순종 Landrace 집단을 이용한 등심단면적 관련 후보유전자 PDE4D의 전장유전체 관련성 분석

서지정보

· 발행기관 : 경상대학교 농업생명과학연구원
· 수록지 정보 : 농업생명과학연구 / 47권 / 5호
· 저자명 : 정은지, 김혜인, 이재봉, 유채경, 김범모, 박희복, 이정규, 임현태

초록

돼지의 체장, 체폭, 체중 등의 연속적인 변이를 가지는 양적형질에 속하는 형질인 성장형질은 양돈업에 있어서 생산성과 수익성에 직결된 중요한 경제 형질이다. 성장형질로는 일당증체량, 등지방두께, 등심단면적 및 도체품질 등이 있으며, 그중에서 등심단면적과 관련이 있는 후보 유전자를 Genome-wide 수준에서 선발하기 위하여 Illumina 사의 Porcine SNP 60K chip을 이용하여 순종 Landrace 집단(수컷 : 50두, 암컷 : 440두)을 분석하였다. Plink program을 이용하여 filtering 과정을 거쳐 최종적으로 31,960개의 SNP marker를 선별하였으며, Genome-wide 임계수준을 bonferroni correction (i.e.1/31957=3.12×10-5)을 이용해서 결정했을 때, SSC16에서 유의성 있는 4개의 SNP marker들을 발견하였다. 이 중 가장 유의성 있는 SNP marker인 DRGA0016148(P=1.38×10-5)와 근접한 후보유전자로 PDE4D를 선정하였고, PDE4D에서 2개(g.9870 T>C, g3976 C>T)의 SNP를 탐색하였다. 본 연구에서는 Genome-wide association study (GWAS)를 이용하여 등심단면적과 관련성이 있는 SNP를 선발하여, 등심단면적과 후보유전자 PDE4D와의 관련성을 규명하고자 연구를 실시하였으나, PDE4D g.9870 T>C 에서는 Hardy-weinberg equilibrium P-value 0.7581로 음의 상관관계를 나타내었으며, PDE4D g.3976 C>T에서는 모두 호모타입이 확인되었다.

영어초록

Pigs' growth traits, which are quantitative traits that have continuous variations, such as body length, width, and weight, are important economic traits directly related to the productivity and rofitability of the pig-raising industry. Growth traits include daily weight gain, back fat thickness, loin muscle area(LMA), and carcass quality. To select candidate genes related to LMA among them at the genome-wide level, 490 purebred landrace groups(50 males and 440 females) were analyzed using porcine SNP 60K chips. Using the Plink program, 31,960 SNP markers were finally selected through a filtering process. When a genome-wide threshold level was determined using Bonferroni correction(i.e. 1/31957=3.12×10-5), four significant SNP markers were found on SSC16. PDE4D was selected as a candidate gene for DRGA0016148(P=1.38×10-5), which is the most significant SNP marker among them, and two SNPs(g.9870 T>C, g.3976 C>T) were found in PDE4D. The present study was conducted to establish the relationship between LMA and the PDE4D as candidate gene by selecting SNPs related to LMA using GWAS. However, a negative correlation was shown at PDE4D g.9870 T>C with a linear regression analysis P-value of 0.7581 and only homo types were identified at PDE4D g.3976 C>T.

참고자료

· 없음