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유전자 유사성을 통하여 naive T 면역세포에 특이적인 새로운 발현 유전자 탐색법 (New Exploration to Identify the Naive T Cell-Specific Gene Using Gene Similarity)

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최초등록일 2025.06.16 최종저작일 2020.02
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유전자 유사성을 통하여 naive T 면역세포에 특이적인 새로운 발현 유전자 탐색법
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    서지정보

    · 발행기관 : 한국정보기술학회
    · 수록지 정보 : 한국정보기술학회논문지 / 18권 / 2호 / 33 ~ 43페이지
    · 저자명 : 고동우, 양정진

    초록

    최근에는 생명공학분야는 인공지능분야와의 접목을 통하여 새로운 유전자의 발굴에 큰 성과를 이루고 있으나, 빅 데이터의 처리 및 세포특이성을 부여할 수 있는 새로운 알고리즘의 부족으로 여전히 많은 한계성을 가지고 있다. 본 연구에서는 naive T세포에 특이적인 유전자인 CD27, SELL, IL7R, IL2RG, PTPRC을 기준으로 하여, 유전사들 사이의 유사성을 계산하는 새로운 방법인 Pearson Correlation과 T-SNE를 기존에 사용되고 있는 Fold Change 정렬 방법과 비교분석하였다. 시도한 3가지 분석방법들 중 T-SNE 분석방법을 사용하였을 때, 위의 5개의 유전자들이 모두 가장 높은 순위에 위치하였다. 따라서 특정한 세포에 존재하는 유전자들 중 단백질을 인코딩하는 유전자들만 선별하여 유전자간의 유사성을 계산하는 T-SNE 분석 방법을 사용한다면 타겟 세포의 선택적으로 발현하는 유전자 발굴을 위한 가장 효과적인 방법이 될 수 있음을 제시했다.

    영어초록

    Recent advancement of DNA/RNA sequencing technology/bioinformatic tools and establishment of various big database combining AI algorithm has made the identification of the essential genes successful. However, the lack of big data processing method and the new algorithm to provide the target cell-specificity need to be overcome. In this study two approaches, Pearson Correlation and T-SNE adopting the calculation of gene similarity, were compared with the current fold change method on the basis of naive T cell-specific surface marker genes (CD27, SELL, IL7R, IL2RG, PTPRC). Among these three methods T-SNE method positioned all of naive T cell-specific genes in the highest rank. Therefore, our results suggest that T-SNE using gene similarity calculation together with the selection of the candidate genes encoding the proteins is the most effective strategy to identify the novel genes specific to the target cells.

    참고자료

    · 없음
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