책소개
실제로 현업에서 사용하는 바이오파이썬 모듈과 100개의 프로그래밍 예제를 통해
생물정보학 파이썬 프로그래밍의 기초를 쌓을 수 있는 도서!
쏟아지는 생물정보 빅데이터를 처리함에 있어 배우기 쉽고 원하는 결과를 신속하게 만들어 낼 수 있는 파이썬은 이 시대의 단연 인기 있는 언어다. 바이오파이썬은 파이썬 라이브러리 중 하나로 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물정보 데이터 다루기, NCBI와 같은 웹 정보 가져오기 그리고 생물정보 분석 툴 실행 등의 기능을 할 수 있다.
본 도서에서는 각 장마다 바이오파이썬의 모듈들을 학습할 것이다. 실무에서 뛰고 있는 의생명연구자 및 생물정보학에 관심이 있는 분들이 연구에 즉시 활용할 수 있도록 실제 생물정보 데이터를 가지고 예제와 연습문제를 꾸려보았다. 또한 기초 생물정보학 파이썬 프로그래밍의 실력 향상을 위해 100개 문항의 연습문제도 구성하였다. 각 장의 내용을 학습하고 연습 문항을 해결하다 보면 각종 생물정보 문제를 손쉽게 해결할 수 있으리라 믿어 의심치 않는다.
1953년 왓슨과 크릭이 한 장 짜리 논문을 발표한 후 노벨상의 영광을 누렸다. X선 회절을 통한 이중나선 구조의 발견이였다. 이후 50년동안 생명공학은 눈부신 발전을 이루어 왔다. 많은 방법론과 새로운 기기들이 주를 이뤘으며 인간에게 가장 큰 숙제가 던져졌다. ‘인간의 유전자의 전체 염기서열을 해독하라’이다. 이 크나큰 과제를 해결하기 위해 각국의 저명한 생물학자들이 모인 결과 50년이 지난 후인 2003년에 결국 인간의 모든 유전체를 읽어낼 수 있었다. 인간의 유전체를 해독하고 나서 책임자는 모든 질병이 머지않아 정복될 것이라 기대하였으나 실상을 그러하지 못했다. 지놈 프로젝트를 냉정하게 평가하면 인간 DNA 32억개를 읽은 것 뿐이다. DNA중 1~1.5%만이 유전자이고, 나머지는 발현을 조절한다. 인간의 유전자를 단순히 읽은 것과 어느 부분이 발현을 조절하는지 밝혀내는 것은 차원이 다른 문제인 것이다. 그러나 지놈 프로젝트 이후 인류가 얻은 성과는 매우 크다. 시간이 지나 몇 백 만원으로 자신의 유전체를 해독할 수 있을 뿐 아니라 난치병의 원인 규명과 치료제들을 개발하는데 유용하게 사용되고 있다.
이 책에서는 생물정보학이 탄생하게 된 계기와 생물정보학이 무엇인지, 그리고 현행 산업과 앞으로 다가올 시대적 흐름에 있어서 생물정보학이 어떤 의미를 가지는지 말해주고 있다. 게놈 프로젝트가 시작되면서 생물정보학이 발전되었고 컴퓨터를 이용해 생물학적 데이터의 해석과 적용을 시도하는 방법까지 확장되었다. 생물정보학을 통한 질병 진단은 바이러스의 유전체 분석에서도 효용을 발휘한다. 2016년 전 세계를 강타했던 지카 바이러스와 향후 유행이 예상되는 뎅기 바이러스는 동일한 플라비바이러스 속으로 증상은 유사하나 치료 방법에 있어서 상당한 차이를 보인다.
바이오 파이썬으로 만나는 생물정보학
독후감 , 독서 , 수행평가 , 바이오파이썬으로 만나는 생물정보학
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