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A+ 생화학실험 <5주차. Transformation> 레포트2025.01.201. Competent cell (DH5α) DH5α는 recA1 유전자의 160번 아미노산이 glycine에서 aspartic acid로 변이되는 돌연변이로 인하여 endonuclease의 기능을 상실하고 재조합 효소의 활성을 억제되었다. 이에 삽입된 plasmid DNA가 세포 내에서 안정적으로 유지되고 분해되지 않도록 하여, 높은 transformation efficiency(1×10^8 cfu/μg)를 가진다. 2. Plasmid DNA Plasmid DNA는 박테리아의 chromosomal DNA와 물리적으로 분리되어 있으...2025.01.20
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[A+ 리포트] Ligation & Transformation (분자생물학실험)2025.04.251. Ligation 실험에서는 Vector와 PCR 산물을 Ligation하는 과정을 수행하였습니다. Ligation 시 주의사항으로는 T4 Ligase를 ice에 보관하며 가장 마지막에 첨가하고, 강한 충격을 피하는 것 등이 있습니다. 2. Transformation Transformation 과정에서는 Competent cell(E.coli)에 Ligation 산물을 처리하고 Heat-shock을 주었습니다. Competent cell은 온도에 매우 민감하므로 실험 중 ice 상태를 유지하는 것이 중요합니다. 실험 결과 일부 ...2025.04.25
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미생물학 transformation 형질전환 실험 레포트2025.01.031. Transformation 실험을 통해 plasmid DNA를 competent cell에 도입하여 colony를 관찰함으로써 transformation 과정을 이해할 수 있었다. competent cell은 온도와 충격에 민감하므로 실험 시 주의해서 다뤄야 하며, 배지에 spreading 시 배지가 파이지 않도록 조심해서 다뤄야 한다. 또한 암피실린에 저항성을 가지는 유전자가 competent cell에는 없어서 암피실린이 포함된 배지에서 살아남을 수 없지만, 제대로 transformation이 일어난 세포는 암피실린이 포함...2025.01.03
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11주차_sequencing BL21 transformation2025.05.141. Sanger sequencing Sanger sequencing은 Frederick Sanger에 의해 1977년 개발된 방법으로, 500bp 이하의 DNA 서열을 결정할 때 99.99%의 매우 높은 정확도를 보인다. 이 방법은 DNA polymerase에 의한 DNA 중합 과정 중 template DNA 서열과 상보적인 염기가 결합된다는 성질을 이용하기 때문에 chain termination method 또는 dideoxynucleotide termination method라고 부르기도 한다. Sanger sequencing...2025.05.14
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Chat GPT에 대하여 (이 레포트는 Chat GPT를 활용하여 제작하였습니다)2025.04.301. Chat GPT Chat GPT는 인간과 유사한 텍스트를 생성하도록 설계된 언어 모델의 한 유형입니다. 이것은 OpenAI에 의해 개발되었으며, 주어진 프롬프트 또는 입력에 대해 인간과 같은 응답을 생성할 수 있는 기능을 가지고 있어 언어 번역, 질문 답변 및 챗봇 개발과 같은 자연어 처리 작업에 강력한 도구가 됩니다. Chat GPT는 감독되지 않은 학습 기술을 사용하여 대규모 텍스트 데이터에 대해 사전 훈련되며, 트랜스포머 아키텍처를 사용하여 문장에서 단어 간의 장기적인 의존성과 관계를 포착할 수 있습니다. 2. Chat ...2025.04.30
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DNA ligation, Transformation, Mini-scale preparation of plasmid DNA2025.01.221. DNA ligation DNA ligation은 T4 DNA ligase 효소를 이용하여 DNA 말단을 phosphodiester 결합으로 연결하는 과정이다. 이 과정에서 vector와 insert의 ligation, vector의 self-ligation, insert의 self-ligation 등 세 가지 형태가 나타날 수 있다. 본 실험에서는 HindⅢ와 NdeⅠ로 double-digestion한 vector와 insert를 T4 DNA ligase로 ligation하였다. 2. Transformation ligation...2025.01.22
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DNA Ligation & Transformation, Mini-scale preparation of plasmid DNA Restriction enzyme & Gel electrophoresis2025.01.181. DNA Ligation & Transformation 제한효소를 처리하여 얻어낸 insert DNA를 T4 DNA ligase를 이용하여 vector에 삽입한다. DNA strand의 5'에 존재하는 인산기와 3'에 존재하는 OH기 사이에 phosphodiester bond를 형성하여 ligation하고, ligation product를 competent cell에 형질전환한 다음 plate에 ampicillin resistance에 의해 생성된 colony를 selection한다. 2. Mini-scale preparatio...2025.01.18
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벡터 데이터베이스2025.05.081. 벡터 데이터베이스 벡터 데이터베이스는 복합 비정형 데이터를 효과적이고 효율적으로 저장하고 검색하기 위한 기술입니다. 단어나 문장과 같은 정보를 숫자로 변환하여 숫자와 유사한 것을 찾는 방식의 데이터베이스입니다. 기존 데이터베이스는 텍스트 기반 검색을 사용했지만, 벡터 데이터베이스는 숫자 기반 검색을 사용합니다. 이를 통해 비정형 데이터와 벡터 데이터를 효율적으로 저장할 수 있습니다. 이 기술의 배경에는 뉴럴 네트워크(CNN)의 발달로 복합 비정형 데이터를 정확하게 임베딩하여 숫자(벡터)로 표현할 수 있게 된 것이 있습니다. 예...2025.05.08
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DNA cloning 방법/enzyme, transformation, selection mark/생화학 보고서2025.01.201. DNA cloning 방법 DNA cloning은 타깃 유전자를 박테리아의 게놈에서 잘라내어 plasmid에 삽입하는 과정입니다. 이 과정에서 restriction enzyme을 사용하여 유전자를 자르고, ligase를 사용하여 유전자를 plasmid에 붙입니다. 이렇게 만들어진 recombinant vector는 박테리아에 형질전환되어 증폭됩니다. 형질전환 과정에서는 열처리를 통해 세포막을 열어 plasmid가 들어가게 하며, 항생제 내성 유전자를 선별 마커로 사용하여 형질전환된 세포를 선별합니다. 2. Enzyme 사용 D...2025.01.20
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GPT 매개변수 숫자가 갖는 의미 (GPT parameters)2025.05.081. 대규모 언어 모델(LLM) 대규모 언어 모델(Large Language Model, LLM)은 자연어 처리 및 인공 지능 분야에서 중요한 역할을 하는 기술입니다. LLM은 많은 양의 텍스트 데이터를 학습하여 언어 이해, 생성, 번역 등의 다양한 작업을 수행할 수 있는 능력을 갖추고 있습니다. 이 모델은 주로 딥 러닝 알고리즘과 큰 규모의 컴퓨팅 자원을 사용하여 학습됩니다. 2. GPT 모델 GPT-2, GPT-3, GPT-4는 모두 OpenAI에서 개발한 대규모 언어 모델(LLM)입니다. GPT는 Generative Pre-t...2025.05.08
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