차세대 시퀀싱 리드를 위한 서열 정렬 알고리즘에 관한 비교 연구 (A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing read)

서지정보

· 발행기관 : 한국정보과학회
· 수록지 정보 : 데이타베이스연구 / 28권 / 1호 / 33 ~ 51페이지
· 저자명 : 여윤구, 박치현, 안재균, 박민서, 김판규, 박상현

초록

서열 정렬 알고리즘은 유전학에서 널리 사용되는 도구 중 하나다. 차세대 시퀀싱 기술이 발달함에 따라 높은 처리량을 갖는 염기 서열 정렬 알고리즘이 다수 개발되었다. 차세대 시퀀싱 기술을 위한 서열 정렬 알고리즘은 크게 해시 기반 알고리즘과 BWT 기반 알고리즘으로 구분할 수 있다. 본 논문은 해시 기반 알고리즘과 BWT 기반 알고리즘의 대표 연구들을 자세히 설명하고, 시뮬레이션 데이터를 이용하여 두 카테고리의 성능을 비교하였다. 해시 기반 알고리즘은 단일 염기 변이가 많은 데이터 셋에서 더 많은 리드를 성공적으로 정렬했으며, BWT 기반 알고리즘은 변이가 적은 데이터 셋에서 동등한 수준의 정확도를 가지면서도 더 빠른 처리 속도를 나타냈다.

영어초록

Sequence alignment is one of the popular tools for genomics. A number of sequence alignment tools have been developed to support Next-Generation sequencing(NGS) read. Sequence alignment tools for NGS read can be classified into two major categories, hash-based and BWT-based. In this paper, we describe representative tools of those categories, and benchmark alignment tools using simulated dataset. As a result, the hash-based tools aligned more reads than the BWT-based tools in high mutation rate. The BWT-based tools showed faster alignment speed than the hash-based tools with equivalent accuracy in low mutation rate.

참고자료

· 없음