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Gene Expression Analysis and Gene Set Enrichment Analysis2025.01.181. 전사체 데이터 유전 요인의 중요성이 부각됨에 따라 의료 분야에서는 사람들의 유전적 성향을 파악하여 질병을 예측, 예방하고, 개인의 유전정보를 기반으로 한 맞춤 의료 서비스에 관한 관심이 높아지고 있다. 맞춤 의료 서비스를 제공하기 위해서는 사람의 유전정보를 분석해야 하는데, 이 경우 전사체 (transcriptome: 세포나 조직에서 한순간 발현되는 전체 RNA의 모음을 의미한다. 이 RNA들을 이용하여 조직에 따라 발현되는 유전자들의 정보를 얻을 수 있다) 분석을 이용할 수 있다. 전사체 분석을 통해 정상 세포와 비정상 세포...2025.01.18
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Real-time PCR을 이용한 유전자 발현 분석2025.01.231. 전사(Transcription) 수준에서의 유전자 발현 분석 기법들 유전자 발현 분석 기법에는 Single gene analysis와 Whole genome analysis가 있다. Single gene analysis는 개별 유전자의 발현량을 확인하는 실험 기법으로 Northern Blotting과 Real-time PCR이 있다. Whole genome analysis는 세포 내 전체 유전자의 발현량을 확인하는 실험 기법으로 RNA sequencing이 있다. 2. cDNA 합성에 사용될 수 있는 primer의 종류 cDN...2025.01.23
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식물분자생물학실험 Real-time PCR (Quantitative RT-PCR) 결과보고서2025.01.181. RT-PCR RT-PCR은 RNA 서열을 DNA로 역전사하여 PCR을 통해 증폭하는 기술이다. 이는 RNA 기반 생명체의 유전자 발현 분석에 활용되며, COVID-19 팬데믹 당시 SARS-CoV-2 바이러스 검출에 중요하게 사용되었다. 2. Quantitative RT-PCR Quantitative RT-PCR은 유전자 발현량을 정량화하는 기술로, 실시간으로 형광 신호를 측정하여 유전자 증폭 정도를 확인할 수 있다. SYBR Green과 TaqMan probe 방식이 대표적이며, 각각 장단점이 있다. 3. C3H55 유전자 ...2025.01.18
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이화여대 생명과학실험 A+ 리포트(Simple tandem repeat를 이용한 인간유전자 분석)2025.01.231. Simple tandem repeat를 이용한 인간유전자 분석 본 실험에서는 구강 상피세포를 채취하여 PCR로 증폭시키고 PAGE를 이용하여 밴드의 발현양상을 통해 STR을 분석하였다. 인간의 유전자 sequence는 거의 유사하지만 genome상의 simple sequence가 나타나는 부위와 그 크기는 차이가 있다. Simple sequence에서 반복되는 숫자는 allele에 따라 다른데 이 부분을 DNA 비교분석으로 allelic variation을 조사하는 것이다. 밴드의 발현양상을 STR을 분석가능한데 인간의 경우에...2025.01.23
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생물공정실험 결과보고서 - Gene Expression Analysis by RT-PCR2025.01.041. Reverse Transcription PCR (RT-PCR) 이 실험의 목적은 reverse transcription PCR을 통해 얻은 cDNA 샘플을 real-time PCR로 증폭시키는 것입니다. 다양한 시약을 사용하여 cancer cell과 ADSC cell의 유전자 발현, 특히 housekeeping gene인 GAPDH와 target gene인 Thy-1의 발현 차이를 분석하고자 합니다. 2. Real-time PCR 분석 실험 결과를 통해 ΔCt 값을 계산하여 각 세포주에서 target gene인 Thy-1이 h...2025.01.04
