New preparation of PM2 phage DNA by PEG(Polyethylene glycol)

소개

New preparation of PM2 phage DNA by PEG(Polyethylene glycol)

목차

ABSTRACT
INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
1. Strain and maintenance
2. Culture conditions for phage infection and labeling
2-1. Seeding
2-2. Phage typing
3. Titration of phage
3-1. pfu (plaque forming unit) plaque assay
3-2. MOI (multiplicity of infection) test
4. Purification of PM2 DNA by PEG
RESULTS
1. Growth characteristics of Pseudoalteromonas espejiana
2. phage typing
3. pfu plaque assay
4. MOI test
5. purification yields by ultracentrifugation and PEG
DISCUSSION
REFERENCES
AKNOWLEDGEMENTS

본문내용

ABSTRACT
PM2 bacteriophage는 genome으로 double-stranded DNA를 가지고 있고 endonuclease assay에 sole source가 되는 중요한 phage이다. 이번 논문에서는 host와 PM2를 각각 준비해 효과적인 lysis가 일어나는지를 확인하고 그렇게 해서 얻어진 host의 single colony로부터 cell을 키워 일정 농도에서의 PFU(plaque forming unit)를 계산하고 MOI값을 얻는 준비과정을 통한 PEG(polyethlene glycol 8000)을 이용하여 DNA를 purify하는 것을 목적으로 한다. 일반적으로 phage DNA를 얻기 위해 ultracentrifugation을 이용하지만 이 방법은 적어도 4일이나 소요된다. 반면, PEG를 이용하면 좀 더 빠르고 효과적으로 DNA purification을 할 수 있다. 이 방법을 통해서 PM2 DNA yield를 약 31.2%에서 45.2% 까지 증가시켰으며 nick도 17.1%에서 13.1% 로 감소하는 것을 알 수 있었다.
INTRODUCTION
♦ PM2 phage
alteromonas phage로서 PM2 family(group)는 corticoviridae genera는 corticovirus에 속한다. virion structure로 lipid component를 포함한다는 다른 phage에 비해 독특한 특징이 있다. 또한 highly supercoiled circular double-stranded DNA를 가지고 있다.
bacterial plasmid에서 종종 발견되는 RNA primer를 가지고 있지 않아서 alkali denatured endonuclease essay 의 substrate DNA로 이용된다.

참고자료

· David L.Nelson, Michael M. Cox, Princeples of Biochemistry(3rd edition), p.601, 805, WORTH
· Gene Cloning
· Physical Chemistry
· http://biotech.tec.nh.us/BT210/tutorial2.html
· Brewer G.J. 1979 In vivo assembly of a biological membrane of defined size, shape, and lipid composition. J. Virol. 30:875-882
· Espejo R.T. and Canelo E.S. 1968. and characterization of the host bacterium of bacteriophage PM2. J. Bacteriol 95:1887-1891
· Espejo R.T. and Sinsheimer R.L. 1969 DNA of bacteriophage PM2: a closed circular double-stranded molecule. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 63: 1164-1168
· Gauthier G., Gauthier M. and Christen R. 1995. Phylogenetic analysis of the genera Alteromonas, Shewanella, and Moritella using genes coding for small-subunit tRNA sequences and division of the genus Alteromonas into two genera Alt
· Gille J.J.P. Wientjes N.M., Lafleur M.V.M., Joerje H. and Retel J. 19