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Bioinformatics Problem Set2

"Bioinformatics Problem Set2"에 대한 내용입니다.
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최초등록일 2013.07.14 최종저작일 2010.08
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Bioinformatics Problem Set2
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    본문내용

    (P1)
    - Amino acid frequency for soluble proteins
    There are 330446 amino acids in the total protein sequence.
    The amino acid A occurs 17696 times, or 5.35518662655926 %
    The amino acid C occurs 4002 times, or 1.2************* %
    The amino acid D occurs 19212 times, or 5.8************* %
    The amino acid E occurs 20934 times, or 6.33507441457908 %
    The amino acid F occurs 15366 times, or 4.6500789841608 %
    The amino acid G occurs 16931 times, or 5.1************* %
    The amino acid H occurs 7498 times, or 2.26905455051657 %

    <중 략>

    P6의 경우, Weblogo를 이용하여 information contents를 graphically representation 하였다. Height의 크기는 그 지점에서의 sequence conservation 정도를 나타낸다. P7은 여기서 더 나아가, enoLogo에서 쓰이는 relative entropy equation를 이용하여, 해당 genomic seq의 background GC content를 고려하여 graphically representation 하였다. GC content가 낮을수록 GC가 conserved 된 seq가 발견된다면 보다 중요한 정보가 있다고 유추할 수 있기 때문에, 이에 보다 가중치를 주게 되고 이것이 보다 큰 height로 표현된다. 위에서 볼 수 있듯이 GC content가 30%로 내려갈 수록 GC의 크기가 보다 커짐을 알 수 있다. 이에 반해 GC가 70%일 때에는 AT가 보다 중요한 정보이기 때문에 역으로, AT의 크기가 커짐도 관찰할 수 있다.

    참고자료

    · 없음
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