웹기반 유전체 선택압 분석지원 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of a Genome Selective Pressure Analysis Supporting System based on Web)

서지정보

· 발행기관 : 한국정보과학회
· 수록지 정보 : 데이타베이스연구 / 31권 / 2호 / 142 ~ 153페이지
· 저자명 : 백정호, 김도완, 오재현, 이동준, 설영주, 김창국, 김준아, 백정현, 이홍로, 이태호

초록

유전체 시대의 도래와 함께 다수의 유전체를 효율적으로 비교 및 분석하기 위해 다양한 생명정보학 도구들이 개발 되어 왔다. 그 중 유전자 서열비교를 통해 단백질 코딩영역에서 Synonymous substitution 비율(Ks)과 Nonsynonymous substitution 비율(Ka) 측정 및 이들을 이용한 선택압 종류 예측은 Command Line Interface (CLI)를 가진 다수의 프로그램을 순차적으로 이용하는 형태로 이루어져 왔으며 이러한 형태의 분석방법은 컴퓨터에 익숙하지 않은 많은 생물학자들에게 많은 어려움과 불편함을 주었다. 본 연구팀은 이러한 비교유전체 분석을 연구자들이 쉽고 편리하게 수행할 수 있도록 하기 위해 웹기반 선택압 분석지원 시스템(ToolbKx: Toolbox Ka and Ks)을 개발, 구축하였다. Ka, Ks 값 측정 등 분석을 담당하는 ToolbKx의 코어 프로그램은 Python, BASH 스크립트 등을 이용하여 구현되었으며 분석 결과는 웹상에서 데이터 시각화 프레임워크를 통해 사용자에게 보여 진다. CLI 기반의 복잡한 분석을 웹을 통해 쉽게 진행할 수 있고 분석 결과가 그래프 등을 통해 제공됨으로서 연구하는 사용자들의 유전체 비교, 분석 연구가 더욱 편리해질 것이다.

영어초록

With the advent of genome sequencing era, various bioinformatics tools have been developed to analyze the genomes. The estimation of evolutionary pressure via Synonymous substitutions rate (Ks) and the Nonsynonymous substitutions rate (Ka) in protein-coding regions broadly used is essential for the comparative analysis. However, most of analysis tools are composed of command line interface (CLI)-based multi-step method and cause difficulties to computer-illiterate biologists. So, we introduce the ToolbKx (Toolbox Ka and Ks, web-based selective pressure analysis system) to perform the genome analysis handily. Core programs such as calculating the Ka and Ks values are implemented by Python and BASH scripts. The results are shown to users by data visualization framework on the web. CLI-based complex analysis can be progressed via web with ease and it is convenient that researcher can perform the comparative analysis of genomes by providing the results in graph format.

참고자료

· 없음