분자시계와 upgma

소개

분자시계:발견,측정,용도,문제점
upgma:가중치가 부과되지 않는 쌍은 산수 평균을 가진 방법

목차

○ 수리분류적 형질과 유사성
○ 송이 분석 (집괴분석)
Molecular clock(분자시계)
○ 분자시계의 이른 발견 및 유전 equidistance
○ 구경측정

본문내용

UPGMA
UPGMA는 (가중치가 부과되지 않는 쌍은 산수 평균을 가진 방법, 일컬어 평균 결합 방법을 분류한다) 계통 발생 나무의 창조에 bioinformatics에서 사용된 간단한 집괴성 상향식 자료 밀집하는 방법이다. UPGMA는 이 가정이 사용되는 자료 집합을 위해 시험되고 정당화되면 않는 한 발전 (분자 시계 가설)의 일정한 비율을 추측하고, 계통 발생 나무 추정을 위한 well-regarded 방법이 아니다. UPGMA는 단백질 전기 이동법 학문에 있는 사용을 위해 처음에 디자인되고, 그러나 더 정교한 계통 발생 개조 산법을 위한 가이드 나무를 생성하기 위하여 지금 자주 사용한다.
산법은 거리 모체에서 존재하는 그 때 뿌리박은 나무 (dendrogram)를 건설하기 위하여 구조를 짝으로 시험한다.
각 단계에, 가장 가까운 2개의 송이는 상급 수준 송이로 결합된다. 2개의 송이 A와 B 사이 거리는 B 의 각 송이의 성분 사이 i.e, 비열한 거리에서 A 그리고 "y"에서 목표 "x"의 쌍 사이 모든 거리의 평균이기 위하여 가지고 간다:

가중치가 부과되지 않는 쌍은 산수적인 산법 비가중산술결합은 multiple data의 정성적 결과를 기초로하여 data간 그리고 data group간 유사도 비교하는 산술계산식 중의 하나이다. 보통 수리학적 분류체계에서 종간 유사성을 비교할 때 사용되지만 가중치를 부여하고 있지 않기 때문에 가중치의 차이를 보이는 sample의 비교에서는 신뢰도가 감소된다는 단점도 갖고 있다.
○ 수리분류적 형질과 유사성
수리분류의 원칙은 자연성과 일반성에 입각한 생물의 모든 형질을 분류에 고려하며 모든 형질은 동일한 중요도를 지나고 수량화와 평준화를 통하여 상호 유사성을 측정하게 된다.

●분류적 형질의 단위
단위형질 : 논리적으로 더 이상 나눌 수 없는 상태의 형질
운영분류단위 (OTU : operational taxonomic unit) : 수량화를 위한 인위적 단위

참고자료

· http://ks.hmall.com/pf/top/qa_detail?eid=065Py
· http://microbes.tistory.com/6
· http://cs.unc.edu/~plaisted/ce/clock.html