실험5-2.DNA sequencing

소개

열심히 쓴 자료입니다^^*

목차

1. 서론
2. 실험목적
3. 과정
4. 실험결과
5. 고찰
6. 참고문헌

본문내용

1. 서론
1) PCR
PCR은 하나 혹은 많은 DNA 분자 내의 특정한 부분을 선택적으로 시험관 내에서 빠르게 증폭시킬 수 있는 기술이다. PCR은 세 단계의 과정을 반복시켜 동일한 DNA 분자 수를 급격하게 증가시킨다. 첫 단계에서는 반응 혼합물의 DNA 가닥을 분리하기 위해 매우 높은 온도를 처리한다. 두 번째 단계에서는 목적 DNA의 양쪽 말단에 상보적인 서열을 가지는 짧은 단일가닥의 DNA primer를 첨가한다. 이 때 primer가 잘 결합할 수 있도록 낮은 온도를 처리한다. 세 번째 단계에서는 열에 안정적인 DNA 중합효소가 각각의 primer 말단에 뉴클레오티드를 첨가해준다. PCR은 속도가 빠를 뿐 아니라 특이성도 높다. 처음 DNA의 양이 적거나 부분적으로 분해된 상태라 할지라도 원하는 DNA의 증폭이 가능하다. 이러한 높은 특이성은 primer의 사용에 있다. 세 번째 순환 후에 DNA의 분자의 1/4은 표적 서열과 정확히 일치한다. 각각의 순환 과정이 성공적이면 정확한 길이를 가지는 분자의 수는 두 배가 되며, 순환 과정이 반복되면서 그 수가 크게 증가한다. 30번째 순환 반응 후에는 99.99% 분자들이 표적 서열 분자와 일치한다.

<중 략>

5. 고찰
비교적 이번 실험은 인터넷만 이용하면 되는 것이어서 수월했다. blast 결과 빨간선 부분이 나타내는 의미는 전체 500bp 짜리 선으로, 유사한 지역의 길이를 나타내 주는 것이다. 중첩이 많이 되어야 믿을 만한 data로, coverage는 겹치는 부분(일치하는 부분)을 나타내는 비율로, 다 합쳐서 90% 이상 유사하고 Max identity 값과 coverage 부분의 값이 높을수록 신뢰할만한 데이터이다. DNA 시퀀스 결과 blast 한 결과 Paracoccus sp. 205, Paracoccus sp. RA39, Paracoccus sp. DWN116, Paracoccus sp. EFM75, Paracoccus sp. DEM33 등 Paracoccus 속들이 우세를 보였고, uncultured 종들이 다른 사람들은 많이 나왔다고 해서 Paracoccus 속이라도 나온 것이 다행이구나 좋아했는데, 실제적으로 종들을 검색해보니 많은 자료가 나오지 않았다. 이것은 아마도 신종들이 많은 것 같았다. 속 자체가 아직 분류되어지지 않은 종들이 많았으며, 주로 탈질화과정이나 토양 속에서 살고 있는 몇몇 종들 빼놓고는 결과가 없었다.

참고자료

· http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
· http://en.wikipedia.org/wiki/Paracoccus
· http://www.bacterio.cict.fr/p/paracoccus.html
· http://ww2.eanswer.com/uploads/commissure/2012-05-21_205735_paracoccus_marcusii.pdf -참고인용논문