DNA sequencing

소개

한 학기 동안 실험해서 얻어낸 DNA를 회사에 의뢰하여 sequence를 얻고, 이를 여러 프로그램을 활용하여 확인하는 실험보고서

목차

1. abstract
2. introduction
3. material & method
4. result
5. discussion
6. reference

본문내용

Abstract
이번 실험은 한 학기 동안 실험해서 얻어낸 DNA를 회사에 의뢰하여 sequence를 얻고, 이를 여러 프로그램을 활용하여 확인하는 것이다. DNA는 실험1부터 11까지의 과정으로 준비하였으며, 코스모社에 sequencing을 의뢰하였다. 회사에서 받은 sequence를 확인하기 위하여 Finch TV를 비롯한 여러 프로그램과 NCBI 및 encyclon 등의 다양한 웹사이트를 활용하였다. 확인 결과, 얻은 sequence는 Arabidopsis thaliana의 gene임을 알 수 있으며, 앞 뒤 부분에 linker가 존재하고, translation이 시작되는 start codon 부분이 잘못 읽힌 것도 알 수 있었다. 또한 전체 실험 과정 상의 에러를 배제하고 결과를 예상해 봤을 때 이 유전자는 5’ UTR과 3’ UTR, 5개의 Exon 및 4개의 Intron을 가지고 있다는 것도 확인 할 수 있었다. 이 결과는 DNA를 준비하는 과정 상의 에러가 많았을 뿐만 아니라, sequencing을 하는 과정에서도 peak가 깨끗하게 나오지 않는 등의 에러도 있었음을 시사해준다.

Introduction
분자생물학 실험 중 DNA의 염기서열을 밝히는 것은 매우 중요한 일이다. 염기서열을 결정하는 방법에는 두 가지가 있는데 Maxam과 Gilbert가 개발한 화학반응을 이용한 방법(1977, 1980)은 화학제를 이용하여 DNA 내의 특정 염기부위를 절단하여 그 조각을 분석하는 방법이고, Sanger가 개발한 효소반응을 이용한 방법(1982)은 dideoxyribonucleotides를 이용하여 분석하는 방법이다.
Maxam 과 Gilbert의 화학적 방법을 이용한 DNA 염기서열을 결정하는 방법에서는 원래 DNA의 특정 염기 위치에 따라 다른 길이의 DNA 조각이 생기게 된다. 한 쪽 말단에 방사성 동위원소로 표시된 DNA 조각을 각 염기에 특이적인 5 가지의 화학반응을 통하여 부분적으로 절단한다. 이 반응을 이용하면 표시된 부위에서 화학적으로 절단된 5 종류의 표시된 oligonucleotide가 생긴다

참고자료

· 1. Sambrook J. and D. W. Russell, Molecular Cloning: A laboratory manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, U.S.A, Chap.12
· 2. www.encyclon.net
· 3. www.ncbi.nlm.nih.gov
· 4. genome.cs.mtu.edu/align/align.html
· 5. br.expasy.org/tools/dna.html
· 6. www.arabidopsis.org