대학교 생화학 및 실험보고서 - primer design

최초 등록일
2020.03.25
최종 저작일
2017.01
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목차

1. Purpose
2. Materials
3. Method
4. Result
5. Discussion

본문내용

4. Purpose :
1) 특정 DNA를 PCR(중합효소연쇄반응)하는 방법을 이해하고, PCR에 필요한 프라이머를 design하는 방법을 배운다.
2) primer3와 oligoanalyzer를 사용해 PCR 프라이머 디자인을 실습한다.

5. Materials : 본 실험에서는 PCR 실험을 하지 않았으므로 실질적인 material은 없으며, PCR의 실험 material에 필수적인 소재만 기재한다.
PCR 실험 : 컴퓨터, D.W(증류수), Primer, DNA, PCR Machine, 마이크로피펫, 피펫 팁

6. Method :
① 주어진 DNA 혹은 알고자 하는 DNA를 NCBI 검색-Nucleotide 항목으로 확인한다.(본 과제에서는 accession number가 주어진 상태에서 진행했다)
② Nucleotide 결과 중 같은 것을 제외하고 선택한다.
③ 선택한 결과에서 gene 정보, CDS(start와 end 위치)를 파악하고 FASTA 항목을 클릭하여 FASTA sequence 전체를 복사한다,
④ FASTA sequence와 CDS, gene 정보를 primer3plus에 입력하고, General settings를 변경한다.
primer size min18, opt20, max27
primer Tm min55, opt60, max65
primer GC% min40, opt50, max60
나머지는 default 사용과 같다.
⑤ "pick primers"를 눌러 나온 모든 primer set결과를 제출한다.
⑥ 나온 primer set을 가지고 "oligoanalyzer 3.1"를 이용해서 얻은 분석 결과를 제출한다.(length, gc content, melt temp, molecular weight 등)

1) PCR(중합효소연쇄반응) :
이미 알고 있는 특정한 DNA 부위와 특이적으로 결합하는 primer를 만들고, 이를 이용해 반복적으로 합성하여 시험관 내에 얻고자 하는 DNA 분자를 증폭시키는 방법이다.

참고 자료

NCBI Database, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M35160.1?report=genbank
동국대 의생명공학과 의생명생화학및실험 수업자료
녹는온도, 생명과학대사전, 강영희, 생명과학대사전, 2008.

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