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서울대학교 물리분석실험 FRET 결과 보고서

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최초등록일 2025.07.18 최종저작일 2024.05
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서울대학교 물리분석실험 FRET 결과 보고서
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    • 🧬 생명과학 연구의 핵심 기술인 FRET 현상을 상세히 설명
    • 📊 실험 결과와 데이터 분석 과정을 체계적으로 제시

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    목차

    1. Abstract
    2. Introduction
    3. Results
    4. Discussion
    5. Assignment
    6. Reference

    본문내용

    Abstract
    본 실험에서는 FRET현상을 확인하고, FRET donor와 acceptor 사이의 거리에 따른 FRET 효율과 lifetime의 변화를 정량적으로 측정한다. FRET(Förster Resonance Energy Transfer)은 들뜬 상태의 형광 물질(donor dye)의 에너지가 다른 형광 물질(acceptor dye)로 전이된 후, 에너지를 얻은 형광 물질에서 형광 방출이 나타나는 현상이다.[1] 본 실험에서는 FRET 현상의 유무에 따른 형광 방출의 차이와, 두 형광 물질의 거리에 따른 형광 효율 및 lifetime의 변화를 확인하고자 했다. 이를 위해 donor인 Cy3만 표지된 ssDNA, Cy3과 acceptor인 Cy5가 표지된 dsDNA, Cy3과 Cy5의 거리가 더 긴 dsDNA의 형광 스펙트럼과 intensity decay를 측정했다. 실험 결과, Cy3만 있는 ssDNA의 형광 스펙트럼에서는 하나의 peak만 나타났지만, Cy5가 함께 존재하는 경우 두 개의 peak가 나타났다. 또한, 형광 물질의 거리가 가까울수록 형광 스펙트럼에서 peak intensity가 크고 lifetime이 짧았다. FRET이 나타나는 경우의 lifetime을 통해 Cy3와 Cy5의 거리가 가까운 경우 형광 효율이 0.386이고 둘의 거리가 먼 경우 0.119임을 얻었다.

    Introduction
    형광(fluorescence)은 화합물이 빛 에너지를 흡수한 후 들뜬 상태에서 바닥 상태로 전자전이가 일어나는 과정에서 빛을 방출하는 현상이다. 물질이 빛을 흡수한 후에는 진동 모드를 갖지만, relaxation에 의해 바닥의 진동 상태로 이동한 후 형광 방출이 일어난다. 형광을 측정하는 방식은 일정 상태 측정과 시간 분해 측정 두 가지로 분류할 수 있다.

    참고자료

    · Helms V. Fluorescence Resonance Energy Transfer, Wiley-VCH, 2008.
    · Valeur, Bernard; Berberan-Santos, Mario. Molecular Fluorescnece: Principles and applications, Wiley-VCH, 2012.
    · Helms V. Fluorescence Resonance Energy Transfer, Wiley-VCH, 2008.
    · Hussain, Syed Arshad. An Introduction to Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET). Science Journal of Physics. 2009, 132
    · Daniel C. Harris; Charles A. Lucy Quantitative Chemical Analysis, (10th ed.); 자유아카데미, 2021;pp 512-513
    · Gauglitz, G.; Vo-Dinh, T. Handbook of spectroscopy, Wiley-VCH, 2009.
    · Mandelkern M.; Elias J. G.; Eden D.; Crothers D. M. The dimensions of DNA in solution. Journal of Molecular Biology. 1981, 152 (1), 153-161
    · Ling Jiang; Zhehao Xiong; Yang Song; Yanrong Lu; Younan Chen; Jerome S. Shultz; Jun Li; Jiayu Liao. Protein-Protein Affinity Determination by Quantitative FRET Quenching. Scientific Reports. 2019, 9 (2050)
  • AI와 토픽 톺아보기

    • 1. FRET(Förster Resonance Energy Transfer)
      FRET는 분자 수준의 거리 측정과 상호작용 연구에 매우 강력한 도구입니다. 두 형광 물질 사이의 비방사성 에너지 전달 메커니즘을 이용하여 나노미터 규모의 거리를 정확하게 측정할 수 있다는 점이 특히 가치있습니다. 생물학적 시스템에서 단백질 상호작용, 구조 변화, 동역학 연구에 광범위하게 적용되고 있으며, 기술의 민감도와 특이성이 우수합니다. 다만 FRET 효율 계산에 필요한 여러 파라미터들의 정확한 결정이 도전과제이며, 복잡한 생물학적 환경에서의 배경 신호 제거도 중요한 고려사항입니다.
    • 2. 형광 스펙트럼 및 Lifetime 측정
      형광 스펙트럼과 lifetime 측정은 형광 분자의 특성을 이해하는 기본적이면서도 필수적인 기술입니다. 스펙트럼 분석을 통해 여기 및 방출 파장을 정확히 파악할 수 있고, lifetime 측정은 형광 물질의 환경 민감도와 상태 변화를 감지하는 데 매우 유용합니다. 시간 분해 형광(time-resolved fluorescence) 기술의 발전으로 더욱 정교한 측정이 가능해졌습니다. 다만 측정 장비의 고가성과 복잡한 데이터 해석이 필요하며, 광표백(photobleaching)과 같은 실험적 제약을 극복해야 합니다.
    • 3. 거리에 따른 FRET 효율 변화
      FRET 효율의 거리 의존성은 FRET 기술의 핵심 원리이며, 1/R⁶ 관계식으로 표현되는 이 특성은 매우 민감한 거리 측정을 가능하게 합니다. 특히 1-10 나노미터 범위에서 뛰어난 분해능을 제공하여 생물분자의 미세한 구조 변화를 감지할 수 있습니다. 이러한 비선형 관계는 작은 거리 변화도 큰 신호 변화로 증폭되어 감지되므로 매우 효율적입니다. 그러나 Förster distance의 정확한 결정과 거리 계산의 정확성을 위해서는 여러 가정과 보정이 필요하며, 실제 생물학적 환경에서의 복잡한 상호작용을 완전히 반영하기 어려운 측면이 있습니다.
    • 4. DNA 구조와 형광 물질 배치
      DNA 구조 연구에서 형광 물질의 전략적 배치는 FRET 기반 분석의 성공을 결정하는 중요한 요소입니다. DNA의 이중나선 구조와 염기 서열을 고려하여 donor와 acceptor를 정확히 위치시키면, DNA의 구조 변화, 단백질 결합, 효소 활동 등을 실시간으로 모니터링할 수 있습니다. 특히 DNA 나노기술과 결합하면 매우 정교한 바이오센서 개발이 가능합니다. 다만 형광 물질의 삽입이 DNA의 자연적 구조와 기능을 방해할 수 있으며, 최적의 배치 위치 결정을 위한 사전 설계와 검증이 필수적입니다.
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