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유전자와 유전자 활성 연구를 위한 분자도구2025.01.181. 서던블롯 서던블롯은 특정 DNA 절편을 동정하는 데 사용되는 기술입니다. 이 방법은 genomic DNA를 제한효소로 자른 후 아가로스 겔 전기영동을 통해 크기별로 분리합니다. 그리고 DNA를 변성시켜 nitrocellulose 또는 nylon 멤브레인으로 이동시킵니다. 이렇게 이동된 DNA는 방사선 동위원소나 비방사선 물질로 표지된 DNA 또는 RNA 탐침과 하이브리다이제이션되어 자기방사법 등을 통해 검출됩니다. 이 기술은 genomic DNA뿐만 아니라 plasmid, cosmid, bacteriophage 등의 분석에도 ...2025.01.18
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생물정보학을 활용한 유전자 서열 분석2025.01.041. 생물정보학 생물정보학은 생물학 분야의 해석을 통계학과 컴퓨터 시스템의 도움을 받아 생물학적 데이터를 이용하여 유전자를 해석하고 기능을 유추해내는 작업을 하는 학문입니다. NCBI는 생물학의 구글이라고 볼 수 있는 국립 생물 공학 정보센터로, 온라인으로 유전자나 단백질 서열을 검색할 수 있습니다. BLAST는 연구 과정에서 얻은 아미노산 서열이나 DNA 염기 서열을 데이터베이스와 비교하는 알고리즘입니다. BLOSUM은 단백질 간 서열의 유사성을 확인할 때 사용하는 도구로, 아미노산 간 치환 확률을 나타내는 행렬입니다. 이를 통해...2025.01.04
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Lewin's Essential GENES 분자생물학 4판 정리노트 03. 분단된 유전자2025.05.101. Exon과 Intron Exon은 단백질 암호화 부위(coding region)이며, Intron은 noncoding region으로 RNA splicing 과정에서 제거됩니다. Exon의 순서는 DNA와 RNA 모두 동일합니다. 2. 분단된 유전자의 구조 분단된 유전자는 Exon과 Intron으로 구성되어 있습니다. Intron은 mRNA와 hybridization되지 않고 loop가 형성됩니다. 단백질 서열의 변화에 직접적으로 영향을 미치는 돌연변이는 Exon에서 일어납니다. 3. Exon과 Intron의 진화 Exon 서...2025.05.10
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레닌저 생화학 정리노트 Ch03. 아미노산 펩타이드 단백질2025.05.101. 아미노산 아미노산은 아미노기와 카복실기를 포함하고 있으며 두 작용기는 a-carbon에 의하여 연결됩니다. a-carbon은 4개의 치환기(substitunents)를 가지기 때문에 사면체(tetrahedral)이며 손대칭 중심(chiral center)입니다. 아미노산은 R기의 특성에 따라 5가지 기본 그룹으로 나뉘어질 수 있습니다: 비극성 지방족, 방향족, 극성 비전하, 양전하, 음전하. 아미노산은 최소 2개의 이온화 가능한 양성자를 가지고 각각의 pKa 값을 가지며, 화학적 환경이 pKa에 영향을 줍니다. 아미노산은 낮은...2025.05.10
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단백질의 정성분석 실험 보고서2025.01.171. 단백질 정성분석 이 실험은 단백질의 정성분석을 위해 Biuret Test, 단백질 변성에 의한 침전반응, 단백질 유황반응, Xanthoprotein Test 등을 수행하였다. Biuret Test는 단백질이 Cu이온과 결합하여 청자색을 나타내는 반응이며, 단백질 변성에 의한 침전반응은 질산과 포화소금용액이 단백질 응고를 유도하는 반응이다. 유황반응은 단백질 내 시스틴 함유 여부를 확인하는 반응이고, Xanthoprotein 반응은 단백질 내 방향족 아미노산이 질산에 의해 니트로화되어 황색으로 변하는 반응이다. 이러한 정성분석 ...2025.01.17
