최대가능도와 베이즈 붓스트랩 방법을 이용한 생물계통수 추정 (Estimation of Phylogenetic Relationships using Bootstrap of Maximum Likelihood and Bayesian Analysis)

서지정보

· 발행기관 : 한국자료분석학회
· 수록지 정보 : Journal of The Korean Data Analysis Society / 12권 / 4호 / 2037 ~ 2046페이지
· 저자명 : 김명숙, 이정형

초록

다양한 분류군들의 계통학적 유연관계를 보여주는 생물계통수의 추정에 있어서 신뢰도를 평가하는 것은 매우 중요하다. 비교 분류군의 수에 따라서 증가하는 수 많은 계통수의 확실성을 평가하는 한 가지 방법으로 붓스트랩이 있다. 붓스트랩은 DNA 자료를 무작위로 반복 추출하여 원래의 자료행렬을 재분석하는 방법이다. 본 논문은 붓스트래핑이 생물계통수의 특정 절 또는 분지에서 단계통성을 어느 정도로 나타내는지 알아보기 위하여, 최대가능도(maximum likelihood: ML)와 Bayes 분석법에서 생물계통의 추정과 가설검정을 위해 사용되었던 BT 방법의 효율성에 대해 살펴보았다. 구체적인 대상 분류군은 홍조류 Gracilaria 45종의 rbcL 염기서열 자료를 이용하였고, ML과 Bayes BT 계통수 추정을 위한 분자진화 모형은 GTR+I+GAMMA이 선택되었다. 홍조류 Gracilaria 속의 생물계통수를 추정한 결과 G. pavispora와 G. textorii의 분지형태가 다른 점을 제외한 나머지 Gracilaria textorii, Gracilaria vermiculophylla, Gracilariopsis chorda 등은 BT 신뢰도 100의 단계통군으로 나타나 기존의 연구 결과와 일치하며, 또한 Gracilaria chorda가 Gracilariopsis chorda로 재분류되어짐을 확인할 수 있었다.

영어초록

It is very important to evaluate a reliability of phylogenetic relationships among diverse taxa in the estimation of phylogeny. Bootstrapping(BT) is a method for certainty of phylogeny which is retested within existing data matrix in random sampling by repetition from DNA sequence data. In this paper, to confirm monophyletic clade in phylogeny using bootstrap, we examine an efficiency of bootstrap method used maximum likelihood(ML) and Bayesian analysis for estimation and hypothesis testing. The materials of rbcL DNA sequences are produced from 45 species of red algal genus Gracilaria and selected GTR+I+GAMMA as a molecular evolutionary model for ML and Bayesian BT. As a result, Gracilaria textorii, Gracilaria pavispora, Gracilaria vermiculophylla and Gracilariopsis chorda are supported a monophyletic clade with 100 credibility of BT. In addition, Gracilaria chorda has to be changed the genus to Gracilariopsis chorda.

참고자료

· 없음