제주재래돼지와 랜드레이스간 F2 교잡종 집단에서 성장형질과 전장의 유전체 정보간 연관성 분석 (A Whole Genome-Wide Association study for Growth Traits in a F2 Crossbred Population between Landrace and Jeju Indigenous pig)

서지정보

· 발행기관 : 경상국립대학교 농업생명과학연구원
· 수록지 정보 : 농업생명과학연구 / 47권 / 2호 / 75 ~ 84페이지
· 저자명 : 조충일, 이득환, 이준호, 박병호

초록

본 연구는 농촌진흥청 국립축산과학원에서 사육중인 제주재래돼지와 랜드레이스의 상호교차교배를 통해 생산된 417두의 F2집단을 대상으로 성장형질(생시체중, 3주령 체중, 10주령 체중, 20주령 체중)을 측정하고, 개체별 혈액으로부터 Illumina Porcine SNP 60k BeadChip을 이용하여 유전자형 분석을 실시하여 성장형질과 유전체 전장의 단일염기다형의 유전자형 간에 연관성을 알아보았다. 단일연기다형의 유전자형 분석은 돼지의 성염색체를 제외한 18개의 상염색체 내에 나타난 52,574개의 SNP표지인자 중 다형성이 나타나지 않은 7,564개의 표지인자, 모든 개체에서 이형으로 나타난 47개 표지인자 및 결측률이 10% 이상인 1,830개의 표지인자가 나타나 분석에 앞서 사전 제거를 실시하였으며, 남은 44,133개의 표지인자를 체중형질과 표지인자간 연관성 분석하는데 이용하였다. 체중에 영향하는 고정효과에 대해 일반선형모형을 설정하여 사전 보정을 실시하였으며, 여기서 얻어진 잔차값을 이용하여 표지인자와 월령별 체중간의 연관성 분석을 실시하였다. 분석결과 전장의 유전체 정보 중 통계적 판단의 오류를 고려하여 연관성이 강한(p<10-6)표지인자가 생시(BWB), 3주령(BW3), 10주령(BW10) 및 20주령(BW20) 체중에서 각각 657개, 846개, 49개, 122개로 추정되었다. 생시와 3주령 체중에 공통으로 유의적 영향을 하는 표지인자가 286개로 나타났으며, BWB와 BW10에서 5개, BWB와 BW20에서 8개, BW3와 BW10에서 13개, BW3과 BW20에서 11개, BW10과 BW20에서 1개로 나타났다. 또한 염색체별 성장형질에 영향하는 표지인자의 분포를 조사한 결과, 주령별 체중에 영향하는 표지인자는 전장의 유전체에 고르게 분포하는 것으로 조사되었으며, 특히 생시 및 3주령 체중에 영향하는 표지인자는 특정 염색체(SSC9)에서 고도의 통계적 유의차(p<10-15)를 나타내는 유전자 좌위가 있는 것으로 추정되었다.

영어초록

DNA samples were extracted from brood samples of 417 F2 progenies of 71 hybrids crossbred between 18 Jeju Native Black pigs and 16 Landrace pigs. All of F2 progenies were genotyped by way of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) using Porcine SNP 60k BeadChip. Phenotypic observation of birth weight, 3 week weight, 10 week weight and 20 week weight on F2 progenies was also made. It was investigated on which genotypes by SNP were associated with these traits on whole genome wide cases using single regression method. SNP genotypes either missing over 10%, or monomorphic or all heterozygous were removed with assuming outliers. A total of 44,133 SNPs were validated with above criteria. All traits were regressed onto SNP data using a linear regression model after correcting for the effects of sex, parity of dam and age at slaughter. Numbers of significantly (p<10-6) associated SNP markers after correcting local false discovery rate were 657, 846, 49 and 122, for birth weight, 3 week weight, 10 week weight and 20 week weight, respectively. The number of significantly duplicated SNP markers were 286 between BWB and BW3, 5 between BW and BW10, 8 between BWB and BW20, 13 between BW3 and BW10, 11 between BW3 and BW20, 1 between BW10 and BW20. The significant markers for BWB and BW3 in whole genome were evenly distributed and especially 9 chromosome existed strong significant markers(p<10-15). There were, however, significant markers for BW10 and BW20 in just some chromosome. All significant markers associated with growth traits were broadly distributed and different patterns were shown by ages.

참고자료

· 없음