질량분석기를 활용한 막 단백질 비교분석: High-speed Centrifuge법과 Reagent-based법 (Mass Spectrometry-based Comparative Analysis of Membrane Protein: High-speed Centrifuge Method Versus Reagent-based Method)

서지정보

· 발행기관 : 대한임상검사과학회
· 수록지 정보 : 대한임상검사과학회지 / 51권 / 1호 / 78 ~ 85페이지
· 저자명 : 이지영, 석애은, 박아름, 문소라, 강희규

초록

막 단백질은 심장질환, 암과 같은 우리 주변에서 흔히 발생하는 질병에 관련되어 있다. 이러한 암과 같은 특정한 질환 상태에서, 막 단백질과 관련된 신호 전달의 비정상은 세포분열을 통제하지 못하고 증가시킬 수 있으며 막 단백질의 발현에 변화가 생긴다. 막 단백질은 지질 이중층으로 이루어진 소수성 환경을 가지고 있어 불안정하기 때문에 막 단백질을 추출해서 연구를 수행하는데 어려움이 있다. 이번 연구에서는 최적화된 막 단백질추출법을 확인하고자 서로 다른 두 가지 추출법의 효율성을 평가하였다. 두 가지 방법으로, high-speed centrifuge법과 reagent법이비교되었다. 비교 분석결과, 미토콘드리아 내막 단백질 분석에는 high-speed centrifuge법이 효율적이고, 소포체막 단백질 분석에는 reagent법이 유용함을 확인하였다. 게다가유전자 온톨로지 소프트웨어를 이용해서 추출된 막 단백질의기능분석을 진행하였을 때, 유전자 온톨로지는 reagent법에서소포체 막 단백질에 연관된 반응이 활성화 되는 것을 확인할 수있었다. 프로세스 네트워크 분석에서, high-speed centrifuge 법에서는 하나의 클러스터를 형성화는 반면, reagent법에서는네 개의 클러스터를 형성하는 것을 시각화하여 확인하였다. 결론적으로, 두 가지 분석법은 서로 다른 하위 막 단백질의 분석에유용함을 확인할 수 있었다. 이러한 결과를 토대로, 막 단백질을분석할 때, 표적의 세부 막 단백질을 고려하여 방법론을 선택하는데 도움을 줄 것으로 기대된다.

영어초록

Membrane proteins are involved in many common diseases, including heart disease and cancer. In various disease states, such as cancer, abnormal signaling pathways that are related to the membrane proteins cause the cells to divide out of control and the expression of membrane proteins can be altered. Membrane proteins have the hydrophobic environment of a lipid bilayer, which makes an analysis of the membrane proteins notoriously difficult. Therefore, this study evaluated the efficacy of two different methods for optimal membrane protein extraction. High-speed centrifuge and reagent-based method with a -/+ filter aided sample preparation (FASP) were compared. As a result, the high-speed centrifuge method is quite effective in analyzing the mitochondrial inner membranes, while the reagent-based method is useful for endoplasmic reticulum membrane analysis. In addition, the function of the membrane proteins extracted from the two methods were analyzed using GeneGo software. GO processes showed that the endoplasmic reticulum-related responses had higher significance in the reagent-based method. An analysis of the process networks showed that one cluster in the high-speed centrifuge method and four clusters in the reagent-based method were visualized. In conclusion, the two methods are useful for the analysis of different subcellular membrane proteins, and are expected to assist in selecting the membrane protein extraction method by considering the target subcellular membrane proteins for study.

참고자료

· 없음