RAPD 및 ITS 염기서열 분석을 이용한 곰취 속(Ligularia) 식물의 유연관계 분석 (Phylogenetic Relationship of Ligularia Species Based on RAPD and ITS Sequences Analyses)

서지정보

· 발행기관 : 한국원예학회
· 수록지 정보 : 원예과학기술지 / 28권 / 4호 / 638 ~ 647페이지
· 저자명 : 안순영, 유기억, 조광수, 서종택

초록

RAPD와 ITS 염기서열 분석을 통하여 Ligularia 속 식물 5종류의 유연관계를 밝혔다. RAPD 분석에서는 총 196개의 random primer를 사용하여 밴드수가 많고 선명한 63개의 primer를 선발하였다. 다형성을 나타낸 밴드는 141개(31.8%)이었으며, 증폭된 크기는 0.2-1.6kb로 다양하였다. 유집 분석 결과, 유사도 값은 0.54-0.95의 범위로 나타났고, 0.77을 기준으로 크게 5그룹으로 나누었다. ITS 영역의 염기서열 분석 결과, ITS 1과 ITS 2 지역은 각각 248-256bp와, 220-222bp로 구성되어 있으며, 5.8S 부분은 164bp로 나타났다. ITS 1과 ITS 2 지역의 총 478개의 염기 중 49(10.2%)군데에서 변이가 있었으며, 구아닌(G)과 시토신(C)의 비율은 ITS 1지역에서 49.4%, ITS 2에서는 53.5%로 나타났다. 염기서열분석결과 5종류는 단계통을 형성하였으며, 갯취는 군외군으로 부터 가장 먼저 분계조를 형성하였다. 한대리곰취와 어리곤달비는 79%의 지지율을 가지고 유집되었으며, 곰취와 곤달비도 함께 유집되었지만 지지도는 52%로 낮았다. 이상의 결과에서 두 데이터는 일치하는 결과를 보였지만 한대리 곰취의 분류학적 위치는 RAPD와 ITS 분석결과가 일치하지 않았다.

영어초록

The genetic relationships in 5 species of Ligularia were investigated using RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) and ITS (Internal Transcribed Spacer) sequences analyses. In RAPD analysis, sixty three of 196 arbitrary primers showed polymorphism. The amplified fragments ranged from 0.2 to 1.6 kb in size. The dendrogram was constructed by the UPGMA clustering algorithm based on genetic similarity of RAPD markers. A total of 16 accessions were classified into 5 major groups corresponding each species at the similarity coefficient value of 0.77. In the ITS sequence analysis, the size of ITS 1 was varied from 248 to 256 bp, while ITS 2 was varied from 220 to 222 bp. The 5.8S coding region was 164 bp in lengths. Forty nine sites (10.2%) of the 478 nucleotides were variable, and the G+C content of ITS region ranged from 49.4 to 53.5%. In the ITS tree, five species of Ligularia were monophyletic, and L. taquetii was the first branching within the clade. Ligularia intermedia formed a clade with L. fischeri var. spiciformis (BS=79), and L. stenocephala and L. fischeri were also claded. Two data sets were congruent, except of the position of L. fischeri var. spiciformis.

참고자료

· 없음