LM-PCR & DD-PCR

소개

LM-PCR, DD-PCR에 대해서
footprinting과 관련하여
원리와 실험방법을 아주 자세하게 작성

목차

각각의 서론과 원리 실험 방법 작성

footprinting

LM-PCR

DD-PCR

본문내용

박테리아 내에 있거나 PCR에 의한 진핵생물 DNA 복제는 필연적으로 많은 정보의 손실을 가져온다. 유전자 조절 및 기타 세포 처리과정 모두에서 중요한, 단백질-DNA 접촉 및 시토신(cytosine) 메틸화 패턴은 이러한 복제 과정에서 재생되지 않는다. 시토신 메틸화 및 단백질 footprint에 관한 정보를 그대로 보유하기 위해서, DNA는 원래의 genome 상태로 배열되어야 한다. 구체적인 배열 진단이 뒤따르는 genome DNA 직접 서열분석은 “genome 염기서열분석”이라고 불린다.
1984년에, Church와 Gilbert는 복제할 필요 없이 genome DNA 염기서열을 분석하기 위한 방법을 새롭게 소개하였다. 총 genome DNA는 Maxam-Gilbert DNA 염기서열분석 프로토콜에 따라서 염기-특정 cleavage의 적용을 받았다. 구체적인 배열은 간접적 엔드라벨링(end-labeling)에 의해서 진단되었다: 즉, restriction cut은 배열의 기준점(엔드-포인트)을 정하고, 혼성화 탐침(hybridization probe)이 이러한 엔드 포인트에 근접하게 구성된다. 포유류 genome의 복잡성 때문에, 일반적으로 genome 염기서열분석은 기술적으로 어려운 절차이다. 따라서, 원래 방법보다 더욱 예민한 방법을 고안해내기 시도가 있어왔다. 배경정보에 관한 특정 신호를 증가시키기 위한 한가지 방법은 genome DNA를 사전에 분별하고, 목표하는 배열에 맞게 풍부하게 만드는 것이다. 유전자-특정 프리머(primer)에서 나온 Taq 폴리머라아제를 사용한 반복적 프라이머 확장방법이 genome 염기서열분석을 위해서 사용되기도 했다.


* Footprinting

LM-PCR은 (1)Primary DNA nucleotide sequence (2)Cytosine methylation patterns (3)DNA lesion formation and repair, and (4)in vivo protein-DNA footprints의 결정을 위한 genomic analysis technique 이다. LM-PCR의 원리는 Maxam-Gilbert chemical sequencing reactions 나 UV photodimer들로 부터 유래된 single strand break 들이 primer extension에 의해 blunt-ended duplex DNA fragment들로 전환되고 linker-primer oligonucleotide가 blunt end 에 ligation 된다. Exponential PCR amplification 이 nested primer와 linker primer를 이용하여 수행되어지고 labeled-nested primer에의해 single side PCR이 수행된후 sequencing gel 상에서 읽혀진다. 가장 중요한 조건은 genomic DNA 상에 한 개의 nick이 형성되는 조건을 잡아야 한다는 것이다.

참고자료

· 없음