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서울대학교, 화학실험, 만점, A+, 펩타이드 질량분석 결과보고서2025.01.291. MALDI-TOF 펩타이드 질량분석 본 실험에서는 trypsin으로 가수분해한 단백질 샘플을 MALDI-TOF MS로 분석하여, 미지의 샘플이 lysozyme, BSA, ovalbumin 중 어떤 단백질에 해당하는지 알아내고자 하였다. 실험 결과, 미지의 단백질은 BSA로 확인되었으며, MALDI-TOF MS 데이터 분석 시 peptide coverage, miscleavage, 신호 대비 잡음 비율(S/N) 등을 고려하여 정확도를 높이는 것이 중요함을 알 수 있었다. 2. 펩타이드 질량지문(PMF) 단백질을 trypsin으로...2025.01.29
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[A+ 보장!] 연세대 의대 의예과 1학년 General Biology 실험 레포트 Protein quantificaiton2025.01.141. 단백질 구조와 기능 단백질은 생체 내에서 다양한 기능을 수행하며, 아미노산으로 구성되어 있다. 단백질의 1차 구조는 아미노산이 펩타이드 결합으로 연결된 폴리펩타이드의 사슬이며, 2차 구조는 폴리펩타이드의 펩타이드 결합 사이의 수소 결합으로 인해 형성되는 α 나선구조와 β 병풍구조를 의미한다. 단백질의 3차 구조는 폴리펩타이드의 3차원 형태를 의미하며, 곁사슬 사이의 다양한 결합이 이를 결정한다. 마지막으로 단백질의 4차 구조는 두 개 이상의 폴리펩타이드로 구성된다. 2. Bradford assay Bradford assay는 ...2025.01.14
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서강대학교 일반생물학실험1 실험 6. GFP 단백질과 단백질 정량 (Protein Measurements)2025.01.021. 단백질 정량 방법 실험에서는 Lowry assay와 Extinction coefficient assay 두 가지 단백질 정량 방법을 사용하여 EGFP의 질량농도를 측정하였다. Lowry assay는 Biuret reaction과 Folin reaction을 거쳐 750nm에서 흡광도를 측정하고 BSA 표준곡선을 이용하여 EGFP 농도를 계산하였다. Extinction coefficient assay는 EGFP의 몰흡광계수와 Lambert-Beer's Law를 이용하여 488nm에서 EGFP 농도를 직접 계산하였다. 두 방법의 ...2025.01.02
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생화학 실험 보고서 - 전기영동을 통한 단백질 관찰 (SDS-PAGE)2025.01.271. 단백질 분리 및 분석 이번 실험에서는 SDS-PAGE를 사용하여 단백질을 분리하고 관찰하였습니다. SDS-PAGE는 단백질의 크기에 따라 분리되는 원리를 이용하는 전기영동 방법입니다. 실험 결과 MCF-7 세포에서 추출한 단백질 샘플에서 약 45kDa와 60kDa 크기의 단백질이 관찰되었습니다. 이를 통해 MCF-7 세포에 다양한 크기의 단백질이 존재함을 확인할 수 있었습니다. 2. 전기영동 기술 전기영동은 단백질, 핵산 등 생체 고분자를 분리하고 분석하는 데 널리 사용되는 기술입니다. 이번 실험에서는 SDS-PAGE 기법을 ...2025.01.27
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Peptide 질량분석2025.01.231. 펩타이드 질량분석 단백질은 20종류의 아미노산들이 여러 개 연결된 폴리펩타이드 사슬이며, 펩타이드는 둘 이상의 아미노산이 탈수축합반응을 통해 결합된 것이다. MALDI-TOF 질량분석법은 분석 물질에 자외선을 흡수하는 matrix를 넣고 레이저로 기화시켜 기체상 이온을 만들어 질량/전하수 값을 측정하는 방법이다. 실험에서는 단백질을 트립신으로 가수분해한 펩타이드 용액을 CHCA matrix와 혼합하여 MALDI-TOF 질량분석을 수행하였고, 얻어진 펩타이드 질량지문으로부터 주어진 단백질을 동정하였다. 2. MALDI-TOF 질...2025.01.23
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