[인천대 생명공학실험1 A+] DNA ISOLATION, PCR,16S rRNA gene sequencing & phylogenetic tree analysis 실험결과 보고서

최초 등록일
2019.12.28
최종 저작일
2018.08
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A+를 쉽게 받을 수 있도록 매우 정리가 잘 되어 있는 PCR, DNA isolation, 16S rRNA gene sequencing & phylogenetic tree analysis 실험결과 보고서 입니다.
Primer와 Taq polymerase, PCR, 전기영동, Agarose쓰는 이유, SANGER s equencing, DNA 종류와 크기, D
NA 추출, Phylogenetic tree, 16S rRNA gene, Ribosomal RNA Database 미생물 동정 등에 대한 이론을 포함하고 있습니다.
이론 외에 실험결과와 오차의 원인까지 포함한 고찰 및 결론 또한 체계적으로 꼼꼼히 적혀있습니다.

목차

1. Abstract
2. Information
3. Materials and Methods
4. Result
5. Discussion
6. Conclusion
7. Reference

본문내용

Abstract
이번실험에서는 PCR을 이용해 KIGAM 036 균주의 DNA를 증폭시키고 gDAN전기영동과 16S rRNA gene PCR products를 진행했다. Sanger sequencing method를 통해 염기서열을 분석하고 http://www.ezbiocloud.net/의 Ribosomal RNA Database를 이용해 S. epidermidis 99.93%, S. caprae 99.56%, S. saccharolyticus 99.49%, Staphylococcus capitis subsp. Capitis 99.41%, Staphylococcus capitis subsp. Urealyticus 99.34%의 유사도를 찾았으며 KIGAM 036이 S. epidermidis일 것이라고 유추했다. 이를 바탕으로 Staphylococcus균주의 Phylogenetic tree를 그리고 공인 균주를 (T)로 표기했으며 위에 적힌 균주인 L37602, L37599, AB009935,AB233325와 계통학적으로 유사하다는 것을 확인했다.

Information
PCR: 이번 실험에서는 각 조마다 이름이 밝혀지지 않은 6개의 균주의 DAN를 PCR을 통해 DNA 증폭시키고 염기서열을 얻어 데이터베이스에 대입해 어떤 균지인지 유추한다. Kary B. Mullis가 1985년 개발된 중합효소 연쇄반응이며 미량인 DAN 시료에서 특정영역 DNA를 수시간에 20-50 만배로 증폭가능하다. denaturation, annealing, extension과정으로 되어있음.
Primer와 Taq polymerase: 전세계에서 미생물 동정시 사용하는 primer로 27F와 1492R primer을 사용했으며 27F는 주형가닥의 정방향(5’→3’) DNA을 1492R은 역방향(3’→5’)의 DNA가 합성되는 것을 돕는다.

참고 자료

Dean R. Appling et al., (2017) Biochemistry concepts and connections, Life Science Publishing Co. p21,712,725,742.
REECE et al., (2012) CAMPBELL BIOLOGY Concepts&connections, PEARSON, p42,171,175,195,210
Michael Madgan et al., Brock Biology of Microorganisms, PEARSON, p24.28,104,209,223,224,344- 345,357,359,834

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