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RNA 추출, cDNA 합성 및 qRT-PCR2025.01.181. PCR (Polymerase Chain Reaction) PCR은 DNA의 상보적 가닥에 결합하는 2개의 프라이머를 동시에 사용하여 증폭을 원하는 DNA의 특정 영역만을 in vitro에서 복제, 증폭하는 기술이다. 3단계를 거쳐 DNA를 복제하는데, 변성, 결합, 신장 과정을 반복하여 DNA를 증폭시킨다. 2. RT-PCR (Reverse Transcriptase PCR) RT-PCR은 유전자에서 만들어진 RNA에서 역전사효소를 이용하여 cDNA를 생성한 후, cDNA를 주형 가닥으로 PCR을 수행하여, 유전자의 RNA 발현...2025.01.18
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아주대학교 A+생명 실험 DNA추출2025.01.121. 플라스미드 DNA 추출 이번 실험에서는 원심분리와 다섯가지의 Buffer를 이용하여 플라스미드 DNA를 추출해냈습니다. 추출한 플라스미드 DNA를 아가로스 겔 전기영동을 통해 확인한 결과, Supercoiled 플라스미드 DNA를 확인할 수 있었습니다. Supercoiled 플라스미드 DNA는 플라스미드 DNA를 분리한 후 가장 흔하게 보이는 구조이며, 크기는 약 2.0kb, DNA Mass는 52ng으로 나타났습니다. 2. 원핵세포와 진핵세포의 차이 원핵세포와 진핵세포는 구조와 구성 요소에 차이가 있기 때문에 유전자를 추출할...2025.01.12
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RT(역전사효소) PCR 실험 보고서2025.05.141. Reverse Transcriptase (RT) Reverse Transcription 과정을 통해 RNA 주형가닥으로부터 상보적인 DNA(cDNA)를 생성하는 효소. 1970년 RDDP의 발견 이후 눈부신 발전으로 역전사바이러스학과 암 유전학의 토대가 되어왔다. 3가지 효소활성 domain을 가지며, RNA 의존성 DNA polymerase(RDDP), C말단의 RNaseH, DNA 의존성 DNA Polymerase(DDDP)이다. 교정기능(Proofreading)이 없어 돌연변이의 누적이 쉽다. 2. One/Two step...2025.05.14
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DNA 메틸화에 따른 후성유전학과 암의 연관성2025.01.281. 후성유전학 후성유전학은 유전자의 발현을 조절하는 메커니즘을 연구하는 생물학의 한 분야로, DNA 서열 자체의 변화 없이 유전자 발현이 조절되는 현상을 연구한다. 대표적인 후성유전적 변화 요인에는 DNA 메틸화, 히스톤 변형, 비암호화 RNA의 작용 등이 있다. 2. DNA 메틸화 DNA 메틸화는 구아닌 바로 앞의 시토신 잔기에 메틸기(CH3)가 첨가되는 과정이다. 프로모터에 위치한 CpG가 메틸화되면 유전자의 전사가 올바로 진행하지 못하게 된다. 정상적인 상황에서는 CpG 디뉴클리오타이드가 메틸화로부터 보호되지만, X염색체와 ...2025.01.28
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Analysis of PV92 Alu Insertion Frequency and Genetic Drift in Human Populations Using PCR, BLAST, and Hardy-Weinberg Equilibrium2025.01.231. PV92 Alu 삽입 PV92 Alu 삽입은 염색체 16번에 위치한 다형성 마커로, 인구 유전학 연구에 널리 사용되고 있습니다. 이 실험에서는 7명의 학생들을 대상으로 PCR, 겔 전기영동, BLAST 분석을 통해 PV92 Alu 삽입의 빈도를 조사하고, 관찰된 유전자형 빈도와 Hardy-Weinberg 평형에 따른 기대 유전자형 빈도를 비교하였습니다. 2. 유전적 부동 실험 결과와 BioServer 데이터 분석을 통해, + 대립유전자(Alu 삽입 있음)는 아시아와 남미 지역에서 더 높은 빈도를 보이고, - 대립유전자(Alu ...2025.01.23
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