Bacterial diversity & identification in unrefined wine using 16S rDNA

소개

생물공학 실험 중 하나인 Bacterial diversity & identification in unrefined wine using 16S rDNA에 대한 리포트입니다. 다만, 이때 실험에 실패하여 DNA extraction 자체가 되지 않아 실험을 더 이상 진행할 없어 result는 cloning에 대한 조사로 대체하였음을 알려드립니다.

목차

1. Introduction

2. Materials & methods
⑴DNA extraction from bacteria by phenol extraction
⑵DNA extraction 이후의 과정

3. Results - about a cloning

⑴molecular cloning
⑵cellular cloning
⑶horticultural cloning
⑷natural clones
⑸budding

4. discussion
⑴bacteria identification을 하는데 16S rDNA를 사용하는 이유?
⑵일반 PCR과 환경샘플에서 bacterial diversity 관찰시 하는 PCR은 어떻게 다른가?

5. Reference

본문내용

1. Introduction
: 이번 실험은, 정제되지 않은 포도주에 어떠한 bacteria이 존재하는 지를 확인하기 위한 실험이다. 일단 sample에서 bacteria들의 DNA를 추출한 후, 여기서 16S rDNA를 PCR 기법으로 얻어낸다. 이후 electrophoresis와 cloning 과정을 거쳐서 이 16S rDNA를 sequencing하여 이 bacteria를 identification하는 것이 이번 실험의 목적이다.
2. Materials & methods
⑴DNA extraction from bacteria by phenol extraction
①침전물을 D.D.W 또는 Tris buffer로 2번 정도 씻는다.
②침전물을 625㎕의 TE buffer 또는 sludge lysis buffer에 녹인다.
③10%(w/v) SDS 70㎕를 처리하고 60℃에서 5분간 incubation한다. proteinase K 10㎎/㎖를 더하고 37℃에서 1~2시간 동안 incubation한다.
④3번째 단계의 끝에서, freezing-thawing을 3번 정도 해준다.
⑤10㎕의 Rnase(ribonuclease A 10㎎ + ribonuclease T1 1000unit/㎖)를 처리하고 RT서 30분간 incubation한다.
⑥5M NaCl 120㎕를 가하고 흔들어준다.
⑦CTAB/NaCl 용액 90㎕를 더하고 흔들어주며, 65℃에서 10~20분 정도 incubation한다.
⑧같은 부피의 phenol/chloroform/isoamylalcohol(25:24:1)을 더하고 흔들어주며 10분간 5000rpm에서 centrifuge한다. supernatant를 새 tube로 옮긴다.

참고자료

· - Modern Experimental Biochemistry, 3rd ed., Rodney Boyer.
· - Biochemistry, 5th ed., Stryer, Berg, Tymoczko, Freeman publishing
· - http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning
· - http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/dna/oldnalanguage.html
· - http://www.biotechnologyonline.gov.au/popups/img_scnt.cfm
· - http://www.molbio.princeton.edu/courses/mb427/2001/projects/05/intro1.htm
· - http://sg.geocities.com/shenlan.geo/grafting.html
· - http://www.madison.k12.wi.us/west/science/biotech/tissueculture.htm
· - http://science.howstuffworks.com/cloning1.htm
· - http://home.cc.umanitoba.ca/~umbai3/39.769/presentation/1.html