Primer3사이트와 Bioneer사이트를 이용한 Primer제작방법

소개

Primer3사이트와 Bioneer사이트를 이용한 Primer제작방법에 대한 설명입니다.

목차

1-1. Priemr3 사이트 이용 http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi
1-2 Bioneer사이트 이용 http://www.bioneer.co.kr/tools/
1-3 Primer제작시 고려해야 하는 사항
1-4 primer3사이트 관련 용어설명

본문내용

1) Primer의 3’ terminal sequence
- 5’ terminal sequence는 annealing에 그다지 중요한 역할을 하지 않지만 3’ terminal sequence는 PCR product가 extension하는 부위이기 때문에 PCR의 sensitivity와 specificity에 중요한 역할을 한다. 3개 이상의 G or C은 비특이적인 중폭을 야기하기 때문에 피하는 것이 좋다.

- 또한 3’ terminal에 thymidine이 위치하는 것 역시 피하는 것이 좋다. 왜냐하면 thymidine은 올바르지 못한 다른 염기와의 mispairing 가능성이 높기 때문이다.

- primer-primer dimer를 형성 가능성이 있기 때문에 서로 다른 primer의 3’ terminal sequence간 complementarity 가능성도 고려해야 한다.

- PCR을 통해 site-direct mutagenesis를 유도하는 경우 primer내에 template과 mismatch되는 base가 삽입되어 있으므로 template과의 결합력이 떨어진다. 그러므로 3’ terminal sequence에 template과 match되는 부분이 적어도 3개 이상 나열되게끔 primer를 design해야 한다.

- Primer내에 restriction enzyme recognition site를 삽입하는 경우 5’ terminal sequence를 이용하는 것이 좋다.

2) Primer의 secondary structure 형성
- Primer내 self-complementary sequence가 있는지 확인하여 secondary structure를 형성 가능성을 배제하여야 한다. Hairpin과 같은 secondary structure를 형성하게 되면 PCR에 치명적인 영향을 줄 수도 있다.

3) Primer length
- 일반적인 경우 primer size는 18-30mer 가량이 적당하다. Primer 길이가 짧은 경우에는 target sequence외에도 결합할 확률이 높아지기 때문에 specificity가 낮아져 비특이적 증폭이 일어날 수 있다. 하지만 complexity가 낮은 plasmid DNA와 같은 경우에는 다소 짧은 primer도 이용 가능하다

참고자료

· 없음