올리고뉴클레오티드 DNA Chip을 이용한 환경시료에서의 장관계바이러스 검출 (Enteric Virus Detection from Environmental Sample by Oligonucleotide DNA Chip)

서지정보

· 발행기관 : 한국미생물학회
· 수록지 정보 : 미생물학회지 / 38권 / 3호 / 186 ~ 191페이지
· 저자명 : 김정미, 지영미, 윤재득, 정용석, 윤성욱

초록

장내바이러스(enterovirus), 로타바이러스(rotavirus), 그리고 아데노바이러스(adenovirus) 등 물을 통해 전파되는
환경바이러스의 신속한 검출 및 1 차적인 분류를 위해 올리고뉴클레오티드 DNA chip을 이용한 분석 시스템의
유용성에 대하여 연구하였다. BGM 세포배양실험에서 바이러스성 세포병변효과(cytopathic effect) 양성으로 판
정된 세포단층으로부터 접종배양 3 일 후 세포내 모든 RNA를 분리하여 중합효소연쇄반응과 DNA chip으로 검
출여부 및 유전형을 비교 분석한 결과 세포배양에서 양성으로 판정된 10 개의 시료 중 3 개가 바이러스 음성으
로, 7 개가 바이러스 양성으로 나타났다. 중합효소연쇄반응과 DNA chip에 의해 양성으로 나타난 7 개 시료의 유
전형은 두 방법에 의해 모두 장내바이러스로 동정되어 DNA chip에 의한 1 차 동정의 유용성도 증명하였다. 세포
배양 후 전기영동분석 없이 일차적인 동정과정까지 불과 3~4 시간 이내에 수행해낼 수 있는 DNA chip 분석은 특
이성, 신속성, 및 경제성을 고루 갖추어 환경바이러스 검출방법론의 새로운 영역을 구성할 것으로 사료된다.

영어초록

The usefulness of oligonucleotide DNA chip was evaluated for detection and primary level identification of
major waterborne viruses in environmental samples. The enteric waterborne viruses included enterovirus, adenovirus,
and rotavirus. Total intracellular RNA of 10 BGM cell plates showing virus-specific cytopathic effects
was extracted at the third day after inoculation. The intracellular RNA was then subjected to either enterovirusspecific
RT-PCR followed by sequencing analysis, or the DNA chip. Seven out of 10 positive samples in cell
culture were positive but the other three sample were turned out to be negative by both RT-PCR and DNA chip
analyses. Nucleotide sequencing results and the DNA chip hybridization results of the RT-PCR product were in
complete agreement in the identification of the 7 positive samples as enteroviruses. Using the DNA chip, it took
only 3~4 hr to complete detection and primary level identification of target viruses and additional procedures
such as gel electrophoresis or nucleotide sequencing were not necessary. We believe that the DNA chip system
can be employed as a highly effective and new detection methodology for environmental viruses.

참고자료

· 없음