생화학 논문분석

소개

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목차

1. 이 논문을 선택한 이유
2. Abstract
3. Introduction
4. Results and Discussion

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본문내용

-이 논문을 선택한 이유: probiotics와 prebiotics를 합한 synbiotics에 관심을 가지고 있었는데 이를 발전시키기 위해서는 glycan에 대한 연구가 더 필요하다는 것을 알게 되었다. 관련 논문을 찾던 도중 Bacteroidetes가 여러 효소의 조합을 이용하여 glycan을 분해한다는 내용의 논문을 발견하고 선택하게 되었다.

Abstract
단백질과 달리, glycan사슬은 DNA에 의해 직접적으로 코딩되지 않고, 그들을 합성하는 효소의 특이성에 의해 코딩된다. Bacteroidetes 문 박테리아는 다당류의 일차 분해제로 간주 되며 조사 한 모든 생태계에서 발견된다. Bacteroidetes genome에서, 탄수화물 분해 효소(CAZymes)는 polysaccharide utilization loci(PULs)라고 불리는 유전자 클러스터에 배열되어있다. Bacteroidetes PULs에 의한 complex glycan의 depolymerization에는 맞춤형 효소가 필요하다. 반대로, PULs의 효소 조성은 표적 glycan의 구조에 대한 정보를 제공 할 수 있다. 여기에 CAZyme 조성에 따라 964개의 Bacteroidetes genome으로 인코딩된 13,537개의 PUL을 그룹화하면 Bacteroidetes가 glycan 분해를 위해 수천 개의 효소 조합을 정교하게 만들었다는 사실을 발견했다. 이는 이론적인 것보다 훨씬 작은 glycan 구조의 다양성에 대한 세계적 평가를 제시한다.

<중 략>

Results and Discussion
Data selection
우리는 먼저 인코딩된 단백질 카테고리 내용에 따라 PULDB에 나열된 30,951 개의 susC / D 함유 유전자좌 (이 용어는 CAZymes가 있거나없는 susC-susD 유전자 쌍 주위의 모든 유전자 그룹을 지정함)를 분류하였다(Fig. 2a). 3,317 개의 좌위는 인접한 susC 및 susD 유전자가 없는 정식 PUL 구성을 따르지 않았기 때문에 거부되었다.

참고자료

· https://www.nature.com/articles/s41467-019-10068-5#Sec2, Article | Open | Published: 03 May 2019
· http://www.cazy.org/PULDB
· https://doi.org/10.1093/nar/gkx1022