미생물 유전체 분석 리포트

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1. G+C content가 유전자 예측에 사용되는 원리를 설명하시오?
G+C content는 어느 한 종의 게놈 서열에서 G의 양과 C의 양을 합한 비율을 의미한다. 이는 A+T content와 합하여 100%가 된다. 이들 값이 50% 근처라면 별 문제가 없겠지만, 매우 높거나 낮다면 코돈 사용빈도에도 변화가 생기게 된다. Met와 Trp을 제외한 나머지 아미노산을 코딩하는 코돈은 2~6개씩 존재한다. 예를 들면, CUU, CUA, CUC, CUG 모두 Leu을 코딩하며, 앞의 2개 염기가 CU인 것이 중요하지, 세번째 염기가 무엇인지는 중요하지 않다. 이러한 현상을 설명하는 이론을 소위 wobble 가설이라고 한다. 만약에 어떤 종의 게놈 서열에서 G+C가 차지하는 비율이 50%보다 높다면, 동일한 아미노산을 코딩하는 복수의 코돈 중에서 세번째 위치의 염기가 G 혹은 C인 것이 선호될 것이다. 반대로 50%보다 낮다면 A 혹은 T 염기가 선호될 것이다. 종마다 gc content가 다르고 이것을 이용해  참 ORF는 코돈 사용 빈도가 G+C content에서부터 예측한 값에 잘 부합하는 반면에 거짓 ORF는 그렇지 않을 것이다.

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