 Dye-terminator sequencing을 사용하였다. DNA sequencing은 DNA 사슬에 base가 결합된 순서를 생화학적 방법을 사용하여 결정하는 방법으로, 크게 Maxam and Gilbert sequencing, Sanger sequencing, Next generation sequencing으로 나뉜다.

참고자료

· 강성구, 인체생물학, 아카데미 서적(2004), p31
· 이수민, 최근 차세대염기서열분석(NGS)기술 발전과 향후 연구 방향(2014.12.18), p2
· Geoffrey M. Cooper, Robert E. Hausman, The Cell, SINAUER, p120