바이오 네트워크에서 단백질 구조의 동역학적 성질 (Dynamical Properties of the Structural Classification of Proteins in Bio-networks)

서지정보

· 발행기관 : 한국물리학회
· 수록지 정보 : 새물리 / 65권 / 9호 / 920 ~ 926페이지
· 저자명 : 민승식, 김경식

초록

본 연구는 주로 단백질 구조에서 아미노산 상호작용의 단백질 네트워크들을 논의한다. 단백질데이터 은행으로부터 컴퓨터 흉내내기를 통하여 단백질사이의 10 Å보다 짧은 거리내에서 네트워크들의 위상적 성질과 통계적 특성들을 수치적으로 분석한다. 따라서 네트워크의 형성 결과로부터 주로 네트워크들의 평균최단경로길이, 평균결집계수, 유사성계수, 모듈화, 전구효율성 및 지역효율성에 대한 계량적인 값들을 구하였다. 우리의 결과로부터 단백질 네트워크들의 구조적인 성질은 좁은 세상의 특징을 가지며, 단백질들의 유사성계수는 일반적인 경우와 유사하게 높은 연결선수를 갖는 노드에 대해서 양수의 값으로 주어짐을 발견하였다. 특히 단백질들의 모듈화는 노드의 값에 따라서 현저히 증가함을 보였다.

영어초록

The complex network of interacting amino acids is studied in the structural classification of proteins. For our case, we present the status of numerical simulations and analyses relevant to the topological properties of networks. We mainly estimate the networkïs metrics, such as the average shortest path length, average clustering coefficient, assortative coefficient, modularity, local efficiency, and global efficiency, in a biological network. From our results, protein networks are shown to have a small-world feature regardless of their structural class. The proteins are particularly found to have a positive assortative coefficient that when applied to the topological property is described as a tendency for connectivity of high-degree nodes. The modularity of the proteins among the network’s metrics is a significantly increasing function of nodes (N).

참고자료

· 없음