[세포생물학]Electrophoresis of gemnomic DNA

소개

전기영동의 종류 특징 및 전기영동에 의한
DNA의 농도 확인

목차

Introduction

① 전기영동 (Electrophoresis)
② 핵산 전기영동에 영향을 주는 인자
③전기영동의 종류
Materials
Method
Result
Discussion
*References*

본문내용

이번실험은 DNA를 전기영동시켜 농도를 알아보는 실험 이였다.
Agarose gel의 농도는 0.8%로 맞춰주어서 전기영동을 했다. Agarose gel이 굳으면 electrophoresis kit 에 gel을 넣어 0.5X TBE buffer에 충분히 잠기도록 한다. 여기서 들어가는 buffer의 종류는 TPE, TBE, TAE buffer가 존재한다. 일반적인 특징을 보면 TAE 는 resolution이 좋으나 capacity가 적고, TPE나 TBE의 경우는 resolution 이나 capacity 양면에서 좋은 편에 속한다. 0.5X TBE buffer는 완충작용을 위해 사용한다.
6× loading buffer는 sucrose성분이 있어서 DNA에 무게감을 주고 전기영동한 후 발색을 하여 눈으로 관찰할 수 있게 한다. 6× loading buffer는 DNA를 염색시키는 것은 아니고 단지 DNA와 염색약을 섞어준 것이다.
6× loading buffer를 적당량 덜어 놓고 피펫으로 딴 DNA를 천천히 섞어준다. 만들어 놓은 gel에 홈을 찾아서 미리 피펫으로 깊이를 확인한 후에 6× loading buffer와 섞어준 DNA를 넣어준다. 아무처리도 하지 않고 DNA를 볼 수 없기 때문에 EtBr을 처리해주는데 EtBr을 넣는 방법은 두가지방법이 있다. gel을 EtBr에 담그거나 gel을 만들 때 EtBr을 넣어서 만드는 방법이 있는데 우리는 후자를 사용했다. EtBr는 DNA에 이중나선에 삽입되어 UV에 노출시 형광을 나타내는 물질로 이를 통해 DNA의 위치확인 및 정량을 할 수 있다.(DNA와 붙어있을 때와 그렇지 않을 때의 UV에 대한 fluorecence의 life time의 차이가 있기 때문)
gel의 홈에 DNA를 넣고 전기영동하려면 버퍼에 충분히 잠기도록 넣어주어야 전류가 잘 통하여 전기영동이 잘 이루어진다. 우리는 genomic DNA말고도 plasmid DNA와 marker를 같이 전기영동 해줬다. plasmid DNA는 환형구조의 DNA로 유형에 따라 이동속도가 달라질 수 있다. 한 플라스미드는 대부분 슈퍼코일인 이중나선이 더 꼬여있는 형태로 존재한다. 이런 DNA가 전기영동이 가능한 이유는 DNA의 구조가 약간 음전하를 띠고 있기 때문이다. DNA가 음전하를 가지는 이유는 DNA를 구성하는 인자중 하나인 인산이 음전하를 가지기 때문이다.

참고자료

· 1) James,D,watson 저, 고상권외 13인역, 1991, 유전자의 분자생물학(4), 탐구당, pp.356~pp.360
· 2) 카이지 에이지 저, 정해영 역, 2001, 신분자유전학, 신일상사, pp.215~217