The action of restriction endonucleases on plasmid or viral DNA

소개

생화학실험 중 하나인 The action of restriction endonucleases on plasmid or viral DNA에 대한 예비보고서와 결과보고서입니다.

목차

<예비보고서>
1. 제목

2. 실험목적

3. Introduction

4. Content & Theory
⑴restriction endonucleases
⑵practical aspects of restriction enzyme use
⑶Characterization of DNA by agarose gel electrophoresis
⑷Overview of the experiment

5. Reference

<결과보고서>
1. Introduction
⑴실험 제목
⑵실험 목적

2. Materials & Procedure
⑴시약 및 초자
⑵실험 과정

3. Results
⑴electrophoresis의 결과 : 원본사진
⑵electrophoresis의 결과 : size marker를 토대로 ladder에 size를 결정한 사진

4. 결과 분석
⑴각 restriction enzyme에 대한 DNA fragments
⑵Restriction map 그리기
⑶얻어진 restriction map 검토하기
⑷최종적으로 얻어진 restriction map

5. Discussion
⑴오차의 요인
⑵50bp의 fragment가 사라진 이유?

6.숙제풀이
⑴Hand-out의 문제풀이
⑵교과서 문제 답 : 6, 7, 8번
①6번 문제 : 5번 문제의 reaction digest가 agarose 전기영동으로 분석되었다고 가정하자. 전기영동 gel을 그리고 각 DNA fragment들의 대략적인 위치를 나타내어라.
②7번 문제 : 전기영동 후의 DNA 내의 ethidium bromide의 역할은 무엇인가?
③8번 문제 : ethidium bromide는 mutagen이다. 이 실험에서 당신이 chemical과의 접촉을 피하기 위해서 가져야할 모든 precaution을 설명하여라.

7. Reference

본문내용

<예비보고서>
1. 제목 : The action of restriction endonucleases on plasmid or viral DNA
2. 실험목적 : 다양한 restriction enzyme들을 plasmid 또는 viral DNA와 함께 incubate시켜서, 형성된 product DNA fragment들을 agarose gel electrophoresis를 통해 분석한다.
3. Introduction
=>이 실험에서는 hybrid plasmid construction과 analysis-restriction enzyme action의 중요성에 대해 언급할 것이다. 여기서 소개된 이 과정들은 모든 DNA 분자들의 analysis와 characterization에 관해서 널리 사용되고 있는 과정들이다.

4. Content & Theory
⑴restriction endonucleases
=>이중 나선 구조의 DNA 내에서 특정 base sequence를 인식하여 2개의 hydrolytic cleavage를 촉진시키는(catalyzed) enzyme이다.
①생물학적 목적 : foreign DNA를 degrade시키거나 restrict시키는 것이다.
=>이때 host DNA는 protect되는데, cleavage site 부근의 some bases들이 methylation되기 때문이다.
②EcoRⅠ의 action은 다음과 같다.

.. 중략 ..

<결과보고서>
2. Materials & Procedure
⑴시약 및 초자
- plasmid (60ng/㎕)
- Incubation buffer for restriction enzymes(10X) (0.5M potassium acetate, 0.2M Tris- acetate, 0.1M magnesium acetate, 10mM DTT)
- 1X TAE 0.1ℓ, agarose 1.2g, ethidium bromide(10mg/㎖) 10㎕
- 6X loading buffer(0.25% BPB/XCFF, 30& glycerol)

참고자료

· <예비보고서>
· - Modern experimental biochemistry, 3rd ed., Rodney Boyer, Benjamin Cummings.
· <결과보고서>
· - Modern Experimental Biochemistry, 3rd ed., Rodney Boyer.
· - Merck index, 12th ed., CambridgeSoft.
· - Biochemistry, 5th ed., Stryer, Berg, Tymoczko, Freeman publishing
· - Organic chemistry, 5th ed., John Mcmurry.
· - organic chemistry experiment manual.