1. 배아 연구의 문제점
줄기세포는 배아에서 추출한 배아줄기세포와 성숙한 조직이나 기관 속에 들어 있는 성체 줄기세포로 나뉘는데 성체줄기세포는 이미 성숙한 장기에서 추출하기 때문에 다양한 세포계로 분화시키는데 한계가 있기 때문에 배아줄기 세포가 질병치료에 가장 적합한 연구대상이다. 여기서 배아는 수정 순간부터 14일까지의 생명체를 말한다. 배아는 자연적 번식 과정에서는 아직 자궁벽에 착상할 수 없으며 아직도 서로 구별되지 않는 약 100개 정도의 세포로 구성되며, 한 문장 끝의 점보다 더 작다. 그러나 특이한 것은 이 덩어리 속에는 인체의 여러 가지 장기나 조직으로 분화할 수 있는 줄기 세포가 아주 많다는 것이다. 이 줄기 세포를 원하는 방향으로 배양하면 치료용 조직이나 장기를 얻을 수 있는 것이다. 즉, 배아줄기세포의 내배엽은 간, 폐, 위 등으로, 외배엽은 중추신경계, 눈, 머리카락 등으로, 그리고 중배엽은 근육, 뼈, 심장 등으로 성장하는 바, 배아줄기세포는 총 210여 개의 장기로 발달하게 된다. 이러한 배아 줄기 세포를 체외에서 배양하면 세포가 분화하는 과정, 예를 들면 혈액을 형성하는 세포, 신경을 형성하는 세포, 연골을 형성하는 세포 따위를 관찰할 수 있다. 이런 세포 분화 과정에 관한 신비를 풀 수만 있다면 줄기 세포 연구를 통해서 인간의 노화 현상을 고명하고, 백혈병, 파킨스병 등 현대의 난치병을 치료할 수가 있는 것이다. 따라서 여기서 줄기 세포를 추출해 내기 위한 배아 복제와 배아 연구가 문제시되는 것이다.
또한 불임클리닉에서의 불임 부부를 위한 시험관 수정 기술의 발달로 인한 배아 연구 문제도 발생한다. 불임클리닉에서는 시험관에서 인공적으로 수정란을 만들고 며칠간 발달시킨 후 이를 자궁에 이식하는데 이 과정에서 임신의 성공률을 높이기 위해 수정란은 넉넉히 준비되며 따라서 인간배아가 실제 출산에 필요한 것보다 더 많이 만들어지게 된다. 여기서 착상되지 못한 배아를 잉여 배아라 하는데 이는 출산의 목적 이외에 연구 목적으로 사용될 수 있으며 이를 둘러싸고 논쟁이 일어나는 것이다 .게다가 배아는 유전적 질병 유무를 검사하기 위해 시행되는 착상전 산전 진단에도 이용되며 이는 배아를 대상으로 하는 연구의 쉬운 예가 될 수 있다.
우리가 배아 연구를 문제시 하는 것은 그것이 복제된 배아든 불임클리닉의 잉여 배아든 간에 연구 과정에서 배아가 파괴될 수밖에 없기 때문이다. 즉 이는 배아의
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